gmx-make_edi - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

gmx-make_edi - 重要なダイナミクスサンプリング用の入力ファイルを生成します

SYNOPSIS

gmx make_edi [-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-eig [<.xvg>]]
[-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-タール [<.gro / .g96 / ...>]] [-おり [<.gro / .g96 / ...>]]
[-o [<.edi>]] [-xvg ] [-月 ]
[-linfix ] [-リナック ] [-ラドフィックス ]
[-radacc ] [-ラドコン ] [-洪水 ]
[-outfrq ] [-スロープ ] [-足跡 ]
[-accdir ] [-ラドステップ ] [-maxedsteps ]
[-eqsteps ] [-デルタF0 ] [-デルタF ]
[-タウ ] [-エフヌル ] [-T ]
[-アルファ ] [-[いいえ]拘束] [-[いいえ]ヘシアン]
[-[いいえ]高調波] [-constF ]

DESCRIPTION

GMX メイクエディ で使用するエッセンシャル ダイナミクス (ED) サンプリング入力ファイルを生成します。
ムドラン 共分散行列の固有ベクトルに基づく (GMX コバール) または通常モードから
分析（GMX ンメイグ）。 ED サンプリングを使用して、集合的な位置を操作できます。
シミュレーション中の (生物学的) 高分子の座標 (固有ベクトル)。
特に、MD シミュレーションのサンプリング効率を向上させるために使用できます。
システムを刺激して、これらの集合座標に沿って新しい領域を探索します。 数
固有ベクトルに沿ってシステムを駆動するために、さまざまなアルゴリズムが実装されています
(-linfix, -リナック, -ラドフィックス, -radacc, -ラドコン)、特定の位置に沿って位置を維持します (設定
の) 座標が固定されました (-linfix)、または位置の投影のみを監視する
これらの座標 (-月).

参照：

A. アマデイ、ABM リンセン、B​​L デ グルート、DMF ファン アールテン、HJC ベレンセン。 アン
タンパク質の本質的な部分空間をサンプリングするための効率的な方法。、J. Biomol. 構造体。 ディン。
13:615-626 (1996)

BL デ グルート、A. アマデイ、DMF ファン アールテン、HJC ベレンセン。 徹底に向けて
ペプチドホルモングアニリンの XNUMX つの形態の配置空間のサンプリング、
Ｊ．Ｂｉｏｍｏｌ． 構造体。 ディン。 13 : 741-751 (1996)

BL デ グルート、A.アマデイ、RM シーク、NAJ ヴァン ヌーランド、HJC ベレンセン。 拡張された
大腸菌タンパク質からの HPr の配置空間のサンプリング: Struct. 機能。 将軍
26: 314-322 (1996)

固有ベクトルに対応する XNUMX つ以上のインデックス グループの入力を求められます。
参照構造、ターゲット位置など

-月: 選択した固有ベクトルへの座標の投影を監視します。

-linfix: 選択した固有ベクトルに沿って固定ステップ線形拡張を実行します。

-リナック: 選択した固有ベクトルに沿って許容線形展開を実行します。 (の手順
希望の方向は受け入れられますが、その他は拒否されます）。

-ラドフィックス: 選択した固有ベクトルに沿って固定ステップの半径拡張を実行します。

-radacc: 選択した固有ベクトルに沿って許容半径拡張を実行します。 (の手順
希望する方向は受け入れられますが、その他は拒否されます）。 注意： デフォルトでは
開始 MD 構造は、半径の最初の拡張サイクルの原点として取得されます。
拡張。 もしも -おり を指定すると、以下を定義した構造ファイルを読み込むことができます。
外部の起源。

-ラドコン: 選択された固有ベクトルに沿って許容半径の縮小を実行します。
で指定されたターゲット構造 -タール.

注: 各固有ベクトルは XNUMX 回だけ選択できます。

-outfrq: 予測などを書き出す頻度 (段階) .xvg file

-スロープ: 許容半径拡張における最小の傾き。 新たな拡大サイクルが始まる
半径の自発的増加 (nm/ステップ) が値より小さい場合に開始されます。
指定。

-maxedsteps: 新しいサイクルが開始されるまでの、半径拡張におけるサイクルごとの最大ステップ数
開始しました。

並列実装に関する注意: ED サンプリングは「グローバル」なものであるため (集合的)
座標など）、少なくとも「タンパク質」側では、ED サンプリングはあまり適切ではありません。
実装の観点からは並列に適しています。 並列 ED にはある程度の時間が必要なため、
余分な通信が発生するため、無料の MD シミュレーションと同様にパフォーマンスが低下することが予想されます。
特にランク数が多い場合、および/または ED グループに多くの原子が含まれている場合に顕著です。

ED グループに複数のタンパク質が含まれる場合、 .tpr
ファイルには、ED グループの正しい PBC 表現が含まれている必要があります。 を見てください。
参照構造からの初期 RMSD。これは、
シミュレーション; これが予想よりはるかに高い場合は、ED 分子の XNUMX つがシフトしている可能性があります。
ボックスベクトルによって。

すべての ED 関連の出力 ムドラン (で指定 -eo) に書き込まれます .xvg 関数としてのファイル
OUTFRQ ステップの間隔の時間。

注意 単一のイベントで複数の ED 制約とフラッディングの可能性を課すことができること
複数の場合のシミュレーション (異なる分子上) .edi ファイルが最初に連結されました。 の
制約は、 .edi ファイル。 何があったかに応じて
で指定 .edi 入力ファイル、出力ファイルには各 ED データセットが含まれます

· 参照構造に適合させた分子の RMSD (構造に関与する原子の場合)
ED 制約を計算する前のフィッティング)

· 選択された固有ベクトルへの位置の投影

洪水:

　 -洪水、洪水の可能性を計算するためにどの固有ベクトルを使用するかを指定できます。
これにより、余分な力が発生し、構造が図で示される領域の外に押し出されます。
共分散行列。 -restrain を切り替えると、電位が反転し、構造は次のようになります。
その地域で保管されています。

通常、原点は、 eigvec.trr ファイル。 かもね
で変更されました -おり 設定空間内の任意の位置に。 と -タウ, -デルタF0,
　 -エフヌル フラッディングの動作を制御します。 Efl は洪水の強さです。
アダプティブフラッディングのルールに従って更新されます。 タウは適応性の時定数です。
洪水、高いタウは適応（つまり成長）が遅いことを意味します。 DeltaF0 はフラッディングの強さです
シミュレーションのタウプス後に到達したいと考えています。 定数 Efl セットを使用するには -タウ ゼロに。

-アルファ フラッディングの可能性の幅を制御するためのファッジ パラメーターです。 値 2
タンパク質のフラッディングのほとんどの標準的なケースで良好な結果が得られることがわかっています。
アルファは基本的に、不完全なサンプリングを考慮します。
アンサンブルが増加します。これは alpha > 1 で模倣されます。抑制するには、alpha < 1 で行うことができます。
拘束ポテンシャルの幅が小さくなります。

再起動と洪水: クラッシュした洪水シミュレーションを再開したい場合は、
値 deltaF と Efl を出力ファイルに追加し、それらを手動で .edi 下のファイル
DELTA_F0 と EFL_NULL。

OPTIONS

入力ファイルを指定するオプション：

-f [<.trr / .cpt / ...>] （eigenvec.trr）
完全な精度の軌道： てら CPT tng

-eig [<.xvg>] （eigenval.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-s [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr）
構造+質量（db）： tpr gro g96 pdb 壊れた

-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル

-タール [<.gro / .g96 / ...>] (ターゲット.グロ) （オプション）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp tpr

-おり [<.gro / .g96 / ...>] (origin.gro) （オプション）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp tpr

出力ファイルを指定するオプション：

-o [<.edi>] （sam.edi）
EDサンプリング入力

その他のオプション：

-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし

-月
x の射影の固有ベクトルのインデックス (例: 1,2-5,9) または 1-100:10 は 1 11 を意味します
21 31 ... 91

-linfix
固定増分線形サンプリングの固有ベクトルのインデックス

-リナック
許容線形サンプリングの固有ベクトルのインデックス

-ラドフィックス
固定増分半径拡張の固有ベクトルのインデックス

-radacc
許容半径拡張のための固有ベクトルのインデックス

-ラドコン
許容半径縮小の固有ベクトルのインデックス

-洪水
洪水の固有ベクトルのインデックス

-outfrq (100)
出力を書き込む頻度 (ステップ単位) .xvg file

-スロープ (0)
許容範囲の拡大における最小の傾き

-足跡
固定増分線形サンプリングのステップサイズ (nm/ステップ) (引用符で囲んでください! "1.0 2.3
5.1～3.1インチ）

-accdir
受け入れ線形サンプリングの指示 - 符号のみが重要です。 (引用符で囲んでください! "-1
+1 -1.1")

-ラドステップ (0)
固定増分半径拡張のステップサイズ (nm/ステップ)

-maxedsteps (0)
サイクルあたりの最大ステップ数

-eqsteps (0)
摂動なしで実行するステップ数

-デルタF0 (150)
洪水に対するターゲット不安定化エネルギー

-デルタF (0)
このパラメータで deltaF を開始します。デフォルトは 0、ゼロ以外の値は次の場合にのみ必要です。
再起動

-タウ (0.1)
deltaF0、0 = に従ってフラッディング強度を適応させるための結合定数
無限大、つまり一定のフラッディング強度

-エフヌル (0)
フラッディングの強さの開始値。 浸水強度が更新されました
アダプティブフラッディングスキームに従って。 一定の浸水強度を得るために使用
-タウ 0.

-T (300)
T は温度です。この値はフラッディングを行う場合に必要です。

-アルファ (1)
alpha^2 によるガウスフラッディングポテンシャルのスケール幅

-[いいえ]拘束 （いいえ）
符号を反転したフラッディング電位を使用 -> 準高調波としての効果
潜在力を抑制する

-[いいえ]ヘシアン （いいえ）
固有ベクトルと固有値はヘッセ行列からのものです

-[いいえ]高調波 （いいえ）
固有値はバネ定数として解釈されます

-constF
一定の力のフラッディング: で選択された固有ベクトルの力を手動で設定します。
-flood (引用符で囲んでください! "1.0 2.3 5.1 -3.1")。 他のフラッディングパラメータは必要ありません
力を直接指定する場合。

onworks.net サービスを使用して gmx-make_edi をオンラインで使用する