gmx-mindist - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

gmx-mindist - XNUMX つのグループ間の最小距離を計算する

SYNOPSIS

GMXマインドスト [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-od [<.xvg>]] [ワン [<.xvg>]] [-o [<.out>]]
[-牛 [<.xtc / .trr / ...>]] [または [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-あなた ] [-[今]
[-xvg ] [-[いいえ]行列] [-[いいえ]最大] [-d ]
[-[いいえ]グループ] [-[いいえ]ピ] [-[いいえ]分割] [-ng ]
[-[no] pbc] [-休憩時間[なし]] [-[no]printresname]

DESCRIPTION

GMX マインドディスト XNUMX つのグループと他の多数のグループの間の距離を計算します。 どちらも
最小距離 (それぞれのグループの原子のペアの間) とその数
指定された距離内の接触は XNUMX つの別々の出力ファイルに書き込まれます。 とともに
-グループ オプション 別のグループの原子と最初のグループの複数の原子の接触
複数の連絡先としてではなく、XNUMX つの連絡先としてカウントされます。 と または、までの最小距離
最初のグループの各残基が決定され、残基の関数としてプロットされます。
数。

オプションを使用すると -円周率 グループの周期イメージまでの最小距離がプロットされます。 これは
シミュレーション中にタンパク質がその周期的な画像を確認したかどうかを確認するのに役立ちます。 唯一
各方向のシフトが考慮され、合計 26 のシフトが与えられます。 また、
グループ内の最大距離と XNUMX つのボックス ベクトルの長さ。

また GMX 距離 & GMX ペアディスト 距離を計算します。

OPTIONS

入力ファイルを指定するオプション：

-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr） （オプション）
構造+質量（db）： tpr gro g96 pdb 壊れた

-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル

出力ファイルを指定するオプション：

-od [<.xvg>] (mindist.xvg)
xvgr / xmgrファイル

ワン [<.xvg>] (numcont.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-o [<.out>] (atm-pair.out) （オプション）
一般的な出力ファイル

-牛 [<.xtc / .trr / ...>] (mindist.xtc) （オプション）
軌道： xtc てら gro g96 pdb tng

または [<.xvg>] (mindistres.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

その他のオプション：

-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）

-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）

-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します

-あなた （ps）
時間値の単位：fs、ps、ns、us、ms、s

-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps & .pdb ファイル

-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし

-[いいえ]行列 （いいえ）
グループ間の距離の行列の半分を計算します

-[いいえ]最大 （いいえ）
計算 最小値ではなく距離

-d (0.6)
コンタクトの距離

-[いいえ]グループ （いいえ）
最初のグループ内の複数の原子との接触を XNUMX つとして数える

-[いいえ]ピ （いいえ）
周期的な画像から最小距離を計算

-[いいえ]分割 （いいえ）
時間がゼロの分割グラフ

-ng (1)
中央グループまでの距離を計算するための二次グループの数

-[no] pbc （はい）
周期境界条件を考慮する

-休憩時間[なし] （いいえ）
残基ごとの距離を記述する場合は、各時点の距離を記述します

-[no]printresname （いいえ）
残基名の書き込み

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