gmx-pdb2gmx-クラウドでのオンライン

プログラム：

NAME

gmx-pdb2gmx-座標ファイルをトポロジおよびFF準拠の座標ファイルに変換します

SYNOPSIS

gmx pdb2gmx [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-o [<.gro / .g96 / ...>]] [-p [<.top>]]
[-i [<.itp>]] [-n [<.ndx>]] [-q [<.gro / .g96 / ...>]]
[-チェーンセップ ] [-マージ ] [-ff ]
[-水 ] [-[no] inter] [-[no] ss] [-[no] ter]
[-[no] lys] [-[no] arg] [-[no] asp] [-[no] glu] [-[no] gln]
[-[いいえ]彼の] [-角度 ] [-距離 ] [-[no] una]
[-[no] ignh] [-[no]行方不明] [-[no] v] [-posrefc ]
[-vsite ] [-[no]重い] [-[no]重水素化]
[-[no] Chargegrp] [-[no] cmap] [-[no] renum] [-[no] rtpres]

DESCRIPTION

GMX pdb2gmx を読む .pdb （または .gro）ファイル、いくつかのデータベースファイルを読み取り、水素を追加します
分子およびGROMACS（GROMOS）、またはオプションで座標を生成します .pdb、フォーマットおよび
GROMACS形式のトポロジ。 これらのファイルは、後で処理して実行を生成できます
入力ファイル。

GMX pdb2gmx を探して力場を検索します フォースフィールド.itp 内のファイル
サブディレクトリ .ff 現在の作業ディレクトリとGROMACSライブラリの
バイナリのパスまたは GMXLIB 環境変数。 沿って
デフォルトでは、力場の選択はインタラクティブですが、 -ff 指定するオプション
代わりに、コマンドラインのリストにある短い名前のXNUMXつ。 その場合 GMX pdb2gmx
対応するものを探すだけです .ff ディレクトリにあります。

力場を選択すると、すべてのファイルは対応する力からのみ読み取られます
フィールドディレクトリ。 残基タイプを変更または追加する場合は、力をコピーできます
GROMACSライブラリディレクトリから現在の作業ディレクトリへのフィールドディレクトリ。 もしも
新しいタンパク質残基タイプを追加したい場合は、変更する必要があります Residuetypes.dat 会場は
ライブラリディレクトリまたはライブラリディレクトリ全体をローカルディレクトリにコピーして、
環境変数 GMXLIB そのディレクトリの名前に。 マニュアルの第5章を確認してください
ファイル形式の詳細については。

そのAに注意してください。 .pdb ファイルはファイル形式に過ぎず、必ずしも必要ではありません
タンパク質構造を含みます。 でサポートされているあらゆる種類の分子
データベースを変換することができます。 データベースにサポートがない場合は、追加できます
あなた自身。

プログラムのインテリジェンスは限られており、多数のデータベースファイルを読み取ります。
特別な結合（Cys-Cys、Heme-Hisなど）を作成するには、必要に応じて手動で行うことができます。
プログラムは、LYS、ASP、GLU、CYS、またはHIS残基の種類を選択するようにユーザーに促すことができます
が望まれます。 Lysの場合、中性（NZではXNUMXつの陽子）またはプロトン化（XNUMXつ）のいずれかを選択できます。
プロトン、デフォルト）、AspおよびGluの場合は非プロトン化（デフォルト）またはプロトン化、Hisの場合
プロトンは、ND1、NE2、またはその両方に存在する可能性があります。 デフォルトでは、これらの選択は行われます
自動的。 彼の場合、これは最適な水素結合コンフォメーションに基づいています。
水素結合は、最大値で指定された単純な幾何学的基準に基づいて定義されます
水素-ドナー-アクセプター角度とドナー-アクセプター距離。 -角度 　
-距離 。

N末端とC末端のプロトン化状態は、 -ter フラグ。
デフォルトの終端はそれぞれイオン化されています（NH3 +およびCOO-）。 一部の力場はサポートします
XNUMXつの残基の鎖の双性イオン型ですが、ポリペプチドの場合、これらのオプションは
選択されていません。 琥珀色の力場は、末端残基に固有の形式を持ち、
これらはと互換性がありません -ter 機構。 N末端またはC末端にプレフィックスを付ける必要があります
これらのフォームを使用するためにそれぞれ「N」または「C」が付いた残基名。
座標ファイルの形式。 または、名前付きの終了残基を使用します（例：
ACE、NME）。

ユーザー生成PDBのマークアップ以来、チェーンの分離は完全に簡単ではありません
ファイルは頻繁に変化し、TER全体でエントリをマージすることが望ましい場合もあります
たとえば、ジスルフィド架橋またはXNUMXつの間の距離制限が必要な場合は記録します
タンパク質鎖、またはタンパク質に結合したHEMEグループがある場合。 そのような場合、複数
チェーンは単一に含まれている必要があります 分子タイプ 意味。 これを処理するには、 GMX
pdb2gmx XNUMXつの別々のオプションを使用します。 初め、 -チェーンセップ いつ新しいかを選択できます
化学チェーンを開始し、該当する場合は終端を追加する必要があります。 これはに基づいて行うことができます
チェーンIDが変更されたときのTERレコードの存在、またはいずれかまたは両方の組み合わせ
これらの。 完全にインタラクティブに選択することもできます。 また、
-マージ 後に複数の鎖をXNUMXつの分子タイプにマージする方法を制御するオプション
すべての化学末端を追加します（または追加しません）。 これはオフにすることができます（マージなし）、すべて
非水鎖は単一の分子にマージすることができます、または選択を行うことができます
インタラクティブに。

GMX pdb2gmx の占有フィールドもチェックします .pdb ファイル。 のいずれかが
占有率はXNUMXつではなく、原子が構造内でうまく分解されていないことを示しています。
警告メッセージが発行されます。 いつ .pdb ファイルはX線構造に由来していません
決定すべての占有フィールドはゼロである可能性があります。 いずれにせよ、確認するのはユーザー次第です
入力データの正確さ（記事を読んでください！）。

処理中、原子はGROMACSの規則に従って並べ替えられます。 と -n an
同じ方法で並べ替えられたXNUMXつのグループを含むインデックスファイルを生成できます。 これにより、
GROMOSの軌道と座標ファイルをGROMOSに変換します。 XNUMXつの制限があります：
水素が入力から除去された後、新しい前に並べ替えが行われます
水素が追加されます。 これはあなたが使用すべきではないことを意味します -ignh.

当学校区の .gro 　 .g96 ファイル形式はチェーン識別子をサポートしていません。 したがって、
入力します .pdb でのファイル名 -o マルチチェーンを変換する場合のオプション .pdb ファイルにソフトウェアを指定する必要があります。

オプション -vsite 水素と高速の不適切な二面角運動を除去します。 角度と
面外運動は、水素を仮想サイトに変更して固定することで取り除くことができます
角度。隣接する原子に対する相対的な位置を固定します。 さらに、すべての原子
標準アミノ酸（すなわち、PHE、TRP、TYRおよびHIS）の芳香環では、
仮想サイトに変換され、これらの高速で不適切な二面角の変動を排除します
リング。 注意 この場合、他のすべての水素原子も仮想に変換されます
サイト。 仮想サイトに変換されるすべての原子の質量は、重いものに追加されます
アトム。

また、二面運動の減速は、 -重い を増やすことによって行われます
水素の質量は4倍です。これは、水の水素が速度を落とすためにも行われます。
水の回転運動。 水素の質量の増加は、
システムの総質量が同じままになるように、結合した（重い）原子。

OPTIONS

入力ファイルを指定するオプション：

-f [<.gro / .g96 / ...>] （eiwit.pdb）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp tpr

出力ファイルを指定するオプション：

-o [<.gro / .g96 / ...>] （conf.gro）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp

-p [<.top>] （topol.top）
トポロジファイル

-i [<.itp>] （posre.itp）
トポロジのインクルードファイル

-n [<.ndx>] （clean.ndx） （オプション）
インデックスファイル

-q [<.gro / .g96 / ...>] （clean.pdb） （オプション）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp

その他のオプション：

-チェーンセップ （id_or_ter）
新しいチェーンを開始する必要がある場合のPDBファイルの条件（終端の追加）：
id_or_ter、id_and_ter、ter、id、interactive

-マージ （いいえ）
複数のチェーンをXNUMXつの[分子タイプ]にマージします：いいえ、すべて、インタラクティブ

-ff （選択する）
強制フィールド。デフォルトではインタラクティブです。 つかいます -h 詳細については。

-水 （選択する）
使用する水モデル：select、none、spc、spce、tip3p、tip4p、tip5p

-[no] inter （いいえ）
次の8つのオプションをインタラクティブに設定します

-[no] ss （いいえ）
インタラクティブSSブリッジの選択

-[no] ter （いいえ）
有料ではなく、インタラクティブな端末選択（デフォルト）

-[no] lys （いいえ）
帯電する代わりに、インタラクティブなリジンの選択

-[no] arg （いいえ）
帯電する代わりに、インタラクティブなアルギニン選択

-[no] asp （いいえ）
帯電する代わりに、インタラクティブなアスパラギン酸の選択

-[no] glu （いいえ）
帯電する代わりに、インタラクティブなグルタミン酸の選択

-[no] gln （いいえ）
ニュートラルではなく、インタラクティブなグルタミン選択

-[いいえ]彼の （いいえ）
H結合をチェックする代わりに、インタラクティブなヒスチジン選択

-角度 (135)
H結合の最小水素供与体-受容体角度（度）

-距離 (0.3)
H結合の最大ドナー-アクセプター距離（nm）

-[no] una （いいえ）
フェニルアラニン、トリプトファン、および
チロシン

-[no] ignh （いいえ）
座標ファイルにある水素原子を無視します

-[no]行方不明 （いいえ）
原子が欠落している場合は続行します、危険です

-[no] v （いいえ）
メッセージをもう少し冗長にする

-posrefc (1000)
位置拘束の力定数

-vsite （なし）
原子を仮想サイトに変換する：なし、水素、芳香族

-[no]重い （いいえ）
水素原子を重くする

-[no]重水素化 （いいえ）
水素の質量を2amuに変更します

-[no] Chargegrp （はい）
でチャージグループを使用する .rtp file

-[no] cmap （はい）
cmapのねじれを使用します（で有効になっている場合） .rtp ファイル）

-[no] renum （いいえ）
出力の残基に連続して番号を付け直します

-[no] rtpres （いいえ）
　 .rtp 残基名としてのエントリ名

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