これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドgmx-rmsfです。
プログラム：
NAME
gmx-rmsf-原子の変動を計算します
SYNOPSIS
gmx rmsf [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [-牛 [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-dir [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-[今] [-xvg ] [-[no] res]
[-[no] aniso] [-[no]適合]
DESCRIPTION
GMX 実効値 の二乗平均平方根変動（RMSF、つまり標準偏差）を計算します
軌道内の原子位置（ -f）（オプションで）フィッティング後
参照フレーム（付属 -s).
オプションを使用すると -oq RMSF値はBファクター値に変換され、Bファクター値に書き込まれます。
.pdb 座標、構造ファイル、または .pdb いつファイルする -q is
指定。 オプション -牛 Bファクターを平均座標でファイルに書き込みます。
オプション付き -od 参照構造に対する二乗平均平方根偏差
計算されます。
オプション付き -アニソ, GMX 実効値 異方性温度係数を計算し、次にそれを計算します
平均座標と .pdb ANISOUレコードを含むファイル（
-oq or -牛 オプション）。 U値は方向に依存するため、以前は
実験データとの比較では、実験に適合していることを確認する必要があります
座標。
時 .pdb 入力ファイルがプログラムに渡され、 -アニソ フラグは相関関係を設定します
異方性温度係数が存在する場合、Uijのプロットが作成されます。
.pdb ファイルにソフトウェアを指定する必要があります。
オプションを使用すると -dir 平均MSF（3x3）行列は対角化されています。 これは方向を示しています
原子の変動が最も大きく、最も小さくなります。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr）
構造+質量（db）： tpr gro g96 pdb 壊れた
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
-q [<.pdb>] （eiwit.pdb） （オプション）
タンパク質データバンクファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-oq [<.pdb>] （bfac.pdb） （オプション）
タンパク質データバンクファイル
-牛 [<.pdb>] （xaver.pdb） （オプション）
タンパク質データバンクファイル
-o [<.xvg>] （rmsf.xvg）
xvgr / xmgrファイル
-od [<.xvg>] （rmsdev.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-oc [<.xvg>] （correl.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-dir [<.log>] （rmsf.log） （オプション）
ログファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps & .pdb ファイル
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
-[no] res （いいえ）
各残基の平均を計算します
-[no] aniso （いいえ）
異方性温度係数を計算する
-[no]適合 （はい）
RMSFを計算する前に、最小二乗法を重ね合わせてください。 これがなければ、あなたは作らなければなりません
参照構造と軌道が一致していることを確認してください。
onworks.netサービスを使用してオンラインでgmx-rmsfを使用する
