これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-rotacf です。
プログラム：
NAME
gmx-rotacf - 分子の回転相関関数を計算する
SYNOPSIS
gmx ロタック [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ]
[-[今] [-xvg ] [-[いいえ]d] [- [いいえ] バー]
[-アクレン ] [-[no]正規化] [-P ]
[-fitfn ] [-開始 ] [-エンドフィット ]
DESCRIPTION
GMX ロタフ 分子の回転相関関数を計算します。 原子三重項
(i,j,k) はインデックス ファイルで指定され、XNUMX つのベクトル ij と jk を定義する必要があります。 回転
ACF は、ベクトル n = ij x jk の自己相関関数として計算されます。
XNUMX つのベクトルの外積。 XNUMX つの原子が平面にまたがっているため、XNUMX つの原子の順序は次のようになります。
原子は関係ありません。 オプションで、 -d スイッチをオンにすると、次のように計算できます。
原子ペア (i,j) を指定することによる線状分子の回転相関関数
インデックスファイル。
例
GMX ロタフ -P 1 -nparm 2 -fft -n index -o ロタク-X-P1 -fa expfit-x-P1 -開始 2.5
-エンドフィット 20.0
これは、一次ルジャンドル関数を使用して回転相関関数を計算します。
インデックス ファイルで定義されたベクトルの角度の多項式。 相関関数
2.5 ps から 20.0 ps まで XNUMX パラメータの指数関数に当てはめられます。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] （topol.tpr）
ポータブルxdr実行入力ファイル
-n [<.ndx>] （index.ndx）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
xvgr / xmgrファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps & .pdb ファイル
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
-[いいえ]d （いいえ）
相関関数にはトリプレット (平面) の代わりにインデックス ダブレット (ベクトル) を使用します。
- [いいえ] バー （はい）
分子全体の平均
-アクレン （-1）
ACFの長さ、デフォルトはフレーム数の半分です
-[no]正規化 （はい）
ACFを正規化する
-P (0)
ACFのルジャンドル多項式の次数（0はなしを示します）：0、1、2、3
-fitfn （なし）
フィット関数：なし、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9
-開始 (0)
相関関数の指数フィットを開始する時間
-エンドフィット （-1）
相関関数の指数フィットを終了する時間-1は、
end
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-rotacf を使用する
