これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-sans です。
プログラム：
NAME
gmx-sans - 小角中性子散乱スペクトルを計算する
SYNOPSIS
gmx サンズ [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-d [<.dat>]] [-pr [<.xvg>]] [-平方 [<.xvg>]]
[-prframe [<.xvg>]] [-sqframe [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-あなた ] [-xvg ]
[-置き場 ] [-モード ] [-mcover ]
[-方法 ] [-[no] pbc] [-グリッド ] [-startq ]
[-endq ] [-qstep ] [-シード ]
DESCRIPTION
GMX せずに Debye 式を使用して SANS スペクトルを計算します。 現在トポロジーファイルを使用しています
(原子ごとに要素を割り当てる必要があるため)。
パラメーター：
-pr 軌道全体で平均化された正規化された g(r) 関数を計算します
-prframe 各フレームの正規化された g(r) 関数を計算します
-平方 軌道全体にわたって平均した SANS 強度曲線を計算します
-sqframe 各フレームの SANS 強度曲線を計算します
-startq 開始q値(nm)
-endq 終了 q 値 (nm)
-qstep q スペースにステップインする
注: Debye 直接法を使用する場合、計算コストは 1/2 * N * (N - 1) のように増加します。
ここで、N は対象となるグループの原子番号です。
警告: sq または pr が指定されている場合、このツールは大量のファイルを生成する可能性があります。 XNUMXつまで
フレーム数のXNUMX倍！
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-s [<.tpr>] （topol.tpr）
ポータブルxdr実行入力ファイル
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
-d [<.dat>] (nsfactor.dat) （オプション）
一般的なデータファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-pr [<.xvg>] (pr.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-平方 [<.xvg>] (平方xvg)
xvgr / xmgrファイル
-prframe [<.xvg>] (prframe.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-sqframe [<.xvg>] (sqframe.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-あなた （ps）
時間値の単位：fs、ps、ns、us、ms、s
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
-置き場 (0.2)
[HIDDEN]ビン幅 (nm)
-モード （直接）
サンスペクトル計算のモード: direct、mc
-mcover （-1）
モンテカルロ カバレッジは -1 (デフォルト) または (0,1] である必要があります
-方法 (別れ)
[HIDDEN]サンスペクトル計算方法: debye、fft
-[no] pbc （はい）
距離の計算に周期的な境界条件を使用する
-グリッド (0.05)
[HIDDEN]FFT のグリッド間隔 (nm)
-startq (0)
開始q (1/nm)
-endq (2)
エンディングq(1/nm)
-qstep (0.01)
q (1/nm) のステップイン
-シード (0)
モンテカルロのランダム シード
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-sans を使用する
