これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-solvate です。
プログラム：
NAME
gmx-solvate - システムを溶媒和します
SYNOPSIS
gmx 溶媒和物 [-cp [<.gro / .g96 / ...>]] [-cs [<.gro / .g96 / ...>]]
[-p [<.top>]] [-o [<.gro / .g96 / ...>]] [-ボックス ]
[-半径 ] [-規模 ] [-シェル ]
[-マクソル ] [-[小説]
DESCRIPTION
GMX 溶媒和する 次の 2 つのうちの XNUMX つを行うことができます。
1) 溶媒の入ったボックスを生成します。 特定 -cs および -ボックス。 または指定してください -cs および -cp また、
ボックスを含むが原子を含まない構造ファイル。
２）溶媒分子の槽内で溶質構成、例えばタンパク質を溶媒和する。 特定
-cp （溶質）と -cs （溶媒）。 溶質座標ファイルで指定されたボックス (-cp）であり、
使用されない限り、 -ボックス が設定されています。 溶質をボックスの中央に配置したい場合は、プログラム
GMX editconf には、ボックスの寸法を変更し、溶質を中心に配置するための高度なオプションがあります。
溶媒分子は、任意の原子間の距離が離れているボックスから取り出されます。
溶質分子と溶媒分子の任意の原子は、スケーリングされた値の合計より小さい
両方の原子のファンデルワールス半径。 データベース (vdwradii.dat) ファンデルワールス半径は
プログラムによって読み取られ、結果の半径がスケールされます。 -規模。 半径が見つからない場合は、
データベースでは、それらの原子には（事前にスケールされた）距離が割り当てられます -半径.
デフォルトの溶媒は Simple Point Charge 水 (SPC) で、座標は次のとおりです。
$GMXLIB/spc216.gro。 これらの座標は他の 3 サイトの水モデルにも使用できます。
短い平衡化によりモデル間の小さな差異が解消されるためです。 他の
混合溶媒だけでなく、溶媒もサポートされています。 溶媒に対する唯一の制限
タイプは、溶媒分子が正確に XNUMX つの残基で構成されていることです。 残留情報
座標ファイル内の が使用されるため、多かれ少なかれ一貫性があるはずです。 で
これは、溶媒座標ファイル内の XNUMX つの後続の溶媒分子を意味します。
異なる残基番号を持つ必要があります。 溶質の箱は、
座標ファイルから読み取られた座標。 つまり、これらの座標は次のようになります。
周期的境界条件で平衡化され、分子が適切に整列します。
スタッキングインターフェイス。 の -マクソル オプションは最初のみを追加するだけです -マクソル
分子を抽出し、ボックスに収まる残りの部分を除外します。 これにより、
後で問題が発生する可能性がある空白。 音量は賢明に選択してください。
設定 -シェル ゼロより大きい場合は、指定された厚さの水の層が配置されます。
(nm) 溶質の周囲。 ヒント: プロテインを箱の中央に置くとよいでしょう。
最初に（使用して GMX editconf).
最後に、 GMX 溶媒和する オプションで、トポロジ ファイルから次の行が削除されます。
溶媒分子の数はすでに追加されており、溶媒分子の総数を示す行を追加します。
座標ファイル内の溶媒分子。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-cp [<.gro / .g96 / ...>] （protein.gro） （オプション）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp tpr
-cs [<.gro / .g96 / ...>] (spc216.gro) （図書館）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp tpr
入出力ファイルを指定するオプション:
-p [<.top>] （topol.top） （オプション）
トポロジファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.gro / .g96 / ...>] （out.gro）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp
その他のオプション：
-ボックス (0 0 0)
ボックスサイズ（nm）
-半径 (0.105)
デフォルトのファンデルワールス距離
-規模 (0.57)
のデータベースからファンデルワールス半径を乗算するための倍率
share / gromacs / top /vdwradii.dat。 デフォルト値の0.57は、密度に近い値を生成します
水中のタンパク質は1000g / l。
-シェル (0)
溶質周囲の任意の水層の厚さ
-マクソル (0)
ボックスに収まる場合に追加する溶媒分子の最大数。 ゼロの場合
(デフォルト) これは無視されます
-[小説 （いいえ）
入力溶質および溶媒からの速度を維持する
KNOWN 問題
· 分子は初期構成では完全でなければなりません。
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-solvate を使用する
