これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-spatial です。
プログラム：
NAME
gmx-spatial - 空間分布関数を計算する
SYNOPSIS
gmx 空間 [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-[今] [-[no] pbc]
[-[いいえ]div] [-ign ] [-置き場 ] [-ナブ ]
DESCRIPTION
GMX 空間的な 空間分布関数を計算し、それを可能な形式で出力します。
VMD によって Gaussian98 キューブ形式として読み取られます。 32,000 個の原子と 50 ns のシステムの場合
軌道に沿って、SDF は約 30 分で生成でき、ほとんどの時間は専用に費やされます。
駆け抜ける二人へ trjconv すべてを適切に中央に配置するために必要です。 これ
また、大量のスペース (軌跡ファイルの 3 つのコピー) も必要とします。 それにしても写真は
適切な選択が適切に行われている場合、これらは美しく、非常に有益です。 3～4個の原子が入っている
広く移動するグループ (溶液中の遊離アミノ酸など) がうまく機能するか、
安定した折り畳まれた構造のタンパク質骨格を調べて溶媒の SDF を取得し、
時間平均された溶媒和シェル。 このプログラムを使用して SDF を生成することもできます。
任意のデカルト座標に基づいています。 そのためには、単純に予備的なものを省略します。 GMX
trjconv 手順。
使用法：
1。 使用 GMX メイク_ndx SDF を配置する原子を含むグループを作成するには
2. GMX trjconv -s a.tpr -f ああ -o b.tng -ボックスセンター トリC -あなたは コンパクト -pbc なし
3. GMX trjconv -s a.tpr -f b.tng -o 接続 -フィット 腐+トランス
4.実行します GMX 空間的な 接続 ステップ#3の出力。
5.ロード グリッドキューブ VMD に変換し、等値面として表示します。
Note ミセルなどのシステムが必要とするもの GMX trjconv -pbc ステップ1の間
と2。
警告
SDF は、ゼロ以外の値を含むすべてのビンを含むキューブに対して生成されます。
占有率。 ただし、予備的なものは、 -フィット 腐+トランス オプション GMX trjconv ことを意味します
システムは空間内で回転および移動します (選択したグループが
ではない）。 したがって、返される値は一部の地域でのみ有効です。
全体的にシステムボリュームと完全に重なる中央グループ/座標の周囲
軌道の過程でシステム全体が平行移動/回転します。 それは、
ユーザーはこれが事実であることを確認してください。
リスキーな オプション
必要なスペースと時間を削減するために、必要な座標のみを出力できます。
最初とその後の実行で使用されます GMX trjconv。 ただし、必ず
セット -ナブ メモリがキューブ ビンに割り当てられるため、オプションを十分大きな値に設定してください
初期座標と -ナブ オプション値。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-s [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr）
構造+質量（db）： tpr gro g96 pdb 壊れた
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps & .pdb ファイル
-[no] pbc （いいえ）
距離の計算に周期的な境界条件を使用する
-[いいえ]div （はい）
原子/最小立方体に基づいてビン占有率の除数を計算して適用します。
サイズ。 視覚化の場合は TRUE に設定し、FALSE に設定します (-ノディブ) 正確な数を取得するには
フレームあたり
-ign （-1）
この数の外側立方体を表示しないでください (正の値を指定すると境界が小さくなる可能性があります)
斑点。 -1 を指定すると、外面が表示されます)
-置き場 (0.05)
ビンの幅 (nm)
-ナブ (4)
適切なメモリ割り当てを確保するための追加ビンの数
KNOWN 問題
· 割り当てられたメモリが十分に大きくない場合、セグメンテーション フォールトが発生する可能性があります。 これは
通常は検出され、プログラムは警告を表示しながら障害が発生する前に停止されます。
の使用を示唆するメッセージ -ナブ (追加ビンの数) オプション。 しかし
プログラムはそのようなイベントをすべて検出するわけではありません。 セグメンテーション違反が発生した場合は、それを実行してください
また増えて -ナブ の値です。
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-spatial を使用する
