これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-spol です。
プログラム：
NAME
gmx-spol - 溶質周囲の溶媒双極子の配向と分極を分析します
SYNOPSIS
GMX スポール [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ] [-[今]
[-xvg ] [-[no] com] [-再脂肪 ] [-rmin ]
[-rmax ] [-浸漬 ] [-bw ]
DESCRIPTION
GMX スポル 溶質の周りの双極子を分析します。 これは、分極性水に特に役立ちます。
参照原子のグループ、または質量中心参照 (オプション) -com）とグループ
溶媒原子が必要です。 プログラムは溶媒原子のグループを分子に分割します。
各溶媒分子について、参照グループ内の最も近い原子までの距離、または溶媒分子までの距離
COMが決まります。 これらの距離の累積分布がプロットされます。 それぞれについて
間の距離 -rmin & -rmax 距離ベクトルと双極子の内積
溶媒の分子が決定されます。 正味の電荷 (イオン) を持つ溶媒分子の場合、
イオンの正味電荷は、各イオンの選択のすべての原子から均等に減算されます。
これらの双極子成分の平均が出力されます。 偏光についても同じことが行われます。
ここで、平均双極子は瞬間双極子から減算されます。 の大きさ
平均ダイポールはオプションで設定されます -浸漬、方向はからのベクトルによって定義されます。
選択した溶媒グループの最初の原子から XNUMX 番目の原子と XNUMX 番目の溶媒グループの間の中間点まで
XNUMX番目の原子。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] （topol.tpr）
ポータブルxdr実行入力ファイル
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
xvgr / xmgrファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps & .pdb ファイル
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
-[no] com （いいえ）
重心を基準位置として使用する
-再脂肪 (1)
溶媒分子の参照原子
-rmin (0)
最大距離(nm)
-rmax (0.32)
最大距離(nm)
-浸漬 (0)
平均双極子 (D)
-bw (0.01)
ビンの幅
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-spol を使用する
