これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-tcaf です。
プログラム：
NAME
gmx-tcaf - 液体の粘度を計算する
SYNOPSIS
gmx tcaf [-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ot [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-の [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [-ov [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[今] [-xvg ] [-[no] mol] [-[いいえ]k34]
[-wt ] [-アクレン ] [-[no]正規化] [-P ]
[-fitfn ] [-開始 ] [-エンドフィット ]
DESCRIPTION
GMX tcaf 横電流の自己相関を計算します。 これらは、
せん断粘度、η 詳細については、Palmer、Phys. を参照してください。 Rev. E 49 (1994) pp 359-366。
横電流は、k ベクトル (1,0,0) と (2,0,0) を使用して計算されます。
y - と z-方向、(1,1,0) および (1,-1,0) はそれぞれ他の 2 つの平面にもあります (これら
ベクトルは独立していません) と (1,1,1) および他の 3 つのボックスの対角線 (これも独立ではありません)
独立した）。 各 k ベクトルに対して、サインとコサインが使用され、
垂直 2 方向の速度。 これにより、横方向の合計は 16*2*2=64 になります。
流れ。 各 k ベクトルに適合する 16 つの自己相関が計算され、XNUMX が得られます。
TCAF。 これらの TCAF はそれぞれ、 f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv))、v = -t/(2
tau)、W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2)。これにより、tau と eta の 16 個の値が得られます。 フィット感
重みは時定数 w とともに指数関数的に減衰します (次のように与えられます) -wt) exp(-t/w) として、
TCAF とフィットは時間 5*w まで計算されます。 eta 値は 1 - a に適合する必要があります。
eta(k) k^2。これにより、k=0 でのせん断粘度を推定できます。
ボックスが立方体の場合、次のオプションを使用できます。 -oc、全体の TCAF を平均します。
同じ長さの k ベクトル。 これにより、より正確な TCAF が得られます。 どちらも立方体
TCAF とフィットは次の場所に書き込まれます。 -oc 立方η推定値も次のように書き込まれます。 -ov.
オプションを使用すると -モル、横電流は原子ではなく分子によって決定されます。 で
この場合、インデックス グループは原子番号ではなく分子番号で構成される必要があります。
k に依存する粘度は、 -ov ファイルは eta(k) = eta_0 (1 - ak^2) に適合する必要があります
無限波長での粘度を取得します。
注： 座標と速度を十分な頻度で書き込むようにしてください。 初期、
非指数関数的であるため、自己相関関数の一部は、
ぴったり。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.trr / .cpt / ...>] （traj.trr）
完全な精度の軌道： てら CPT tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr） （オプション）
構造+質量（db）： tpr gro g96 pdb 壊れた
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-ot [<.xvg>] (transcur.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-oa [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-の [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-oc [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-ov [<.xvg>] (visc_k.xvg)
xvgr / xmgrファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps & .pdb ファイル
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
-[no] mol （いいえ）
分子のTCAFを計算する
-[いいえ]k34 （いいえ）
k=(3,0,0) と k=(4,0,0) も使用します。
-wt (5)
TCAF フィット重みの指数関数的減衰時間
-アクレン （-1）
ACFの長さ、デフォルトはフレーム数の半分です
-[no]正規化 （はい）
ACFを正規化する
-P (0)
ACFのルジャンドル多項式の次数（0はなしを示します）：0、1、2、3
-fitfn （なし）
フィット関数：なし、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9
-開始 (0)
相関関数の指数フィットを開始する時間
-エンドフィット （-1）
相関関数の指数フィットを終了する時間-1は、
end
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-tcaf を使用する
