go2rdfp - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

go2fmt、go2obo_xml、go2owl、go2rdf_xml、go2obo_text - 変換ツールとそのラッパー

SYNOPSIS

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml オントロジー/*.ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml オントロジー/gene_ontology.obo

DESCRIPTION

GO/OBO スタイルのオントロジー ファイルを解析し、別の形式で書き出す

議論
-e エラーファイル

解析エラーを XML に書き込みます - デフォルトは STDERR です (解析エラーは XML に存在しないはずです)
形成されたファイル)

-p FORMAT

どのパーサーを使用するかを決定します。 指定しない場合は、ファイルに基づいて推測します
サフィックス。 フォーマットについては以下を参照してください

-w|ライター FORMAT

出力の形式 - リストについては以下を参照してください

-|xslt XSLT

XSLT 変換の名前またはファイル名

これは、ファイルシステム上の任意の場所にあるファイルへの絶対パスにすることも、単にファイルへの絶対パスにすることもできます。
xslt の名前になります。 例えば

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

名前が指定されている場合は、まず $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl が検索されます。 もしも
GO_ROOT が設定されていない場合、GO がインストールされている Perl モジュール ディレクトリが検索されます (
通常のインストールプロセスに従った場合、xslts はここに自動的にインストールされます)

-use_cache
このスイッチを指定すると、キャッシュ モードがオンになります。

キャッシュ モードでは、初めてファイルを解析するときに、追加のファイルが解析されます。
高速に解析できる特別な形式でエクスポートされます。 このファイルは同じファイル名になります
元のファイルと同じですが、接尾辞「.cache」が付きます。

次回ファイルを解析するときに、このプログラムは自動的にファイルの存在を確認します。
「.cache」ファイルの。 ファイルが存在し、指定したファイルよりも新しい場合、これは
代わりに解析されます。 存在しない場合は再構築されます。

これにより、b の速度が向上します。 以下の出力形式 (例:
パスリスト）。 ほとんどの出力形式はイベントベースの解析で動作するため、オブジェクトをキャッシュすると、
メリットはなく、実際にはキャッシュをバイパスするよりも遅くなります。

書式
書き込み可能な形式は

ゴーオン
接尾辞「.ontology」を持つファイル

これらにはオントロジー DAG が保存されます

go_def
接尾辞「.defs」を持つファイル

go_xref
GO 用語の外部データベース参照

サフィックス「2go」を持つファイル (例: ec2go、metacyc2go)

go_assoc
GO を使用した遺伝子または遺伝子産物のアノテーション

「gene-association」というプレフィックスを持つファイル。

obo_テキスト
拡張子が「.obo」のファイル

これは、既存の GO フラット ファイル形式に代わる新しいファイル形式です。 それ
オントロジー、定義、外部参照を処理します (関連付けは処理しません)

obo_xml
接尾辞「.obo.xml」または「.obo-xml」を持つファイル

これは、上記の OBO フラット ファイル形式の XML バージョンです。

プロローグ
prolog の事実 - これらを使用するには、prolog コンパイラー/インタープリターが必要です。 あなたはできる
Obol または今後の Bio-LP プロジェクトを使用してこれらの事実を推論する

tbl 単純な (不可逆的な) 表形式表現

要約
オントロジーファイルとアソシエーションファイルの両方で使用できます

パスリスト
ルートへのすべてのパスを表示します

owl OWL形式 (デフォルト: OWL-DL)

OWLはオントロジーのW3C標準フォーマットです。

これを実行するには、完全な go-dev ディストリビューションからの XSL ファイルが必要です。 XML を参照してください
のセクションhttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
GO::Model::Graph オブジェクトの YAML 表現

obj_storable
perl GO::Model::Graph オブジェクトのダンプ。 これを行うには、CPAN からの Storable が必要です
仕事。 これは、高速アクセスのためにオブジェクトをファイルシステムにキャッシュすることを目的としています。 の
obj_storable 表現は移植できない可能性があります

テキスト_html
HTML化されたOBO出力フォーマット

godb_prestore
GODB リレーショナル スキーマに直接マップする XML (その後、次を使用してロードできます)
stag-storenode.pl)

chadodb_prestore
Chado リレーショナル スキーマに直接マップする XML (その後、次のコマンドを使用してロードできます)
stag-storenode.pl)

マニュアル
<http://www.godatabase.org/dev>

onworks.net サービスを使用してオンラインで go2rdfp を使用する