これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gt-csa です。
プログラム：
NAME
gt-csa - GFF3 ファイルのスプライスされたアライメントをコンセンサス スプライスされたアライメントに変換します。
SYNOPSIS
gt CSA [オプション...] [GFF3_file]
DESCRIPTION
-結合の長さ [値]
スプライスされたアライメント クラスタリングの結合長を設定します (デフォルト: 300)
-v [はい|いいえ]
冗長にする（デフォルト：いいえ）
-o [ファイル名]
指定されたファイルに出力をリダイレクトします（デフォルト：未定義）
-gzip [はい|いいえ]
gzip圧縮出力ファイルの書き込み（デフォルト：no）
-bzip2 [はい|いいえ]
bzip2圧縮出力ファイルの書き込み（デフォルト：no）
-力 [はい|いいえ]
出力ファイルへの書き込みを強制します（デフォルト：no）
-助けて
ヘルプを表示して終了します
-バージョン
バージョン情報を表示して終了します
例：
GFF3 ファイルがあると仮定しましょう csa_example_spliced_alignments.gff3 含みます
以下の XNUMX つの重複するスプライス アライメント (エクソンを含む遺伝子として表されます)
子供たち）：
## gff-バージョン3
##シーケンス領域シーケンス 1 290
続く遺伝子 1 209 。 + . ID=遺伝子1
続くエクソン 1 90 。 + . 親=遺伝子1
続くエクソン 110 190 。 + . 親=遺伝子1
続くエクソン 201 209 。 + . 親=遺伝子1
###
続く遺伝子 1 290 。 + . ID=遺伝子2
続くエクソン 1 90 。 + . 親=遺伝子2
続くエクソン 101 190 。 + . 親=遺伝子2
続くエクソン 201 290 。 + . 親=遺伝子2
###
続く遺伝子 10 290 。 + . ID=遺伝子3
続くエクソン 10 90 。 + . 親=遺伝子3
続くエクソン 110 190 。 + . 親=遺伝子3
続くエクソン 201 290 。 + . 親=遺伝子3
###
続く遺伝子 181 290 。 + . ID=遺伝子4
続くエクソン 181 190 。 + . 親=遺伝子4
続くエクソン 201 290 。 + . 親=遺伝子4
###
コンセンサススプライスされたアライメントを計算するには、次のように呼び出します。
$ gt csa csa_example_spliced_alignments.gff3
返されるもの:
## gff-バージョン3
##シーケンス領域シーケンス 1 290
配列 gt csa 遺伝子 1 290 。 + . ID=遺伝子1
配列 gt csa mRNA 1 290。 + . ID=mRNA1;親=遺伝子1
配列 gt csa エクソン 1 90 。 + . 親=mRNA1
配列 gt csa エクソン 110 190 。 + . 親=mRNA1
配列 gt csa エクソン 201 290 。 + . 親=mRNA1
配列 gt csa mRNA 1 290。 + . ID=mRNA2;親=遺伝子1
配列 gt csa エクソン 1 90 。 + . 親=mRNA2
配列 gt csa エクソン 101 190 。 + . 親=mRNA2
配列 gt csa エクソン 201 290 。 + . 親=mRNA2
###
ご覧のとおり、それらはコンセンサス スプライス アラインメントに結合されています (次のように表されます)。
子として mRNA を持つ遺伝子、さらに子としてエクソンを持つ遺伝子）と XNUMX つの選択肢
スプライスフォーム。 XNUMX 番目と XNUMX 番目のスプライスされた位置合わせが最初の位置合わせに結合されました。
選択的スプライス フォーム (mRNA1) と XNUMX 番目と XNUMX 番目のスプライス アラインメント
2 番目の選択的スプライス フォーム (mRNAXNUMX)。
ご覧のとおり、最初の選択的スプライス形式からの XNUMX 番目のエクソンは、
XNUMX 番目の選択的スプライス形式からの対応するエクソン。
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