これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gt-hop です。
プログラム：
NAME
gt-hop - 同族配列ベースのホモポリマーエラー修正。
SYNOPSIS
gt ホップ - -c -地図-読み取り[オプション...]
DESCRIPTION
-c [文字列]
同族シーケンス (gt encseq エンコードを使用してエンコード)
-地図 [文字列]
リードの同族配列へのマッピングは、SAM/BAM 形式であり、次の順序でソートされている必要があります。
座標 (たとえば、samtools sort を使用して準備できます)
-サム [はい|いいえ]
マッピング ファイルは SAM デフォルト: BAM
-攻撃的 [はい|いいえ]
できるだけ正確に
-適度 [はい|いいえ]
感度と精度の間を仲介する
-保守的 [はい|いいえ]
最も可能性の高いエラーのみを修正する
-エキスパート [はい|いいえ]
修正基準を手動で選択する
-読み取り
FastQ 形式の未修正の読み取りファイル。 修正された読み取り値は
入力ファイルとして名前が付けられたファイル内の現在の作業ディレクトリ。それぞれ先頭に追加されます。
プレフィックスによって (-outprefix オプションを参照) -reads を使用すると、同じファイル内で読み取りを出力できます。
入力と同じ順序で、SAM に複数のプライマリが含まれる場合は必須です。
各読み取りのアラインメント (bwasw の出力など) 代替として -o オプションも参照してください。
-outprefix [文字列]
出力ファイル名のプレフィックス (修正された読み取り) -reads が指定されている場合、プレフィックスは次のようになります。
各入力ファイル名の先頭に追加されます (デフォルト: hop_)
-o [文字列]
修正された読み取りの出力ファイル (-reads/-outprefix も参照) -o が使用されている場合、読み取りは
SAM ファイル内で見つかった順序で XNUMX つのファイルに出力します (通常は
元の順序とは異なります）これは、読み取りが一致している場合にのみ機能します。
各読み取りに対して 1 つのアライメントのみを含むソフトウェア (例: bwa) (デフォルト: 未定義)
-フミン [値]
同族配列のホモポリマーの最小長 (デフォルト: 3)
-read-hmin [値]
読み取りにおけるホモポリマーの最小長 (デフォルト: 2)
-qmax [値]
読み取りにおけるホモポリマーの最大平均品質 (デフォルト: 120)
-altmax [値]
代替ホモポールの最大サポート。 長さ; たとえば、0.8 は、次の場合には読み取り値を修正しないことを意味します。
ホモップ。 80%% を超える読み取りの長さは同じ値ですが、
altmax が 1.0 に設定されている場合、読み取りは常に修正されます (デフォルト: 0.800000)。
-コグミン [値]
同族配列ホモポールの最小サポート。 長さ; たとえば、0.1 は、何も修正しないことを意味します。
同族ホモップの場合は読み取ります。 cogmin の場合、読み取りの少なくとも 10%% に長さが存在しません。
0.0 に設定すると、読み取りは常に修正されます
-mapqmin [値]
最小限のマッピング品質 (デフォルト: 21)
-コブミン [値]
最小限の範囲。 例 5 は、カバレッジ (読み取り数) の場合は読み取りを修正しないことを意味します。
covmin が 5 に設定されている場合、ホモポリマー全体にマッピングされます) は 1 未満になります。
修正済み (デフォルト: 1)
-許可-複数 [はい|いいえ]
読み取り時に複数の修正を許可します (デフォルト: いいえ)
-クレンマックス [値]
最大修正長のデフォルト: 無制限
-アン [文字列]
同族シーケンスのアノテーション。同族シーケンスの座標によってソートする必要があります。
シーケンス (これは、たとえば gt gff3 -sort を使用して実行できます) -ann が使用されている場合、修正
で示されるフィーチャ タイプ内で開始または終了するホモポリマーに限定されます。
-ft オプション形式: ソートされた GFF3 (デフォルト: 未定義)
-フィート [文字列]
-ann オプションが指定された場合に使用する機能タイプ (デフォルト: CDS)
-v [はい|いいえ]
冗長にする（デフォルト：いいえ）
-助けて
基本オプションのヘルプを表示して終了します
-ヘルプ+
すべてのオプションのヘルプを表示して終了します
-バージョン
バージョン情報を表示して終了します
補正モード：
オプションのXNUMXつ -攻撃的, -適度, -保守的 or -エキスパート を選択する必要があります。
-攻撃的, -適度 および -保守的 モードは、その基準を事前に設定したものです。
同族配列とホモポリマーの長さの不一致が観察された場合に決定されます。
読みを修正するかしないか。 単一の基準の説明は、次の方法で提供されます。
-ヘルプ+' オプション。 プリセットは次の設定と同等です。
-攻撃的 -中程度 -保守的
-hmin 3 3 3
-read-hmin 1 1 2
-altmax 1.00 0.99 0.80
-refmin 0.00 0.00 0.10
-mapqmin 0 10 21
-covmin 1 1 1
-clenmax 無制限 無制限 無制限
-allow-multiple はい はい いいえ
アグレッシブ モードは感度を最大化しようとし、コンサバティブ モードは感度を最小化しようとします。
誤検知。 以下を使用すると、さらに保守的な一連の補正を実現できます。
-アン オプション（を参照） -ヘルプ+).
-エキスパート モードでは各パラメータを手動で設定できます。 デフォルト値は
と同じ -保守的 モード。
(最後に、評価のみを目的として、 -真実の状態 使用できるモード: このモード
配列決定されたゲノムが同族配列として指定されていると想定し、
修正の理想的なリスト。)
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