これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks の無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gt-ltrharvest です。
プログラム：
NAME
gt-ltrharvest - LTR レトロトランスポゾンを予測します。
SYNOPSIS
gt 収穫 [オプション ...] -index
DESCRIPTION
-インデックス [文字列]
拡張サフィックス配列インデックスの名前を指定します (必須) (デフォルト: 未定義)
-範囲 [start end]
LTR ペアを検索する入力シーケンス内の範囲を指定します (デフォルト:
[0..0])
-シード [値]
正確な繰り返しの最小シード長を指定します (デフォルト: 30)
-minlenltr [値]
各 LTR の最小長を指定します (デフォルト: 100)
-maxlenltr [値]
各 LTR の最大長を指定します (デフォルト: 1000)
-mindistltr [値]
LTR 開始位置の最小距離を指定します (デフォルト: 1000)
-maxdistltr [値]
LTR 開始位置の最大距離を指定します (デフォルト: 15000)
-似ている [値]
類似性のしきい値を [1..100%] の範囲で指定します (デフォルト: 85.000000)
-mintsd [値]
各 TSD の最小長を指定します (デフォルト: 4)
-maxtsd [値]
各 TSD の最大長を指定します (デフォルト: 20)
-モチーフ [文字列]
2 ヌクレオチド startmotif + 2 ヌクレオチド endmotif を指定します。 ** (デフォルト: 未定義)
-モチーフ [値]
モチーフ [0,3] の不一致の最大数を指定します (デフォルト: 4)
-ヴィック [値]
検索するヌクレオチド (左と右) の数を指定します。
予測されるLTRレトロトランスポゾンの5'および3'境界付近のTSDおよび/またはモチーフについて
（デフォルト：60）
-重複 [...]
no|best|all を指定します (デフォルト: best)
-xdrop [値]
extension-alignment に xdropbelowscore を指定します (デフォルト: 5)
-マット [値]
extension-alignment の matchscore を指定します (デフォルト: 2)
-ミス [値]
extension-alignment に不一致スコアを指定します (デフォルト: -2)
-で [値]
拡張子アラインメントの挿入スコアを指定します (デフォルト: -3)
-デル [値]
extension-alignment の削除スコアを指定します (デフォルト: -3)
-v [はい|いいえ]
詳細モード (デフォルト: いいえ)
-について [はい|いいえ]
表示する 古い 標準出力の GFF3 の代わりに表形式の出力 (デフォルト: はい)
-seqids [はい|いいえ]
GFF3 出力ではシーケンス番号の代わりにシーケンスの説明を使用します (デフォルト: no)
-md5 [はい|いいえ]
GFF5 出力の seqid に MD3 ハッシュを追加します (デフォルト: no)
-ロング出力 [はい|いいえ]
追加モチーフ/TSD出力（デフォルト：いいえ）
-でる [文字列]
FASTA 出力ファイル名を指定します (デフォルト: 未定義)
-アウター [文字列]
内部領域の FASTA 出力ファイル名を指定します (デフォルト: 未定義)
-gff3 [文字列]
GFF3 出力ファイル名を指定します (デフォルト: 未定義)
-オフセット [値]
GFF3 座標にオフセットを追加します (デフォルト: 0)
-スキャン [はい|いいえ]
インデックスを完全にメモリにマッピングするのではなく、順番にスキャンします (デフォルト: はい)
-助けて
基本オプションのヘルプを表示して終了します
-ヘルプ+
すべてのオプションのヘルプを表示して終了します
-バージョン
バージョン情報を表示して終了します
付加 情報
詳細については、ltrharvest のマニュアルを参照してください。
報告 バグ
バグを報告する[メール保護]>.
onworks.net サービスを使用して gt-ltrharvest をオンラインで使用する
