これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gt-shredder です。
プログラム：
NAME
gt-shredder - シーケンス ファイルをランダムな長さの連続した断片にシュレッダーします.
SYNOPSIS
gt シュレッダー [オプション ...] [シーケンスファイル ...]
DESCRIPTION
-カバレッジ [値]
sequence_file がシュレッダーされる回数を設定します (デフォルト: 1)
-最小長 [値]
細断されたフラグメントの最小長を設定します (デフォルト: 300)
-最大長 [値]
細断されたフラグメントの最大長を設定します (デフォルト: 700)
-オーバーラップ [値]
連続するピース間のオーバーラップを設定します (デフォルト: 0)
-サンプル [値]
与えられた確率で生成されたシーケンスピースのサンプルを取得します (デフォルト:
1.000000）
-clipdesc [はい|いいえ]
最初のスペースの後のクリップの説明 (だまされて \t, \n など) にオフセットと長さを追加します
一意の識別子を確保する (デフォルト: いいえ)
-幅 [値]
FASTAシーケンス印刷の出力幅を設定します（0はフォーマットを無効にします）（デフォルト：0）
-o [ファイル名]
指定されたファイルに出力をリダイレクトします（デフォルト：未定義）
-gzip [はい|いいえ]
gzip圧縮出力ファイルの書き込み（デフォルト：no）
-bzip2 [はい|いいえ]
bzip2圧縮出力ファイルの書き込み（デフォルト：no）
-力 [はい|いいえ]
出力ファイルへの書き込みを強制します（デフォルト：no）
-助けて
ヘルプを表示して終了します
-バージョン
バージョン情報を表示して終了します
で与えられた各シーケンス シーケンスファイル 連続したランダムな断片に細断されます
長さ（間 -最小長 & -最大長) 消費されるまで。 こうすることで最後に
指定されたシーケンスのシュレッダーされたフラグメントは、オプションの引数よりも短くすることができます
-最小長. このようなフラグメントを取り除くには、gt seqfilter を使用します (以下の例を参照)。
例：
特定の BAC をシュレッダーします。
$ gt シュレッダー U89959_genomic.fas > fragment.fas
EST コレクションを 50 ～ 100 bp の断片に細断し、すべてを取り除きます (ターミナル)
50 bp 未満のフラグメント:
$ gt シュレッダー -minlength 50 -maxlength 100 U89959_ests.fas \
| | gt seqfilter -minlength 50 - > fragment.fas
# 130 シーケンスのうち 1260 が削除されました (10.317%)
EST コレクションをシュレッダーし、結果のフラグメントのランダムな 10% のみを表示します。
$ gt シュレッダー -サンプル 0.1 U89959_ests.fas
報告 バグ
バグを報告する[メール保護]>.
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