これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの 2 つを使用して、OnWorks の無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gtf3gffXNUMXp です。
プログラム：
NAME
gtf2gff3 - GTF 形式のファイルを有効な GFF3 ファイルに変換します
VERSION
このドキュメントではバージョン 0.1 について説明します。
SYNOPSIS
gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file > gff3_file
DESCRIPTION
このスクリプトは、GTF 形式のファイルを有効な GFF3 形式のファイルに変換します。 マッピングされます
列 3 (\"type\" 列) の値は有効な SO ですが、多くの非標準用語があるためです。
GTF ファイルのその列に表示される場合があるため、構成ファイルを編集して独自の値を指定することもできます。
GTF 機能から SO へのマッピング。 このスクリプトは、エクソン、CDS、および
GTF ファイルで指定されるその他の機能。 現在、Ensemble と Twinscan でテストされています
GTF は、同じ仕様に従う他のファイルでも動作するはずです。 します
これらのファイルは遺伝子に同じ ID を使用するため、UCSC テーブル ブラウザから GTF では機能しません。
したがって、複数の転写物を XNUMX つの遺伝子にグループ化することは不可能です。 を参照してください。
詳細については、スクリプトに付属の README を参照してください。
オプション：
--cfg
構成ファイルのファイル名を指定します。 これに付属の設定ファイルを参照してください
形式の詳細についてはスクリプトを参照してください。 この設定ファイルを使用して、
脚本。 設定ファイルが指定されていない場合は、./gtf2gff3.cfg が検索されます。 ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg の順に実行します。
- 助けて
詳細な man ページ スタイルのヘルプ メッセージを提供して終了します。
診断
「エラー: 属性が欠落しているか、標準ではありません: parse_attributes」
GTF ファイル内の行に属性がないか、その属性列が
解析不可能。
「エラー: 非転写遺伝子機能はサポートされていません。サポートについては著者にお問い合わせください:
ビルド遺伝子"
この警告は、非トランスクリプトが含まれていたために行がスキップされたことを示します。
遺伝子の機能があり、コードには現在このタイプの機能を処理する機能が備わっていません。
おそらくこれを追加するのはそれほど難しくないので、このエラーが発生した場合は私に連絡してください。
これらの機能のサポートを希望します。
「エラー: トランスクリプトを構築するには少なくともエクソンまたは CDS が必要です: build_trnsc」
一部の機能にはtranscript_idがありましたが、それに関連付けられたエクソンまたはCDSはありませんでした。
そのtranscript_idが原因で、スクリプトはトランスクリプトの構築に失敗しました。
「エラー: seq_id の競合: validate_and_finish_trnsc」
同じトランスクリプト内で、同じ seq_id を共有しない XNUMX つのフィーチャが見つかりました。
「エラー: ソースの競合: validate_and_finish_trnsc」
同じトランスクリプト内で、同じソースを共有していない XNUMX つの機能が見つかりました。
「エラー: タイプの競合: validate_and_finish_trnsc」
同じトランスクリプト内で、同じものを共有すると予想される XNUMX つの特徴が見つかりました
と入力しましたが、入力しませんでした。
「エラー: ストランドの競合: validate_and_finish_trnsc」
同じトランスクリプト内で、同じ鎖を共有していない XNUMX つの特徴が見つかりました。
「エラー: seq_id の競合: validate_and_build_gene」
同じ遺伝子内で同じ seq_id を共有しない XNUMX つの特徴が見つかりました。
「エラー: ソースの競合: validate_and_build_gene」
同じ遺伝子内で、同じソースを共有していない XNUMX つの特徴が見つかりました。
「エラー: ストランドの競合: validate_and_build_gene」
同じ遺伝子内に、同じ鎖を共有していない XNUMX つの特徴が見つかりました。
「エラー: 遺伝子 ID の競合: validate_and_build_gene」
同じ遺伝子内で、同じgene_idを共有しないXNUMXつの特徴が見つかりました。
「致命的: GTF ファイル: file_name を読み取り用に開くことができません。」
GTF ファイルを開いて読み取ることができません。
「致命的: トランスクリプトを構築するにはエクソンまたは CDS が必要です: process_start」
start_codon フィーチャーにアノテーションが付けられましたが、エクソンまたは CDS が関連付けられていませんでした
そのtranscript_idを使用しているため、スクリプトは失敗しました。
「致命的: process_start のコードがテストされていません。サポートについては作成者にお問い合わせください。」
スクリプトは 5' UTR の存在に基づいて開始コドンを推測するように書かれていますが、
コードを書いたときにこのタイプの GTF の例がなかったため、代わりにプロセスを強制終了しました。
未テストのコードを実行するよりも。 サポートについては作者に連絡してください。
「致命的: 無効な機能セット: process_start」
私たちは、開始コドンを推測したり、アミノ酸以外のアミノ酸を推測したりするすべての可能な方法を検討しようとしました。
遺伝子をコーディングしていましたが、私たちは失敗しました。 遺伝子の特徴の組み合わせでは、
私たちにとっては感覚です。 このエラーが発生することはありません。発生した場合は、必ず確認してください。
それを生成した GTF ファイル。 サポートについては作者にお問い合わせください。
「致命的: トランスクリプトを構築するにはエクソンまたは CDS が必要です: process_stop」
stop_codon フィーチャーにはアノテーションが付けられましたが、それに関連付けられたエクソンまたは CDS はありませんでした。
そのtranscript_idが原因でスクリプトは失敗しました。
「致命的: process_stop のコードがテストされていません。サポートについては作成者にお問い合わせください。」
スクリプトは 3' UTR の存在に基づいて終止コドンを推測するように書かれていますが、
コードを書いたときにこのタイプの GTF の例がなかったため、代わりにプロセスを強制終了しました。
未テストのコードを実行するよりも。 サポートについては作者に連絡してください。
「致命的: 無効な機能セット: process_stop」
私たちは、終止コドンを推測したり、アミノ酸以外のアミノ酸を推測したりするためのあらゆる可能な方法を検討しようとしました。
遺伝子をコーディングしていましたが、私たちは失敗しました。 遺伝子の特徴の組み合わせでは、
私たちにとっては感覚です。 このエラーが発生することはありません。発生した場合は、必ず確認してください。
それを生成した GTF ファイル。 サポートについては作者にお問い合わせください。
「致命的: 無効な機能セット: process_exon_CDS_UTR」
私たちはエクソン、CDS、UTR を推論するあらゆる可能な方法を検討しようとしましたが、それでも
失敗した。 あなたの遺伝子の特徴の組み合わせは私たちには意味がありません。 あなたは本当に
このエラーが発生するはずです。もし発生した場合は、GTF ファイルを確認してください。
それを生成しました。 サポートについては作者にお問い合わせください。
「致命的: 配列参照が必要です: sort_features。」
ユーザーがこのエラーを引き起こすことはできません。 それはほぼ確実に、
ソフトウェアのバグ。 著者にご連絡ください。
「致命的:sort_feature_types のストランドを特定できません。」
これは、GTF ファイルが、次の機能のストランドを示していないことを示している可能性があります。
それを必要とします。 ソフトウェアのバグを示している可能性もあります。 著者にご連絡ください。
「致命的: ハッシュ参照が必要です: sort_feature_types。」
ユーザーがこのエラーを引き起こすことはできません。 それはほぼ確実に、
ソフトウェアのバグ。 著者にご連絡ください。
「致命的: 無効な値がストランド: ストランドに渡されました。」
これは、GTF ファイルが、次の機能のストランドを示していないことを示している可能性があります。
それを必要とします。 構成ファイルで DEFAULT_STRAND パラメーターを使用することを検討してください。 かもしれない
ソフトウェアのバグも示します。 著者にご連絡ください。
CONFIGURATION そして ENVIRONMENT
このスクリプトには構成ファイルが付属しています。 スクリプトはそれを探します
./gtf2gff3.cfg 内の設定ファイル、 ~/gtf2gff3.cfg または /etc/gtf2gff3.cfg の順序で。
構成ファイルがこれらの場所のいずれにも見つからず、提供されていない場合
--cfg フラグを使用すると、適切なデフォルトを選択しようとしますが、実際には指定する必要があります
設定ファイル。 付属の設定ファイル自体と README を参照してください。
構成ファイルの形式と詳細については、このパッケージに付属の資料を参照してください。
依存関係
このスクリプトには、CPAN から入手できる次の Perl パッケージが必要です。
(www.cpan.org)。
Getopt::Long; Config::Std を使用します。
非互換性
報告なし。
onworks.net サービスを使用して gtf2gff3p をオンラインで使用する
