これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド GWAMA です。
プログラム：
NAME
GWAMA - ゲノムワイド関連メタ分析
SYNOPSIS
グワマ [オプション]
DESCRIPTION
GWAMA (Genome-wide Association Meta Analysis) ソフトウェアは、ゲノムワイドアソシエーションメタ分析を実行します。
バイナリまたは定量的表現型の GWA 研究の結果。 固定効果とランダム効果
推定値を使用して、直接遺伝子型特定された SNP と代入された SNP の両方に対してメタ分析が実行されます。
バイナリ形質の対立遺伝子オッズ比と 95% 信頼区間、および推定値
定量的表現型の対立遺伝子効果サイズと標準誤差。 GWAMAが使える
すべての異なる遺伝モデル (乗算、加算、
優性、劣性)。 ソフトウェアには、エラーを識別するためのエラー トラップ機能が組み込まれています。
鎖アライメントエラーと対立遺伝子フリッピングを検出し、不均一性のテストを実行します。
研究間の影響。
OPTIONS
-i, -ファイルリスト=ファイル名
スタディの結果ファイルを指定します。 デフォルト = gwama.in
-o, - 出力=ファイルルート
分析出力用のファイルルートを指定します。 デフォルト = gwama (gwama.out、gwama.gc.out)
-r, - ランダム
ランダム効果補正を使用します。 デフォルト = 無効
-gc, --genomic_control
研究の結果ファイルを調整するにはゲノム制御を使用します。 デフォルト = 無効
-gco, --genomic_control_output
メタ分析の要約にゲノム制御を使用します（つまり、メタ分析の結果は
gc 用に修正されました）。 デフォルト = 無効
-qt, --定量的
量的形質バージョン (BETA および SE 列) を選択します。 デフォルト = バイナリ特性
-m, - 地図=ファイル名
マーカー マップのファイル名を選択します。
-t, - しきい値=0-1
要約効果の方向性を示すための p 値のしきい値。 デフォルト =
1
--no_alleles
対立遺伝子情報は提供されていない。 常に同じ EA が期待されます。
--indel_alleles
アレルラベルには複数の文字が含まれる場合があります。 ストランドチェックはありません。
--性別 性別差別化および性別不均一性分析を実行します (方法は「
論文『Magi』、リンドグレーン & モリス、2010)。 性別情報はファイルリストファイルで指定する必要があります。
(ファイル名の後の XNUMX 列目は M または F です)。
--name_marker
マーカー名列の代替ヘッダー。
--name_ストランド
ストランド列の代替ヘッダー。
--name_n
サンプルサイズ列の代替ヘッダー。
--name_ea
対立遺伝子列に影響を与える代替ヘッダー。
--name_nea
影響のない対立遺伝子列の代替ヘッダー。
--name_eaf
対立遺伝子頻度列に影響を与える代替ヘッダー。
--name_beta
ベータ列の代替ヘッダー。
--name_se
標準の代替ヘッダー。 うーん。 コル。
--name_or
OR 列の代替ヘッダー。
--name_or_95l
OR 95L 列の代替ヘッダー。
--name_or_95u
OR 95U 列の代替ヘッダー。
-h, - 助けて
このヘルプを印刷してください。
-v, - バージョン
GWAMA のバージョン番号を出力します。 このマニュアルページでは不十分なはずです。 をご利用ください。
gwama のオプションを簡単に思い出させるためのヘルプ オプション、またはそのホームページにアクセスする
オンラインドキュメントまたはダウンロード可能なマニュアルを使用してください。
onworks.net サービスを使用して GWAMA オンラインを使用する
