これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドhhconsensusです。
プログラム：
NAME
hhconsensus-A3M / FASTA入力ファイルのコンセンサス配列を計算します
SYNOPSIS
hhコンセンサス -i [オプション]
DESCRIPTION
HHconsensusバージョン2.0.16（2013年XNUMX月）のコンセンサス配列を計算します
A3M / FASTA入力ファイル。 （C）Johannes Soeding、Michael Remmert、Andreas Biegert、Andreas
Hauser Remmert M、Biegert A、Hauser A、およびSoding J. HHblits：超高速の反復
HMM-HMMアラインメントによるタンパク質配列検索。 ナットメソッド9：173-175（2011）。
-i
クエリアラインメント（A2M、A3M、またはFASTA）、またはクエリHMM
出力 オプション：
-s
FASTAにコンセンサス配列を追加します（デフォルト= ）。
-o
A3Mのコンセンサス配列とのアラインメントを書く
-oa3m
同じ
-oa2m
A2Mのコンセンサス配列とのアラインメントを書く
-ofas
FASTAのコンセンサス配列とのアラインメントを書く
-v
詳細モード：0：画面出力なし1：警告のみ2：詳細
フィルタ アラインメント （オプション できる be 組み合わせ）：
id [0,100]最大ペアワイズ配列同一性（％）（def = 100）
-差分 [0、inf [は、最も多様なシーケンスのセットをフィルタリングし、少なくともこれを維持します
50列を超える各ブロックの多くのシーケンス（def = 0）
-cov [0,100]クエリによる最小カバレッジ（％）（def = 0）
-qid [0,100]クエリを使用した最小シーケンスID（％）（def = 0）
-qsc [0,100]クエリを使用した列あたりの最小スコア（def = -20.0）
入力 アラインメント フォーマット：
-M a2m use A2M / A3M（デフォルト）：大文字=一致; 小文字=挿入; '-' =削除; '。' =
インサートに合わせたギャップ（省略可能）
-M 最初の
FASTAを使用：最初のシーケンスに残基がある列は一致状態です
-M 【0,100]
FASTAを使用：ギャップがX％未満の列は一致状態です
その他 オプション：
-追加します PSIPREDから予測された二次構造情報を追加します
例：hhconsensus -i stdin -s (Linuxで言うところのstdout）
onworks.netサービスを使用してオンラインでhhconsensusを使用する
