これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレータ、MAC OS オンライン エミュレータなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks の無料ホスティング プロバイダで実行できるコマンド hmm-assembler.pl です。
プログラム：
NAME
hmm-assembler.pl - SNAP モジュール hmm-assembler.pl
SYNOPSIS
hmm-assembler.pl [-オプション [-より多くのオプション]][--] [PROGRAM_ARG1 ...]
OPTIONS
フォロー中 XNUMX文字 オプション 受け入れられました:
引数付き： -i -e -A -D -M -S -C -I -N -a -3 -5 -Z -c
ブール値 (引数なし): -r -o -x -p -t -1
オプションは一緒にマージされる場合があります。 -- オプションの処理を停止します。 スペースは必要ありません
オプションとその引数の間。
オプション：
-i [500]
-e [1000]
-A [0:30]
-D [0:9]
-M [0:15]
-S [0:9]
-C [4]
-I [4]
-N [4]
-3 [] 3'UTR モデルが含まれます。必要があります -a
-a [] PolyA モデルが含まれており、必要です -3
-5 [] 5'UTR モエルが含まれており、必要です -p
-p 汎用プロモーター モデルを含む、必要 -5
-r 一般的なリピートモデルを含む
-o 逆ORFモデルを含む
-x 明示的な持続時間イントロン モデルを使用する
-t C.エレガンスのトランススプライシングを含む、必要 -p, -5
-Z クレード固有の値を設定します (ワーム、ハエ、植物)
-1 単一遺伝子モデル
-c
GC-AG スプライスドナーモデルを含む
onworks.net サービスを使用してオンラインで hmm-assembler.pl を使用する
