これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド hmmfetch です。
プログラム：
NAME
hmmfetch - ファイルからプロファイル HMM を取得する
SYNOPSIS
うーんフェッチ [オプション]
(名前が付けられた HMM を取得します。 )
うーんフェッチ -f [オプション]
(にリストされているすべての HMM を取得します。 )
うーんフェッチ - 索引 [オプション]
(インデックスフェッチ用）
DESCRIPTION
から XNUMX つまたは複数のプロファイル HMM をすばやく取得します。 (大規模な Pfam データベース、
例）。
最高速度については、 を使用して、最初にインデックスを作成する必要があります うーんフェッチ - 索引を選択します。
index は、という名前のバイナリ ファイルです。 .ssi. ただし、これはオプションであり、取得は
はるかに遅くなりますが、インデックスのないファイルからも動作します。
デフォルトのモードでは、名前またはアクセッションによって単一のプロファイルを取得します。 .
例：
% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045
-f オプション、 代わりに、XNUMX つ以上のキーのリストを含むものが読み取られます。
空白以外のコメント行の最初の空白区切りフィールド
として使用されます となり、その行に残っているデータは無視されます。 これにより、さまざまな
として使用される空白区切りのデータファイル s.
使用時 -f フォルダーとその下に 、もし うーんファイル インデックスが作成されている場合、キーは
発生する順序 キーファイルしかし、もし うーんファイル インデックスが作成されていない場合、キーは
発生する順序 うーんファイル. これは、許可する実装の副作用です。
複数のキーを取得する場合でも、 のような巻き戻し不可能なストリームです。
標準入力パイプ。
通常使用時（使用しない場合） - 索引 or -f オプション）、 '-' (ダッシュ) の場合があります。これは、意味します。
からの入力を読み取る stdin ファイルではなく。 とともに - 索引 オプション、 ではないかもしれない
なれ '-'; 標準入力ストリームにインデックスを付ける意味はありません。 とともに -f オプション、
どちら or (両方ではない) は「-」の場合があります。 多くの場合、特に有用です
読むには これにより、任意のコマンドを使用できるようになるため、標準入力から
HMM 名またはアクセッションのリストを作成するための行の呼び出し、およびそれらすべてを新しい
XNUMX つのコマンドだけでファイルを作成できます。
デフォルトでは、フェッチされた HMM は HMMER3 形式で標準出力に出力されます。
OPTIONS
-h ヘルプ; コマンドラインの使用法と利用可能なすべてのオプションの簡単なリマインダーを印刷します。
-f XNUMX 番目のコマンドライン引数は、 単一の代わりに を選択します。
各行の最初のフィールド 検索として使用されます (HMM 名
または加入）。 空白行とコメント行 (# 文字で始まる行) は
無視されます。
-o HMM をファイルに出力 標準出力の代わりに。
-O 名前の付いた個々のファイルに HMM を出力します。 標準出力の代わりに。 と
-f オプションを使用すると、多数のファイルが作成される可能性があります。
- 索引
から XNUMX つ以上のプロファイルを取得する代わりに、 、インデックス for
将来の回収。 これにより、 .ssi バイナリインデックスファイル。
onworks.net サービスを使用してオンラインで hmmfetch を使用する
