これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド idba_hybrid です。
プログラム:
NAME
idba_hybrid - ハイブリッド シーケンス データ用の反復的 de Bruijn グラフ アセンブラ
SYNOPSIS
idba_ハイブリッド -r read.fa -o 出力ディレクトリ [- リファレンス 参考文献]
DESCRIPTION
IDBA-Tran は、トランスクリプトーム用の反復 De Bruijn Graph De Novo ショートリード アセンブラーです。
これは、RNA シーケンシングリードのみに基づく純粋に de novo アセンブラーです。 IDBA-Tran はローカルを使用します
低発現転写物で欠落している k-mer を再構築するためにアセンブリを実行し、その後、
グラフをコンポーネントに分割するためのコンティグのプログレッシブ カットオフ。 各コンポーネント
ほとんどの場合、XNUMX つの遺伝子に対応し、多くの転写物は含まれません。 ヒューリスティック
次に、ペアエンドリードに基づくアルゴリズムを使用してアイソフォームを見つけます。
OPTIONS
-o, - アウト 引数 (= 出力)
出力ディレクトリ
-r, - 読んだ argは
fasta 読み取りファイル (<=128)
--read_level_2 argは
第 XNUMX レベルのスキャフォールドに対するペアエンド読み取りの高速化
--read_level_3 argは
第 XNUMX レベルのスキャフォールドのペアエンド読み取りの高速化
--read_level_4 argは
第 XNUMX レベルのスキャフォールドのペアエンド読み取りの高速化
--read_level_5 argは
第 XNUMX レベルのスキャフォールドのペアエンド読み取りの高速化
-l, --long_read argは
fasta ロングリードファイル (>128)
- リファレンス argは
リファレンスゲノム
- ミンク arg(= 20)
最小 k 値 (<=124)
--maxk arg(= 100)
最大 k 値 (<=124)
- ステップ arg(= 20)
各反復の k-mer の増分
--inner_mink arg(= 10)
内部最小 k 値
--inner_step arg(= 5)
k-mer の内部増分
--prefix arg(= 3)
サブ k-mer テーブルの構築に使用されるプレフィックスの長さ
--min_count arg(= 2)
グラフ構築時に k-mer をフィルタリングするための最小多重度
--min_support arg(= 1)
各反復における最小サポート
--num_threads arg(= 0)
スレッド数
--seed_kmer arg(= 30)
アライメント用のシード kmer サイズ
--min_contig arg(= 200)
コンティグの最小サイズ
--min_region arg(= 500)
参照ゲノム内の領域の最小サイズ
- 似ている arg(= 0.95)
アライメントの類似性
--max_mismatch arg(= 3)
誤り訂正の最大不一致
--min_pairs arg(= 3)
最小ペア数
--max_gap arg(= 50)
リファレンスの最大ギャップ
--no_local
ローカルアセンブリを使用しないでください
--no_coverage
カバレッジを反復しない
--no_correct
修正はしないでください
--pre_correction
組み立て前に事前補正を行う
onworks.net サービスを使用してオンラインで idba_hybrid を使用する