idba - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

idba_hybrid - ハイブリッド シーケンス データ用の反復的 de Bruijn グラフ アセンブラ

SYNOPSIS

idba_ハイブリッド -r read.fa -o 出力ディレクトリ [- リファレンス 参考文献]

DESCRIPTION

IDBA-Tran は、トランスクリプトーム用の反復 De Bruijn Graph De Novo ショートリード アセンブラーです。
これは、RNA シーケンシングリードのみに基づく純粋に de novo アセンブラーです。 IDBA-Tran はローカルを使用します
低発現転写物で欠落している k-mer を再構築するためにアセンブリを実行し、その後、
グラフをコンポーネントに分割するためのコンティグのプログレッシブ カットオフ。 各コンポーネント
ほとんどの場合、XNUMX つの遺伝子に対応し、多くの転写物は含まれません。 ヒューリスティック
次に、ペアエンドリードに基づくアルゴリズムを使用してアイソフォームを見つけます。

OPTIONS

-o, - アウト 引数 (= 出力)
出力ディレクトリ

-r, - 読んだ argは
fasta 読み取りファイル (<=128)

--read_level_2 argは
第 XNUMX レベルのスキャフォールドに対するペアエンド読み取りの高速化

--read_level_3 argは
第 XNUMX レベルのスキャフォールドのペアエンド読み取りの高速化

--read_level_4 argは
第 XNUMX レベルのスキャフォールドのペアエンド読み取りの高速化

--read_level_5 argは
第 XNUMX レベルのスキャフォールドのペアエンド読み取りの高速化

-l, --long_read argは
fasta ロングリードファイル (>128)

- リファレンス argは
リファレンスゲノム

- ミンク arg（= 20）
最小 k 値 (<=124)

--maxk arg（= 100）
最大 k 値 (<=124)

- ステップ arg（= 20）
各反復の k-mer の増分

--inner_mink arg（= 10）
内部最小 k 値

--inner_step arg（= 5）
k-mer の内部増分

--prefix arg（= 3）
サブ k-mer テーブルの構築に使用されるプレフィックスの長さ

--min_count arg（= 2）
グラフ構築時に k-mer をフィルタリングするための最小多重度

--min_support arg（= 1）
各反復における最小サポート

--num_threads arg（= 0）
スレッド数

--seed_kmer arg（= 30）
アライメント用のシード kmer サイズ

--min_contig arg（= 200）
コンティグの最小サイズ

--min_region arg（= 500）
参照ゲノム内の領域の最小サイズ

- 似ている arg（= 0.95）
アライメントの類似性

--max_mismatch arg（= 3）
誤り訂正の最大不一致

--min_pairs arg（= 3）
最小ペア数

--max_gap arg（= 50）
リファレンスの最大ギャップ

--no_local
ローカルアセンブリを使用しないでください

--no_coverage
カバレッジを反復しない

--no_correct
修正はしないでください

--pre_correction
組み立て前に事前補正を行う

onworks.net サービスを使用してオンラインで IDBA を使用する