これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド Indexdb_rna です。
プログラム：
NAME
Indexdb_rna - NGS 読み取りのフィルタリング、マッピング、OTU ピッキングのためのツール (indexdb)
SYNOPSIS
インデックスデータベース_rna --ref db.fasta、db.idx [オプション]
DESCRIPTION
SortMeRNA は、フィルタリング、マッピング、OTU ピッキングのための生物学的配列解析ツールです
NGSは読み取ります。 コア アルゴリズムは近似シードに基づいており、高速かつ
ヌクレオチド配列の高感度分析。 SortMeRNA の主な用途はフィルタリングです。
メタトランスクリプトーム データからの rRNA。 追加のアプリケーションには、OTU ピッキングと
分類の割り当ては QIIME v1.9+ を通じて利用可能 (http://qiime.org - v1.9.0-rc1)。
SortMeRNA は、読み取りファイル (fasta または fastq 形式) と XNUMX つまたは複数の rRNA を入力として受け取ります。
データベース ファイルを作成し、rRNA と拒否されたリードを、指定された XNUMX つのファイルに分類します。
ユーザー。 オプションで、rRNA リードの高品質な局所アライメントを提供できます。
rRNAデータベース。 SortMeRNA は Illumina、454、Ion Torrent、PacBio データと連携し、
SAM および BLAST のようなアライメントを生成します。
OPTIONS
必需品 OPTIONS
--ref 文字列、文字列
FASTAリファレンスファイル、インデックスファイル
例：
--ref /path/to/file1.fasta、/path/to/index1
複数の参照配列ファイルを渡す場合は、それらを「:」で区切ります。
例：
--ref /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,path/index2
オプション OPTIONS
- 速い BOOL
~99% の近縁種を揃えるための推奨オプション (デフォルト: オフ)
- センシティブ BOOL
約 75 ～ 98% の関連種を調整するための推奨オプション (デフォルト: オン)
--tmpdir STRING
一時ファイルを書き込むディレクトリ
-m INT インデックスを構築するためのメモリ量 (MB 単位) (デフォルト: 3072)
-L INT シードの長さ (デフォルト: 18)
--max_pos INT
一意の L-mer ごとに保存する位置の最大数 (デフォルト: 10000、設定
--max_pos 0 はすべてのポジションを保存します)
-v BOOL
詳細
-h BOOL
助けます
onworks.net サービスを使用してオンラインで Indexdb_rna を使用する
