これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド indigo-deco です。
プログラム：
NAME
indigo-deco - 分子足場の検出と R グループのデコンボリューション
SYNOPSIS
インディゴデコ ファイル [パラメータ]
インディゴデコ -h
DESCRIPTION
インディゴデコ 分子足場の検出と R グループのデコンボリューションを実行します。 承認されました
形式は、Molfile、SDFile、RDFile、SMILES、CML です。
OPTIONS
インディゴデコ 次のパラメータを受け入れます。
-h ヘルプメッセージを印刷する
-a おおよその足場を計算します (デフォルトは正確です)
-s
見つかった最大のスキャフォールドを molfile に書き込みます
-S
見つかったすべての足場を SD ファイルに書き込みます
-l
スキャフォールドを計算せず、ファイルからロードします
-sr
R サイトを含むスキャフォールドをファイルに書き込む
-o
結果として強調表示された分子をファイルに書き込む
-r
分離された r グループを持つ結果の分子をファイルに書き込みます
作成 芳香を考慮していない
-- オプションの終了をマークします
例
インディゴデコ *.mol -o HL.自衛隊 -s スカフ.sdf
現在のディレクトリ内の molfile から分子を読み取り、見つかった最大のスキャフォールドを保存します
scaf.mol にコピーし、強調表示された分子を hl.sdf に保存します。
インディゴデコ 構造.mol 多くの.sdf -s スカフモル -S allscafs.sdf -r 自衛隊
Structure.mol から XNUMX つの分子を読み取り、 many.sdf から複数の分子を読み取り、保存します
r-rgroup を持つ分子を rg.sdf にアップロードし、見つかったすべての足場を allscafs.sdf に保存します。
インディゴデコ *.smi -d レディースカフ.モル -o HL.自衛隊
現在のディレクトリ内のすべての SMILES ファイルから複数の分子を読み取り、
readyscaf.mol から scaffold を作成し、強調表示された分子を hl.sdf に保存します。
onworks.net サービスを使用してオンラインで indigo-deco を使用する
