これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド indigo-depict です。
プログラム：
NAME
indigo-depic - 分子と反応のレンダリング ユーティリティ
SYNOPSIS
藍染 infile.{mol、rxn、cml、smi} outfile.{png,svg,pdf} [パラメータ]
藍染 infile.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} outfile_%s.{png,svg,pdf} [パラメータ]
藍染 infile.smi outfile.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [パラメータ]
藍染 - SMILES outfile.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [パラメータ]
藍染 -助けて
DESCRIPTION
藍染 分子を描写するために使用されます。
OPTIONS
藍染 標準入力から入力ファイルまたは SMILES コードを読み取ることができます。 これらは
その後に次の XNUMX つ以上のパラメータが続きます。
-w
画像の幅 (ピクセル単位)
-h
画像の高さ (ピクセル単位)
-つなぐ
平均結合長 (ピクセル単位)
-マージン
水平および垂直マージン (ピクセル単位)。 デフォルトでは余白なし
-厚さ
相対厚み係数を設定します。 デフォルトは 1.0
-線幅
結合線幅係数を設定します。 デフォルトは 1.0
-ラベル
原子ラベル表示モードを設定します。 デフォルトは ターミナルヘテロ
-ハイドロ
暗黙の水素を表示します。 デフォルトは on
-[デ]アロム
芳香族化の強制[脱]
-ステレオ
ステレオグループ表示モード。 デフォルトは 古い
-cdbwsa
隣接する立体結合を持つ中心二重結合 (デフォルトでは無効)
-クエリ 入力をクエリ分子または反応として扱います (デフォルトでは無効)
-スマート
入力を SMARTS クエリ分子または反応として扱います (デフォルトでは無効)
-idフィールド
保存されたファイルの名前の '%s' の代わりに配置される SDF/RDF フィールド (デフォルトは
分子/反応数)
-触媒
矢印方向の反応触媒の配置。 デフォルトは 上下
-コメント
分子または反応の上に置くテキストコメント。 デフォルト値なし
-コメントオフセット
コメントと構造の間の垂直スペース (ピクセル単位)
-コメント欄
指定した SDF/RDF フィールドをコメントとして使用する
-コメント名
分子/反応名をコメントとして使用
-コメントサイズ
結合の厚さに対するテキスト コメントのフォント サイズ係数。 デフォルトは 6
-コメントポス
テキストコメントの位置 (デフォルトでは下)
-コメント整列 <0..1>
テキスト コメントの配置、float 値: 0 =左、 0.5 = 中心、 1 =右
-着色
色付けを有効/無効にします。 デフォルトは on
-hlthick
太い線と太字で強調表示を有効にする
-hlcolor
色によるハイライトを有効にします。 コンポーネント値は範囲 [0 255 ..]
-bgcolor
背景色を設定します。 コンポーネント値は範囲 [0 255 ..]
-ベースカラー
デフォルトの前景色を設定します。 コンポーネント値は範囲 [0 255 ..]
-aamcolor
AAM インデックスの色を設定します。 コンポーネント値は範囲 [0 255 ..]
-dsgcolor
データ SGroup の色を設定します。 コンポーネント値は範囲 [0 255 ..]
-コメントカラー
コメントの色を設定します。 コンポーネント値は範囲 [0 255 ..]
-原子番号
原子番号を表示する (デバッグ目的のみ)
-結合番号
結合番号を表示する (デバッグ目的のみ)
-ワンベース
原子と結合のインデックスを XNUMX から開始します。 デフォルトはゼロから
-助けて このヘルプメッセージを印刷する
例
藍染 infile.mol 出力ファイル.png -着色 オフ -アロム
藍染 データベース.sdf 分子_%s.png -idフィールド カドブレグノ -厚さ 1.1
藍染 データベース.smi データベース.sdf
藍染 - CC.[O-][*-]([O-])=O クエリ.png -クエリ
藍染 - OCO>>CC(C)N 反応.rxn
onworks.net サービスを使用してオンラインで indigo-depic を使用する
