キングプローブ-クラウドでのオンライン

プログラム：

NAME

キングプローブ-タンパク質の原子間パッキングを評価および視覚化

DESCRIPTION

構文：probe input.pdb >> out.kin

または：probe [flags] "src pattern" ["target pattern"] pdbfiles ... >> out.kin

フラグ：
-自己 自己交差：src-> src（デフォルト）

-両方 両方の方法で交差します：src <=> targ

-一度 単一の交差点：src-> targ

-アウト srcの外部ファンデルワールス表面（溶媒接触面）

-オートボンドロット ファイル名
autobondrotファイルを読み取って処理します

ショートカット：

< >同じ： -4H -mc -ヘット -自己 「altAogt33」

-デフォルト
と同じ：< >が、他のいくつかのフラグを許可します

-SCサーフェス と同じ： -落とす -rad1.4 -でる 「水ではない」

-露出
と同じ： -落とす -rad1.4 -でる （注：ユーザーはパターンを提供します）

-A表面
と同じ： -落とす -rad0.0 -add1.4 -でる 「水ではない」

-アクセス
と同じ： -落とす -rad0.0 -add1.4 -でる （注：ユーザーはパターンを提供します）

-SCAN0 と同じ： -4H -mc -自己 "alta blt40 ogt33"

-SCAN1 と同じ： -4H -一度 "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65、（水ogt33ではない）"

-DUMPAtominfo
選択した原子を数えます：src

（BOTHとONCEの両方にXNUMXつのパターンが必要であることに注意してください。

OUT、SELF、およびDUMPATOMINFOに必要なパターンはXNUMXつだけです）

-暗黙
暗黙の水素

-明示的
明示的な水素（デフォルト）

-密度#
ドット密度の設定（デフォルトは16ドット/平方A）

-半径＃。＃
プローブ半径を設定します（デフォルトは0.25 A）

-ADDvdw＃。＃
ファンデルワールス半径にオフセットが追加されました（デフォルトは0.0）

-SCALEvdwファンデルワールス半径の＃。＃スケールファクター（デフォルトは1.0）

-コスケール＃。＃
スケールC=O炭素ファンデルワールス半径（デフォルトは0.94）

-スパイク ドットの代わりにスパイクを描く（デフォルト）

-スパイク＃。＃
スパイクスケールの設定（デフォルト= 0.5）

-NOスパイク
ドットだけを描く

-HBレギュラー＃。＃通常のHbondsの最大オーバーラップ（デフォルト= 0.6）

-HB充電済み＃。＃帯電したHbondsの最大オーバーラップ（デフォルト= 0.8）

-保つ 選択されていない原子を保持する（デフォルト）

-落とす 選択されていない原子をドロップする

-LIMIT キスするときにバンプドットを最大距離に制限する（デフォルト）

-制限なし
バンプドットを制限しないでください

-レンズ kinファイルにlensキーワードを追加

-NOLEN
kinファイルにlensキーワードを追加しない（デフォルト）

-MC メインチェーン->メインチェーンの相互作用を含める

-HET 非水HETグループにドットを含める（デフォルト）

-NOHET
非水HETグループへのドットを除外します

-ウォーターズ
水にドットを含める（デフォルト）

-NOWATers
水にドットを除外する

-WAT2ワット
水の間に点を表示する

-ダンプ2O
水Hを含みますか？ 出力のvectorlist

-4H Hのボンドチェーンドット除去を4に拡張（デフォルト）

-3 ボンドチェーンドットの除去を3に制限します

-2 ボンドチェーンドットの除去を2に制限します

-1 ボンドチェーンドットの除去を1に制限します

-無視 「パターン」明示的ドロップ：パターンによって選択された原子を無視します

-道長
CH..OHbondsを認識します

-ちょ＃。＃
CH..O Hbondスコアのスケールファクター（デフォルト= 0.5）

-PolarH
極性水素の短い半径を使用します（デフォルト）

-NOPolarH
極性水素の半径を短くしないでください

-NOFACEhbond 芳香族面に対するHBondを識別しない

-name 「name」はグループ名を指定します（デフォルトの「dots」）

-ドットマスター
リストで追加のmaster={name}として使用されるグループ名

-NOグループ
.kin形式の出力で@groupステートメントを生成しないでください

-キネマージュ
.kin形式の出力の先頭に@kinemage1ステートメントを追加します

-カウントドット
ドットリストではなく、ドットの数を生成します

-フォーマットされていない
生のドット情報を出力

name：pat：type：srcAtom：targAtom：mingap：gap：spX：
spY：spZ：spikeLen：score：stype：ttype：x：y：z：sBval：tBval：

-OFORMAT
Oで表示するためにフォーマットされた出力ドット情報

-XVFORMAT
XtalViewで表示するためにフォーマットされた出力ドット情報

-オンライン
XNUMX行出力：contacts：by：severity：type：

-ギャップカラー
ギャップ量によるドットの色（デフォルト）

-ATOMカラー
原子タイプ別のカラードット

-ベースカラー
核酸塩基タイプ別のカラードット

-COLORBase
ギャップおよび核酸塩基タイプによるカラードット

-アウトカラーまたは 「名前」は、ポイントの色を指定します -アウト （デフォルトの「グレー」）

-ギャップウェイト#
スコアリングギャップの重みを設定します（デフォルトは0.25）

-バンプウェイト＃スコアリングバンプの相対スケールを設定します（デフォルトは10.0）

-HB重量#
Hbondsをスコアリングするための相対スケールを設定します（デフォルトは4.0）

-DIVLow＃。＃
バンプカテゴリの除算（デフォルト -0.4）

-DIV高＃。＃
連絡先カテゴリの分割（デフォルトは0.25）

-MINOCCupancy＃。＃
これより下の占有率はゼロと同じです（デフォルトは0.02）

-エレメント
kin出力にさまざまな要素のマスターボタンを追加する

-ノーバウト
HBondsの連絡先を出力しない

-NOCLASHOUT
衝突の連絡先を出力しない

-NOVDWOUT
ファンデルワールス相互作用の連絡先を出力しない

-ONLYBADOUT
onlybadoutは悪い衝突を出力します（重度のオーバーラップ接点）

-まとめ
連絡先と衝突の要約リストを出力します

-オンライン
要約リストをXNUMX行で出力

-通知
処理中に残余名ティッカーを表示しない

-STDBOND
標準残基の標準結合パターンのみを想定

-親なし
親の重原子の表に基づいて水素を結合しないでください

-SEGID PDBSegIDフィールドを使用して残基を区別します

-オルドゥ 古いスタイルを生成する -u 出力：kissEdge2BullsEyeなど

-VERbose
詳細モード（デフォルト）

-参照
参照文字列を表示する

-変更点
プログラムの変更のリストを表示する

-静かな 静音モード

-ヘルプ 拡張ヘルプ通知を表示する（他のフラグを含む）

-バージョン
stdoutへのXNUMX行バージョン

パターン要素:(コマンドラインで引用符で囲む必要があります）

ファイル＃内のFILE＃

モデル番号内のモデル番号

CHAINなぁ
チェーン内

せがああああ
セグメント識別子aaaa（_は空白を表す）

ALTa代替配座a

ATOMああああ
アトム名aaaa（_は空白を表します）（4文字すべてが使用されるため、Hは
ATOM_H__）

RESaaa残基aaa

＃残基＃

＃残基＃、挿入

＃-＃残基範囲＃（挿入コードは無視されます）

XNUMX文字のコードによる残基タイプ（例：y）

XNUMX文字のコードによるaaa残基タイプ（例：tyr）

ALL、PROTEIN、MC、SC、BASE、ALPHA、BETA、NITROGEN、CARBON、
酸素、硫黄、リン、水素、金属、極性、
非極性、帯電、ドナー、アクセプター、芳香族、メチル、熱、水、DNA、RNA

原子のすべてまたはサブセット

OLT＃占有率が＃未満（整数パーセント）

OGT＃占有率が＃（整数パーセント）より大きい

BLT＃B-値が＃未満（整数）

BGT＃B-値が＃より大きい（整数）

INSa挿入コードa（_は空白を表します）

＃。＃OF＃。＃、＃。＃、＃。＃内
ポイントからの距離内の原子

パターンは、「trp、phe、tyr」の意味などのコンマ区切りのリストに組み合わせることができます
TRPまたはPHEまたはTYR。

「chainb1-5」の意味のように、空白で区切られたパターンはすべて真でなければなりません。
鎖Bの残基1から5。

パターンを括弧でグループ化し、複数のパターンを|で区切ることもできます。
「または」を意味し、「notfile1」のようにNOTで補数を選択します。
ファイル1。

autobondrotファイルは他のPDB入力ファイルと似ていますが、情報が含まれています
回転やその他の変換の対象となる原子を特定します。

Calpha-Cbetaボンドローテーションと周期的なautobondrotファイルフラグメントの例
この回転のねじれペナルティ関数

アトム 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

bondrot：chi1：78.7：
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos：-3：60：3：ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
アトム 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 アトム 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00..。

Autobondrotコマンドは、コロンを使用して値を区切ります。変換：
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL＃ダミー

バイアス関数：
COS：scale：phaseOffset：frequency POLY：scale：offset：polynomialDegree CONST：value

分岐：
SAVE andRESTOREまたは"（" and "）"

（例えば、イソロイシンの各Chiとメチルを回転させる

シーケンスは次のとおりです。rotChi1/SAVE/ rotChi2 / rotCD1 / RESTORE / rotCG2）

方向を設定します：GO：angle1：angle2：...ファイルを含める：@filenameコメント：
＃コメントテキスト

プローブ：バージョン2.13.110909、Copyright 1996-2011、J。Michael Word

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