これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド kissreads です。
プログラム：
NAME
Kissreads - Kissreads 1.2.6 のマニュアルページ
DESCRIPTION
名前 KissReads、バージョン KissReads モジュール 1.2.6 - 著作権 INRIA - CeCILL ライセンス
SYNOPSIS Kissreads/キスレッド[
[
[-I] [-i インデックスストライド] [-m align_file] [-s] [-f] [-h]
説明 toCheck.fasta に含まれる各シーケンスが読み込まれたかどうかをチェックします
コヒーレント (各位置は少なくとも "min_coverage" 読み取りでカバーされます) からの読み取りで
readA.fasta または readB.fasta toCheck からのシーケンス s は、次のように処理されます。
if (s coherent with a least one read set): 次のようにシーケンスを出力します
>原断食コメント|C1:min s
A:分あり
readA.fasta のカバレッジ < readA.fasta の平均カバレッジ - R-squarred が修正されました
readA.fa の平均 < で最大のカバレッジを持つ位置の値
カバレッジは、位置を完全にマッピングした読み取りの数です
その他の状況 (どの状況とも一貫性がない): 読み取りが一貫していない結合、ない
出力
OPTIONS
-k size_seed: size_seed の長さのシードを使用します。 デフォルト: 25。
-O minimal_read_overlap: オーバーラップが最小の場合、読み取りをマップできます
「minimal_read_overlap」。 デフォルト: k
-c min_coverage: シーケンスは、少なくとも min_coverage コヒーレント リードでカバーされます。 デフォルト: 2
-d max_substitutions: 読み取りと読み取りの間で許可される置換の最大数
断片。 中央の位置での交代は許可されていないことに注意してください。
Kissnp の出力を分析しています。 デフォルト: 1。
-o file_name: read-coherent 出力を書き込みます。 デフォルト: 標準出力
-u file_name: 未読コヒーレント出力を書き込みます。 デフォルト: 標準出力
-n 入力ファイル (toCheck.fasta) は、kissnp 出力です (互換性がありません)。 -I オプション）
この場合: 1/ 上位の文字のみが考慮されます (
拡張) および 2/ 中心位置 (SNP が発生する場所) が厳密にマッピングされている、
このポジションでの交代は許可されていません。
-I 入力ファイル (toCheck.fasta) は Intl 出力です (互換性がありません)。 -n オプション）
-i index_stride (整数値)。 これは、メモリ フットプリントを制限するためのヒューリスティックです。
toCheck.fasta に含まれるシーケンスの各 kmer にインデックスを付ける代わりに、
kissreads は、各 "index_stride" 位置に発生する kmers にインデックスを付けます。 デフォルト = 1 (いいえ
ヒューリスティック）
-t スレッドの最大数 (入力ファイルの数によっても制限されます)
-m align_file、ファイル align_file 内のシーケンスにマップされた読み取りのファイルを書き込みます
-s サイレントモード
-f 一貫したイベントを標準の fasta ファイル形式で出力します
-h このメッセージを出力して終了します
onworks.net サービスを使用してオンラインで Kissreads を使用する
