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LAdump - クラウド上のオンライン

Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーター上の OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで LAdump を実行します。

これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド LAdump です。

プログラム:

NAME


LAdump - ダライナーのローカルアライメントを単純な形式で表示します

SYNOPSIS


LAダンプ [-cdt] [-o] src1:db|ダム [ src2:db|ダム ] 整列:ラス [ 読み取り:ファイル | 読み取り:範囲 ...]

DESCRIPTION


いいね LAショー(1) LAダンプ のサブセットのローカル アライメント (LA) を表示できます。
.las ファイルにファイルを作成し、それらについて表示する情報を選択します。 違いは
情報は非常に単純な「1 コード」ASCII 形式で記述されているため、簡単に作成できます。
さらに使用するために情報を読み取って解析するためのものです。 LAごとに読み取りのペア
が一行で出力されます。 -c LA の座標をさらに出力するよう要求します。
セグメントが出力されます。 の -d オプションは、LA 内の差異の数を要求します。
出力、および -t トレースポイント情報の出力を要求します。 ついに、 -o リクエスト
適切なオーバーラップである LA のみが出力されるようにします。

形式は非常にシンプルです。 要求された各情報は XNUMX 行に表示されます。 の
各行の最初の文字は、どのような情報を表示するかを示す「1 コード」文字です。
ラインで期待してください。 行の残りの部分には、各項目がどこにあるかに関する情報が含まれています。
単一の空白スペースで区切られます。 トレース ポイントの行はトレース ポイントの番号を示します
LA の間隔の直後に、次のペアを含む多数の行が続きます。
連続する各トレース ポイントの差分と b 変位の数を示す整数
間隔。

P #a #b - (#a,#b) の間に LA があります
C #ab #ae #bb #be - [#ab,#ae] は [#bb,#be] と一致します
D # - LA には # 違いがあります
T #n - LA には #n 個のトレース ポイント間隔があります
(#d #y )^#n - B の #y bp を一致させる #d 個の違いがあります
A の次の固定サイズの間隔
+ X # - X の合計量 (X = P または T)
% X # - パイル内の X の最大量 (X = P または T)
@ T # - 任意のトレース内のトレース ポイントの最大数

+、%、または @ で始まる 1 コード行は、常に出力の最初の行になります。 彼らは
出力に含まれる内容に関するサイズ情報を提供します。 具体的には、「+ X #」は次のようになります。
LA の総数 (X=P)、またはトレース ポイント間隔の総数 (X=T)
ファイル 。 「% X #」は、LA の最大数 (X=P) またはトレース ポイントの最大数を示します。
指定された間隔 (X=T) (すべて同じ a-read を持つ LA のコレクション (のみ適用)
最後に @ T # は、内の任意のトレースにおけるトレース ポイント間隔の最大数を与えます。
ファイル。

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