これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド LAdump です。
プログラム:
NAME
LAdump - ダライナーのローカルアライメントを単純な形式で表示します
SYNOPSIS
LAダンプ [-cdt] [-o] src1:db|ダム [ src2:db|ダム ] 整列:ラス [ 読み取り:ファイル | 読み取り:範囲 ...]
DESCRIPTION
いいね LAショー(1) LAダンプ のサブセットのローカル アライメント (LA) を表示できます。
.las ファイルにファイルを作成し、それらについて表示する情報を選択します。 違いは
情報は非常に単純な「1 コード」ASCII 形式で記述されているため、簡単に作成できます。
さらに使用するために情報を読み取って解析するためのものです。 LAごとに読み取りのペア
が一行で出力されます。 -c LA の座標をさらに出力するよう要求します。
セグメントが出力されます。 の -d オプションは、LA 内の差異の数を要求します。
出力、および -t トレースポイント情報の出力を要求します。 ついに、 -o リクエスト
適切なオーバーラップである LA のみが出力されるようにします。
形式は非常にシンプルです。 要求された各情報は XNUMX 行に表示されます。 の
各行の最初の文字は、どのような情報を表示するかを示す「1 コード」文字です。
ラインで期待してください。 行の残りの部分には、各項目がどこにあるかに関する情報が含まれています。
単一の空白スペースで区切られます。 トレース ポイントの行はトレース ポイントの番号を示します
LA の間隔の直後に、次のペアを含む多数の行が続きます。
連続する各トレース ポイントの差分と b 変位の数を示す整数
間隔。
P #a #b - (#a,#b) の間に LA があります
C #ab #ae #bb #be - [#ab,#ae] は [#bb,#be] と一致します
D # - LA には # 違いがあります
T #n - LA には #n 個のトレース ポイント間隔があります
(#d #y )^#n - B の #y bp を一致させる #d 個の違いがあります
A の次の固定サイズの間隔
+ X # - X の合計量 (X = P または T)
% X # - パイル内の X の最大量 (X = P または T)
@ T # - 任意のトレース内のトレース ポイントの最大数
+、%、または @ で始まる 1 コード行は、常に出力の最初の行になります。 彼らは
出力に含まれる内容に関するサイズ情報を提供します。 具体的には、「+ X #」は次のようになります。
LA の総数 (X=P)、またはトレース ポイント間隔の総数 (X=T)
ファイル 。 「% X #」は、LA の最大数 (X=P) またはトレース ポイントの最大数を示します。
指定された間隔 (X=T) 杭 (すべて同じ a-read を持つ LA のコレクション (のみ適用)
最後に @ T # は、内の任意のトレースにおけるトレース ポイント間隔の最大数を与えます。
ファイル。
onworks.net サービスを使用してオンラインで LAdump を使用する