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プログラム：

NAME

mafft-アミノ酸またはヌクレオチド配列のマルチプルアラインメントプログラム

SYNOPSIS

マフト [オプション] [> 出力]

それで [> 出力]

ギンシ [> 出力]

エインシ [> 出力]

ふふんし [> 出力]

ふふん [> 出力]

ネットワーク [> 出力]

ヌンシ [> 出力]

マフトプロファイル group1 group2 [> 出力]

, group1 & group2 FASTA形式である必要があります。

DESCRIPTION

マフト UNIXライクなオペレーティングシステム用のマルチプルアラインメントプログラムです。 それは提供しています
さまざまなマルチプルアライメント方法。

精度重視 メソッド：
・L-INS-i（おそらく最も正確、200未満のシーケンスに推奨、反復的な改良
ローカルペアワイズアラインメント情報を組み込む方法）：

マフト --localpair -最大化 1000 [> 出力]

それで [> 出力]

・G-INS-i（同様の長さのシーケンスに適しています。200未満のシーケンスに推奨されます。
グローバルペアワイズアラインメント情報を組み込んだ反復改良法）：

マフト --グローバルペア -最大化 1000 [> 出力]

ギンシ [> 出力]

・e-INS-i（大きなアラインメント不可能な領域を含むシーケンスに適しています。
<200シーケンス）：

マフト --ep 0 --genafpair -最大化 1000 [> 出力]

エインシ [> 出力]

E-INS-iの場合、 --ep 0 大きなギャップを許容するには、オプションをお勧めします。

スピード志向 メソッド：
・FFT-NS-i（反復改良法、XNUMXサイクルのみ）：

マフト --retree 2 -最大化 2 [> 出力]

ふふんし [> 出力]

・FFT-NS-i（反復改良法;最大1000回の反復）：

マフト --retree 2 -最大化 1000 [> 出力]

・FFT-NS-2（高速;プログレッシブ法）：

マフト --retree 2 -最大化 0 [> 出力]

ふふん [> 出力]

・FFT-NS-1（非常に高速、2000を超えるシーケンスに推奨、ラフを使用したプログレッシブ方式
ガイドツリー）：

マフト --retree 1 -最大化 0 [> 出力]

・NW-NS-i（FFT近似なしの反復改良法。XNUMXサイクルのみ）：

マフト --retree 2 -最大化 2 --ノフト [> 出力]

ヌンシ [> 出力]

・NW-NS-2（高速、FFT近似なしのプログレッシブ法）：

マフト --retree 2 -最大化 0 --ノフト [> 出力]

ネットワーク [> 出力]

・NW-NS-PartTree-1（〜10,000〜〜50,000シーケンスに推奨;プログレッシブ方式
PartTreeアルゴリズムを使用）：

マフト --retree 1 -最大化 0 --ノフト --パートツリー [> 出力]

グループ間 アラインメント

マフトプロファイル group1 group2 [> 出力]

または：

マフト -最大化 1000 - シード group1 - シード group2 / dev / null [> 出力]

OPTIONS

アルゴリズム
--自動
L-INS-i、FFT-NS-i、FFT-NS-2から適切な戦略を自動的に選択します。
データサイズに応じて。 デフォルト：オフ（常にFFT-NS-2）

--6マーペア
距離は、共有されている6merの数に基づいて計算されます。 デフォルト：オン

--グローバルペア
すべてのペアワイズアラインメントは、Needleman-Wunschアルゴリズムを使用して計算されます。 もっと
正確ですが、-6merpairよりも低速です。 グローバルに調整可能なセットに適しています
シーケンス。 最大200シーケンスに適用できます。 --maxiterate1000との組み合わせ
推奨されます（G-INS-i）。 デフォルト：オフ（6merの距離が使用されます）

--localpair
すべてのペアワイズアライメントは、Smith-Watermanアルゴリズムを使用して計算されます。 より正確な
ただし、-6merpairよりも低速です。 ローカルに整列可能なシーケンスのセットに適しています。
最大200シーケンスに適用できます。 --maxiterate1000との組み合わせは
推奨（L-INS-i）。 デフォルト：オフ（6merの距離が使用されます）

--genafpair
すべてのペアワイズアラインメントは、一般化されたローカルアルゴリズムで計算されます
アフィンギャップコスト（Altschul 1998）。 より正確ですが、-6merpairよりも低速です。 適切
大きな内部ギャップが予想される場合。 最大200シーケンスに適用できます。 NS
--maxiterate 1000との組み合わせをお勧めします（E-INS-i）。 デフォルト：オフ（6mer
距離が使用されます）

--ファストペア
すべてのペアワイズアラインメントはFASTAで計算されます（Pearson and Lipman1988）。 FASTAは
必要。 デフォルト：オフ（6merの距離が使用されます）

--重みi 数
ペアワイズアラインメントから計算された整合性項の重み係数。 有効
--globalpair、-localpair、-genafpair、-fastapair、または--blastpairのいずれかが
選択されました。 デフォルト：2.7

--retree 数
ガイドツリーが構築されます 数 プログレッシブステージの時間。 6merの距離で有効です。
デフォルト：2

-最大化 数
数 反復的な改良のサイクルが実行されます。 デフォルト：0

--fft
グループ間のアライメントでFFT近似を使用します。 デフォルト：オン

--ノフト
グループ間のアライメントではFFT近似を使用しないでください。 デフォルト：オフ

--noscore
アラインメントスコアは、反復的な改良段階ではチェックされません。 デフォルト：オフ（スコア
チェックされています）

--memsave
Myers-Miller（1988）アルゴリズムを使用します。 デフォルト：
アラインメント長が10,000（aa / nt）を超えています。

--パートツリー
2007merの距離で高速ツリー構築方法（PartTree、Katoh and Toh 6）を使用します。
多数（> 〜10,000）のシーケンスが入力される場合に推奨されます。 デフォルト：オフ

--dpparttree
PartTreeアルゴリズムは、DPに基づく距離で使用されます。 少し正確で
--parttreeよりも遅い。 多数（> 〜10,000）のシーケンスに推奨されます
入力。 デフォルト：オフ

--fastaparttree
PartTreeアルゴリズムは、FASTAに基づく距離で使用されます。 もう少し正確
--parttreeよりも低速です。 多数（> 〜10,000）のシーケンスに推奨
入力されます。 FASTAが必要です。 デフォルト：オフ

--パートサイズ 数
PartTreeアルゴリズムのパーティションの数。 デフォルト：50

--グループサイズ 数
アライメントを大きくしないでください 数 シーケンス。 -* parttreeでのみ有効
オプション。 デフォルト：入力シーケンスの数


--op 数
グループ間の調整でのギャップオープニングペナルティ。 デフォルト：1.53

--ep 数
グループ間の位置合わせのための、ギャップ拡張ペナルティのように機能するオフセット値。
デフォルト：0.123

--ロップ 数
ローカルペアワイズアラインメントでのギャップオープニングペナルティ。 --localpairまたは
--genafpairオプションが選択されています。 デフォルト：-2.00

--lep 数
ローカルペアワイズアラインメントでのオフセット値。 --localpairまたは--genafpairの場合に有効
オプションが選択されています。 デフォルト：0.1

--lexp 数
ローカルペアワイズアラインメントでのギャップ拡張ペナルティ。 --localpairまたは
--genafpairオプションが選択されています。 デフォルト：-0.1

--LOP 数
アラインメントをスキップするためのギャップオープニングペナルティ。 --genafpairオプションが
選択されました。 デフォルト：-6.00

--LEXP 数
アラインメントをスキップするためのギャップ拡張ペナルティ。 --genafpairオプションが
選択されました。 デフォルト：0.00

--bl 数
ブロッサム 数 行列（Henikoff and Henikoff 1992）が使用されます。 数= 30、45、62または80。
デフォルト：62

--jtt 数
JTTパム 数 （Jones etal。1992）マトリックスが使用されます。 数> 0。 デフォルト：BLOSUM62

--tm 数
膜貫通型PAM 数 （Jones etal。1994）マトリックスが使用されます。 数> 0。 ディフォルト：
ブロッサム62

--aamatrix マトリックスファイル
ユーザー定義のAAスコアリングマトリックスを使用します。 のフォーマット マトリックスファイル と同じです
ブラスト。 ヌクレオチド配列が入力された場合は無視されます。 デフォルト：BLOSUM62

--fmodel
AA / nuc構成情報をスコアリングマトリックスに組み込みます。 デフォルト：オフ

出力
--clusterout
出力フォーマット：clustalフォーマット。 デフォルト：オフ（fasta形式）

--inputorder
出力順序：入力と同じ。 デフォルト：オン

-並べ替え
出力順序：整列。 デフォルト：オフ（入力順序）

-- ツリーアウト
ガイドツリーが出力されます .treeファイル。 デフォルト：オフ

- 静かな
進捗状況を報告しないでください。 デフォルト：オフ

入力
--nuc
配列がヌクレオチドであると仮定します。 デフォルト：自動

- アミノ
配列がアミノ酸であると仮定します。 デフォルト：自動

- シード アラインメント1 [- シード アラインメント2 - シード アラインメント3 ...]
で与えられたシードの配置 align_n （fasta形式）の配列と整列
。 すべてのシード内の配置は保持されます。

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