これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンドloadPulsesです。
プログラム：
NAME
loadPulses - ロードシーケンスパルス情報
SYNOPSIS
負荷パルス ベースファイル名 cmpファイル名 [オプション]
DESCRIPTION
負荷パルス パルス間の距離や品質などのシーケンスパルス情報をロードします
情報を cmp.h5 ファイルに書き込みます。 これにより、動態と品質を分析することができます
アライメント列による情報。
OPTIONS
ベースファイル名
入力 {bas,pls}.h5 または input.fofn。
cmpファイル名
パルス情報をロードする cmp.h5 ファイル。
-メトリクス 値
メトリクスのカンマ区切りリスト (スペースなし)。
有効なオプションは次のとおりです。
WhenStarted、QualityValue、InsertionQV、MergeQV、DeletionQV、DeletionTag、
SubstitutionTag、SubstitutionQV、PreBaseFrames、IPD、StartFrame、PulseWidth、
widthInFrames、Light、pkmid、ClassifierQV、PulseIndex
デフォルトのオプションは次のとおりです。
QualityValue、ClassifierQV、StartFrame、PulseWidth、WidthInFrames、pkmid、
IPD
-failOnMissingData
bas.h5 または pls.h5 入力にデータ フィールドが欠落している場合は終了します。
メトリクスをロードするために必要です。 デフォルトは警告です。
-byread
メトリクスをバッファリングするのではなく、読み取りによってパルス情報をロードします。
-バイメトリック
パルス情報を読み取りではなくメトリックによってロードします。 これは、より多くのメモリを使用します
-byread、ただし、より高速になる可能性があります。
-最大要素 値
バッファリングする pls/bas ファイルのサイズ制限を設定します。 -バイメトリック (デフォルト値:
最大整数)。 使用 -byread 制限を超えた場合。
-maxMemory 値
データをバッファリングするメモリに制限 (GB 単位) を設定します。 -バイメトリック (デフォルト値: 4
GB）。 使用 -byread 制限を超えた場合。
-metaNElements 値
bas/bax/pls.h5 ファイルを読み取るためのメタデータ キャッシュ内の要素の数を設定します。
-rawNElements値
bas/bax/pls.h5 ファイルを読み取るための生データ キャッシュ内の要素の数を設定します。
-rawチャンクサイズ 値
bas/bax/pls.h5 ファイルを読み取るための生データ キャッシュのチャンク サイズを設定します。
onworks.netサービスを使用してオンラインでloadPulsesを使用する
