macs2_bdgcmp - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

macs2_bdgcmp - ChIP シーケンスのためのモデルベースの解析

DESCRIPTION

使用法: macs2 bdgcmp [-h] -t TFファイル -c CFILE [-S SFACTOR] [-p PSEUDOCOUNT]

[-m {ppois,qpois,subtract,logFE,FE,logLR,slogLR}
[{ppois,qpois,subtract,logFE,FE,logLR,slogLR} ...]]
[--outdir OUTDIR] (--o-プレフィックス オペフィックス | -o ファイル [ファイル ...])

任意 引数：
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します

-t TFILE、 --tfile TFファイル
治療ベッドグラフ ファイル (MACSv2 の *_treat_pileup.bdg など)。 必要

-c ファイル、 --cfile ファイル
コントロール bedGraph ファイル (MACSv2 の *_control_lambda.bdg など)。 必要

-S SFファクター、 --スケーリング係数 ファクター
治療およびコントロールトラックのスケーリング係数。 ほとんどの場合、1.0 またはデフォルトのままにしておきます。
ケース。 MACS2 コールピークから SPMR 出力があり、次のことを計画している場合にのみ設定してください。
MACS2 callpeak モジュールとしてスコアを計算します。 なしで「callpeak」をシミュレートしたい場合
'--to-large'、冗長なものをフィルタリングした後、より小さい効果的なサンプル サイズを計算します。
31.415926 万単位の読み取り (たとえば、有効な読み取りが 31,415,926 の場合は XNUMX と入力)
それは「-S」です。 「コールピーク」の場合 --大きすぎる'、より大きなサンプルで有効なリードを計算します。
デフォルト：1.0

-p 擬似カウント、 --疑似カウント 疑似カウント
logLR、logFE、または FE の計算に使用される擬似カウント。 カウントが適用されます
シーケンス深度の正規化後。 デフォルト: 0.0、擬似カウントは適用されません。

-m {ppois,qpois,subtract,logFE,FE,logLR,slogLR}
[{ppois,qpois,subtract,logFE,FE,logLR,slogLR} ...], - 方法
{ppois,qpois,subtract,logFE,FE,logLR,slogLR} [{ppois,qpois,subtract,logFE,FE,logLR,slogLR}
...]
治療値と治療値を比較することで任意のビンのスコアを計算するときに使用する方法
制御値。 使用可能な選択肢は、ppois、qpois、subtract、logFE、logLR、および
スロッグLR。 それらはポアソン P 値を表します (-log10(pvalue) 形式) コントロールをラムダとして使用する
ポアソン p 値の BH プロセスによる q 値を観察として処理します。
処理からの減算、線形スケール倍数濃縮、log10 倍
エンリッチメント(擬似カウントの設定が必要)、ChIPエンリッチモデル間のlog10尤度
オープンクロマチンモデル(擬似カウントの設定が必要)、対称log10尤度
XNUMX つの ChIP エンリッチメント モデルの間。 デフォルトのオプションは ppois です。

--outdir 外向き
指定すると、すべての出力ファイルがそのディレクトリに書き込まれます。 デフォルト：
現在の作業ディレクトリ

--o-プレフィックス オペフィックス
スコアを書き込むための出力 bedGraph ファイルの PREFIX。 A とメソッドとして与えられた場合
が 'ppois' の場合、出力ファイルは A_ppois.bdg になります。 相互排他的 -o/-ofile。

-o ファイル [ファイル ...]、 --ofile ファイル [ファイル ...]
出力ファイル名。 相互排他的 --o-プレフィックス。 の数と順番は、
の引数 --ofile と同じでなければなりません -m.

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