これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションの2つを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドmacsXNUMX_bdgdiffです。
プログラム：
NAME
macs2_bdgdiff-ChIPシーケンスのモデルベースの分析
DESCRIPTION
使用法：macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG
[-C カットオフ] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 DEPTH1]
[--d2 DEPTH2] [--outdir OUTDIR]（--o-プレフィックス オペフィックス | -o OFILE OFILE OFILE）
任意 引数：
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します
--t1 T1BDG
条件1のMACSパイルアップbedGraph。callpeakと互換性がありません --SPMR 出力。
REQUIRED
--t2 T2BDG
条件2のMACSパイルアップbedGraph。callpeakと互換性がありません --SPMR 出力。
REQUIRED
--c1 C1BDG
条件1のMACS制御ラムダbedGraph --SPMR
出力。 必要
--c2 C2BDG
条件2のMACS制御ラムダbedGraph --SPMR
出力。 必要
-C 切り落とす、 - 切り落とす を中断する
logLRカットオフ。 デフォルト：3（尤度比= 1000）
-l ミンレン、 --ミンレン ミンレン
差分領域の最小の長さ。 小さな領域を削除するには、より大きな値を試してください。
デフォルト：200
-g MAXGAP、 --最大ギャップ マックスギャップ
近くの差分領域をマージするための最大ギャップ。 広いためのより広いギャップを検討してください
マーク。 最大ギャップは最小長より小さくする必要があります（-g）。 デフォルト：100
--d1 DEPTH1、 --深さ1 深さ1
条件1のシーケンス深度（XNUMX万単位の非冗長読み取りの数）
と一緒に使用 --d2。 の説明を参照してください --d2 それらを割り当てる方法については、以下を参照してください。
デフォルト：1
--d2 DEPTH2、 --深さ2 深さ2
条件2のシーケンス深度（XNUMX万単位の非冗長読み取りの数）
と一緒に使用 --d1。 DEPTH1とDEPTH2は、スケーリングの計算に使用されます
各サンプルの因数分解により、大きいサンプルを小さいサンプルのレベルにダウンスケールします。
たとえば、10万の条件1と20万の条件2を比較する場合、次のように使用します。
--d1 10 --d2 20、次に条件2のbedGraphのパイルアップ値はで除算されます
2.デフォルト：1
--outdir 外向き
指定すると、すべての出力ファイルがそのディレクトリに書き込まれます。 デフォルト：
現在の作業ディレクトリ
--o-プレフィックス オペフィックス
出力ファイルプレフィックス。 実際のファイルにはPREFIX_cond1.bedという名前が付けられます。
PREFIX_cond2.bedおよびPREFIX_common.bed。 相互に排他的 -o/-ofile。
-o OFILE OFILE OFILE、 --ofile ファイル ファイル ファイル
出力ファイル名。 順番に1つの引数を指定する必要があります。XNUMX。の一意の領域のファイル
条件1; 2.条件2の一意の領域のファイル。 3.共通領域のファイル
両方の条件で。 注：相互に排他的 --o-プレフィックス.
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