これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションの2つを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドmacsXNUMXです。
プログラム：
NAME
macs2-macs2-ChIPシーケンスのモデルベースの分析
DESCRIPTION
使用法：macs2 [-h] [--version]
{callpeak、bdgpeakcall、bdgbroadcall、bdgcmp、bdgopt、cmbreps、bdgdiff、filterdup、predicted、pileup、randsample、refinepeak}
...
mac2 -- ChIPシーケンスのモデルベースの分析
ポジショナル 引数：
{callpeak、bdgpeakcall、bdgbroadcall、bdgcmp、bdgopt、cmbreps、bdgdiff、filterdup、predicted、pileup、randsample、refinepeak}
コールピーク
主なMACS2機能：アライメント結果からピークを呼び出します。
BDGピークコール
bedGraph出力からピークを呼び出します。 注：同じ染色体上のすべての領域
bedGraphファイルは連続している必要があるため、MACS2のbedGraphファイルのみが連続しています。
容認できる。
bdgbブロードコール
bedGraph出力からブロードピークを呼び出します。 注：同じ染色体上のすべての領域
bedGraphファイルは連続している必要があるため、MACS2のbedGraphファイルのみが連続しています。
容認できる。
bdgcmpbedGraphのXNUMXつの信号トラックを比較してノイズを差し引きます。 注：上のすべての地域
bedGraphファイル内の同じ染色体は連続している必要があるため、bedGraphファイルのみ
MACS2からのアクセスが可能です。
bedGraphファイルのスコア列に対するbdgopt操作。 注：同じ地域のすべての地域
bedGraphファイルの染色体は連続している必要があるため、
MACS2はアクセプタブルです。
cmbreps
レプリケートからのスコアのBEDGraphsを結合します。 注：同じ地域のすべての地域
bedGraphファイルの染色体は連続している必要があるため、
MACS2はアクセプタブルです。
bdgdiff
ペアになったXNUMXつのベッドグラフファイルに基づくディファレンシャルピーク検出。 注：すべての地域
bedGraphファイルの同じ染色体上で連続している必要があるため、bedGraphのみ
MACS2からのファイルはアクセス可能です。
フィルター重複
同じ位置にある重複する読み取りを削除してから、許容可能な形式をBEDに変換します
形式でダウンロードすることができます。
予測
アラインメント結果からdまたはフラグメントサイズを予測します。 *重複をフィルタリングしません*
パイルアップパイルアップは、指定された拡張サイズ（フラグメントサイズまたはMACSのd）で読み取りを整列します
言語）。 重複読み取りのフィルタリングまたはシーケンス処理の手順がないことに注意してください
深度スケーリング。特定の前処理/後処理を行う必要がある場合があります。
ランドサンプル
ランダムにサンプル数/総読み取りのパーセンテージ。
リファインピーク
（実験的）生の読み取りアライメントを取り、ピークサミットを洗練し、スコアを与える
無駄/クリックタグのバランスを測定します。 SPPに触発されました。
任意 引数：
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します
- バージョン
プログラムのバージョン番号を表示して終了します
各コマンドのコマンドラインオプションについては、次のように入力します。macs2COMMAND -h
onworks.netサービスを使用してオンラインでmacs2を使用する
