macsyfinder - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

macsyfinder - macsyfinder 1.0.2 のマニュアル ページ

DESCRIPTION

使用法: macsyfinder [-h] [--sequence-db SEQUENCE_DB]

[--db-type {unordered_replicon,owned_replicon,gembase,unowned}]
[--replicon-topology {linear,circular}] [--topology-file TOPOLOGY_FILE] [--idx]
[--遺伝子間の最大スペース INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE]
[--最小必須遺伝子必須 MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED] [--最小遺伝子が必要 MIN_GENES_REQUIRED
MIN_GENES_REQUIRED] [--max-nb-genes MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES] [--マルチ遺伝子座
MULTI_LOCI] [--hmmer HMMER_EXE] [--index-db INDEX_DB_EXE] [--e-value-search
E_VALUE_RES] [--i-evalue-select I_EVALUE_SEL] [--coverage-profile COVERAGE_PROFILE]
[-d DEF_DIR] [-o OUT_DIR] [-r RES_SEARCH_DIR] [--res-search-suffix
RES_SEARCH_SUFFIX] [--res-extract-suffix RES_EXTRACT_SUFFIX] [-p PROFILE_DIR]
[--profile-suffix PROFILE_SUFFIX] [-w WORKER_NB] [-v] [--log LOG_FILE] [--config
CFG_FILE] [--前に実行 PREVIOUS_RUN] システム [システム ...]

MacSyFinder は、ディダーム細菌のタンパク質分泌システムを検出するためのツールです
タンパク質データセットから。

ポジショナル 引数：
システム
検出するシステム。 これは必須のオプションであり、キーワードは関連付けられていません。
それ。 すべてのタンパク質分泌システムおよび関連付属物を検出するには: に設定します。
「すべて」(大文字と小文字は区別されません)。 それ以外の場合は、単一または複数のシステムを指定できます。
例:「T2SS T4P」。

任意 引数：
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します

入力 データセット オプション：
--シーケンス-db シーケンス_DB
fasta 形式のシーケンス データセットへのパス。

--db-type {unordered_replicon,owned_replicon,gembase,unowned}
処理するデータセットのタイプ。 「unordered_replicon」は、
組み立てられていないゲノム、メタゲノム データセットへの「unordered」、メタゲノム データセットへの「ordered_replicon」
組み立てられたゲノム、および配列識別子が含まれるレプリコンのセットへの「ゲムベース」
この規則に従います:「">RepliconName SequenceID」。

--レプリコン-トポロジー {直線、円形}
レプリコンのトポロジ (このオプションは、db_type が
「ordered_replicon」または「gembase」。

--トポロジーファイル トポロジー_ファイル
トポロジーファイルのパス。 トポロジ ファイルを使用すると、トポロジ (線形または
循環) 各レプリコンに対して (このオプションは、db_type が
「ordered_replicon」または「gembase」。 トポロジ ファイルは、次の XNUMX つの情報を含む表形式のファイルです。
列: 1 番目はレプリコン名、2 番目は対応するトポロジです。
「レプリコンAリニア」

--idx 以前にインデックスが作成されていた場合でも、シーケンス データセットのインデックスを強制的に構築します。
計算され、データセットの場所に存在します (デフォルト = False)

システム 検出 オプション：
--遺伝子間の最大スペース INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE
共局在化基準: プロファイルに一致しないコンポーネントの最大数
XNUMX つの一致したコンポーネント間では、それらが連続しているとみなされることが許可されます。 オプション
「順序付けされた」データセットに対してのみ意味があります。 最初の値はシステムと一致する必要があります。
コンポーネントの数に次ぐものです。 このオプションは複数回繰り返すことができます。
"--inter-gene-max-space T2SS 12 --遺伝子間の最大スペース 鞭毛 20"

--min-mandatory-genes-required MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
システム評価に必要な必須遺伝子の最小数。 最初
値はシステム名に対応し、XNUMX 番目の値は整数に対応する必要があります。 このオプション
何度か繰り返すことができます: "--minmandatory-genes-required T2SS 15
--min-mandatorygenes-required 鞭毛 10"

--min-genes-required MIN_GENES_REQUIRED MIN_GENES_REQUIRED
システム評価に必要な遺伝子の最小数 (両方を含む)
「必須」コンポーネントと「アクセサリ」コンポーネント）。 最初の値は、
システム名、整数の XNUMX 番目の値。 このオプションは複数回繰り返すことができます
回: "--min-genesrequired T2SS 15 --min-genes-required 鞭毛 10"

--max-nb-genes MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES
システム評価に必要な遺伝子の最大数。 最初の値は次のとおりです。
システム名に対応し、XNUMX 番目の値は整数に対応します。 このオプションは次のとおりです
数回繰り返します: "--max-nb-genes T2SS 5 --max-nb-genes 鞭毛10

--多遺伝子座 MULTI_LOCI
指定されたシステムの複数座位システムの保存を許可します。 システムは次のとおりです。
カンマ区切りのリストとして指定します (--多遺伝子座 sys1,sys2) デフォルトは False

オプション の ハマー 実行 　 ヒット フィルタリング：
――うーん HMMER_EXE
Hmmer プログラムへのパス。

--index-db INDEX_DB_EXE
Hmmer に使用されるインデクサー。 値は「makeblastdb」または
「formatdb」またはこれらのバイナリのいずれかへのパス (デフォルト = makeblastb)

--e-値検索 E_VALUE_RES
Hmmer 検索中に報告されるヒットの最大 e 値。 (デフォルト = 1)

--i-evalue-select I_EVALUE_SEL
システム検出用に選択される Hmmer ヒットの最大独立 e 値。
（デフォルト= 0.001）

--カバレッジプロファイル COVERAGE_PROFILE
ヒットの選択を可能にするヒット アライメントに必要な最小限のプロファイル カバレッジ
システム検出用。 (デフォルト = 0.5)

パス オプション：
-d DEF_DIR、 --def DEF_DIR
システム定義ファイルへのパス。

-o OUT_DIR、 --out-dir OUT_DIR
結果を保存するディレクトリへのパス。 outdir が指定されている場合 res-search-dir
無視されます。

-r RES_SEARCH_DIR、 --res-検索ディレクトリ RES_SEARCH_DIR
MacSyFinder の検索結果ディレクトリを保存するディレクトリへのパス
(デフォルトの現在の作業ディレクトリ)。

--res-検索サフィックス RES_SEARCH_SUFFIX
Hmmer の生の出力ファイルに付けるサフィックス。

--res-extract-suffix RES_EXTRACT_SUFFIX
フィルタリングされたヒット出力ファイルに付けるサフィックス。

-p PROFILE_DIR、 --プロファイルディレクトリ PROFILE_DIR
プロファイル ディレクトリへのパス。

--プロファイルサフィックス PROFILE_SUFFIX
プロファイル ファイルの接尾辞。 各「Gene」要素の対応するプロファイルは次のとおりです。
遺伝子名 + に基づいた名前のファイル内の「profile_dir」を検索します。
プロフィールの接尾辞。 たとえば、遺伝子の名前が「gspG」でサフィックスが
「.hmm3」の場合、プロファイルは指定された場所に配置され、名前が付けられます。
「gspG.hmm3」

全般 オプション：
-w WORKER_NB、 - ワーカー WORKER_NB
MacSyFinder によって使用されるワーカーの数。 ユーザーが実行したい場合
マルチスレッド モードの MacSyFinder。 (0 はすべてのコアが使用されることを意味し、デフォルトは 1)

-v, -冗長性
冗長レベルを上げます。 4 つのレベルがあります: エラー メッセージ (デフォルト)、
警告 （-v）、 情報 （-vv) とデバッグ。(-vvv)

- ログ LOG_FILE
「macsyfinder.log」ログ ファイルを保存するディレクトリへのパス。

--config CFG_FILE
使用される推定の MacSyFinder 構成ファイルへのパス。

--前回の実行 PREVIOUS_RUN
以前の MacSyFinder 実行ディレクトリへのパス。 ハンマーをスキップできるようになります
以前の実行結果とパラメータを使用するため、同じデータセットに対する検索ステップ
ハマー検出について。 前回の実行の構成ファイルは次のようになります。
使用済み。 (オプションとの競合 --config, --シーケンス-db, --プロファイルサフィックス,
--reextract-サフィックス, --e-value-res, --db-type, ――うーん)

詳細については、MacSyFinder Web サイトにアクセスし、MacSyFinder のドキュメントを参照してください。

onworks.net サービスを使用してオンラインで macsyfinder を使用する