これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレータ、MAC OSオンラインエミュレータなど、複数の無料オンラインワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドmake_das_confpです。
プログラム：
NAME
make_das_conf.pl - DAS ソースから GBrowse 設定ファイルを作成する
SYNOPSIS
% make_das_conf.pl http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg16 > /usr/local/apache/conf/gbrowse.conf/ucsc.conf
DESCRIPTION
このスクリプトは、リモートDASの参照に適したラフドラフト構成ファイルを生成します。
サーバー。
このスクリプトを使用するには、DASサーバーのURLを指定します。DASのベースURLを指定すると、
（データソース名なし）http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das"、 それは
有効なデータソースのリストを標準出力に出力します。完全なDAS URLを指定すると、
「のようにhttp://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg16「gbrowse設定を印刷します
ファイルを標準出力に。
おそらく、設定ファイルを生成した後に、微調整したくなるでしょう。
特に、各トラックに関連付けられたグリフの種類をカスタマイズし、
指示に示されている例のリストを調整します（デフォルトでは、このスクリプトは
エントリ ポイントの完全なリスト (かなり長くなる可能性があります)。
また、このスクリプトは、アグリゲータのセットを作成することに注意してください。
正解です。DASサーバーが標準構造を使用するケースを考えてみましょう。
スプライスされたmRNA:
主な方法: mRNA
サブパーツ: 5'-UTR、CDS、3'-UTR
この変換スクリプトは、次のアグリゲータのセットを生成します。
mRNA{mRNA}
5'-UTR{5'-UTR}
CDS{CDS}
3'-UTR{3'-UTR}
また、mRNA とその各部分にそれぞれ 1 つずつ、合計 4 つのトラックが生成されます。
もちろんこれは間違いです。これらを1つに統合する必要があります。
アグリゲータ:
mRNA{5'-UTR、3'-UTR、CDS/mRNA}
onworks.net サービスを使用して make_das_confp をオンラインで使用する
