これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドmaskAlignedReadsです。
プログラム：
NAME
maskAlignedReads.py-リージョンファイルで整列された読み取りをマスクします
DESCRIPTION
使用法：maskAlignedReads.py [-h] [-v] [-l LOGFILE] [-d] [-i]
inCmpファイル inRgnFofn outRgnFofn
in.cmp.h5を使用して、in.rgn.h5内のファイルの対応する領域をマスクし、出力を新しいものに書き込みます
rgn.fofn。
ポジショナル 引数：
inCmpFile
入力cmp.h5ファイル。
inRgnFofn
入力領域テーブルファイルの形式。
アウトRgnFofn
出力領域テーブルファイルの形式。
任意 引数：
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します
-v, - バージョン
プログラムのバージョン番号を表示して終了します
-l ログファイル、 --logFile ログファイル
ログに記録するファイルを指定します。 デフォルトはstderrです。 （デフォルト：なし）
-d, - デバッグ
ロギングの冗長性を高めます（デフォルト：False）
-i, - 情報
有益なログエントリを表示します（デフォルト：False）
onworks.netサービスを使用してオンラインでmaskAlignedReadsを使用する
