メタスチューデント - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

metastudent - タンパク質配列からの遺伝子オントロジー用語の予測子

SYNOPSIS

メタスチューデント -i FASTA_FILE -o RESULT_FILE_PREFIX [--debug] [--keep-temp] [--silent]
[--output-blast] [--blast-only] [--all-predictions] [--ontologies=Mfo or BPO or CCO or
MFO、BPO or ...] [--with-images] [--blast-kickstart-databases=BLAST_RESULT_FILE(S)]
[--temp-dir=DIR] [--config=構成ファイル] fasta ファイルに含まれる内容が最大 500 であることを確認してください
シーケンス!!!

DESCRIPTION

Metastudent は、分子機能オントロジー (MFO) から遺伝子オントロジー (GO) 用語を予測します。
入力タンパク質の生物学的プロセス オントロジー (BPO) および細胞コンポーネント オントロジー (CCO)
すでにアノテーションが付けられているタンパク質からの相同性に基づく推論による配列。

メタスチューデントの動作に必要な大容量（合計1GB）のデータファイルがダウンロードされます
プログラムの最初の使用時に自動的に実行されます。 ダウンロードは再開可能です。 あなたもすることができます
～に対して明示的に呼び出しを行う
メタ学生データ (デフォルトでは /usr/bin/metastudentdata) データ ファイルをダウンロードします。
データ ディレクトリ (デフォルトでは /usr/share/metastudent-data) が書き込み可能ではなく、
あなたは root ではありません。操作は
で再試行しました sudoとします。

出力 形式でアーカイブしたプロジェクトを保存します．
選択したオントロジーごとに (「 --オントロジー)、XNUMX つの出力ファイルが生成されます (「 -o）。 各
各ファイルの行は、タンパク質を GO タームとその信頼性と関連付けます。
関連性 (0.0 ～ 1.0)。 次の形式が使用されます。
ID>

参考文献

ハンプ、T.、カスナー、R.、ゼーマイヤー、S.、ヴィセド、E.、シェーファー、C.、アクテン、D.、... & ロスト、B.
（2013年）。 相同性に基づく推論は、タンパク質の機能予測のハードルを高く設定します。 BMC
バイオインフォマティクス、14(補足 3)、S7。

OPTIONS

-i FASTA_FILE
入力 fasta ファイル。 特殊な書式設定 (空白など) を削除してみてください。
シーケンスを入力として使用する前に。 メモリ使用率が高いため、
fasta ファイルには最大 500 個のシーケンスが含まれます。

-o RESULT_FILE_PREFIX
出力ファイルのファイル名のプレフィックス。 GO 用語はオントロジーに編成されています。
Metatstudent は各オントロジーを異なる方法で処理し、それぞれに対して XNUMX つの結果ファイルを出力します。
たとえば、次の場合=./myresult と MFO (分子機能オントロジー) および BPO
(生物学的プロセス オントロジー) オントロジーが選択されています (オプションを参照) --オントロジー）、その後
metastudent は XNUMX つの出力ファイルを作成します。 ./myresult.MFO.txt 　 ./myresult.BPO.txt.

- デバッグ
追加のデバッグ メッセージを出力します。

--キープテンプ
メタスチューデントの終了後に一時ディレクトリを保持するかどうか (一時ディレクトリは保持できます)
エラーが発生した場合、またはエラーと組み合わせて使用​​すると便利です。 --blast-キックスタート-データベース).

- 静けさ
進行状況メッセージ (stdout) はなく、エラー (stderr) のみです。

--出力ブラスト
BLAST 実行の結果を出力するかどうか。 と組み合わせると便利です
--blast-キックスタート-データベース。 出力ファイル名の形式は次のとおりです。
RESULT_FILE_PREFIX。 .ブラスト。

--ブラストのみ
BLAST 実行の結果のみを出力し、他には何も出力しないかどうか。 オプションを参照
--出力ブラスト 　 --blast-キックスタート-データベース.

--すべての予測
個々の予測子の予測結果を出力するかどうか。 ファイル名
出力ファイルの形式は。 。 。TXT。

-名前なし
実際の G​​O 用語名を出力予測の列として除外するかどうか
ファイル。

--画像あり
予測された GO タームを GO グラフとして表示する画像も生成するかどうか。
このオプションは、接続されている場合にのみ、XNUMX つの入力シーケンスでのみ使用できます。
インターネットへ。

--オントロジー=Mfo or BPO or CCO or MFO、BPO or ...
予測を作成するオントロジーのカンマ区切りのリスト。 デフォルトは
MFO、BPO、CCO。 と組み合わせて使用​​すると、 --blast-キックスタート-データベース、番号と
オントロジーの順序はキックスタート ファイルに対応している必要があります。

--blast-キックスタートデータベース=
通常、BLAST の実行はメタスチューデントで最も時間がかかる部分であるため、これは
オプションを使用すると、以前の実行の出力を再利用できます。 これはテストに役立ちます。
たとえば、パラメータが異なる場合や予測が外れた場合などです。 の数
キックスタート ファイルはオントロジの数に対応する必要があります (オプションを参照) --オントロジー).
ファイル パスはカンマで区切ります。 例えば：
--blast-キックスタートデータベース= 、 (両方ともキックスタート
オントロジー) または --blast-kickstart-databases=, (キックスタート BPO のみ。
カンマに注意してください)。

--temp-dir=DIR
tmpDir で指定されたディレクトリの代わりに使用する親一時ディレクトリ。
メタスチューデント設定ファイル。

--config = FILE
カスタムのメタスチューデント構成ファイルへのパス。 のすべての設定をオーバーライドします。
設定ファイルは、このマニュアル ページの FILES セクションにあります。

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