これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド mhap です。
プログラム：
NAME
mhap - 確率的シーケンスの重複
DESCRIPTION
を設定してください -s または -p オプション。 以下のオプションを参照してください: MHAP: MinHash アライメント プロトコル。
ロングリード配列（PacBio や Nanopore など）の重複を見つけるためのツール
バイオインフォマティクス。
バージョン: 1.6、ビルド時間: 09/12/2015 11:46 PM 使用法 1 (直接実行): Java
-サーバ -Xmx -瓶 -s[-q
ファイル>] [-f ] 使用法 2 (事前計算済みの生成
バイナリ): Java -サーバ -Xmx -瓶 -p
-q [-f ]
-アライメント、デフォルト = false
実験的なオプション。
--アライメントオフセット、デフォルト = -0.535
アライメント一致スコアの分散を考慮したオフセット。
--アライメントスコア、デフォルト = 1.0E-6
アライメント一致のカットオフスコア。
--フィルターしきい値、デフォルト = 1.0E-5
[double]、k-mer フィルター ファイル内の k-mer が考慮されるカットオフ
繰り返しの。 特定の k-mer のこの値は、次の XNUMX 番目の列で指定されます。
フィルターファイル。 フィルター ファイルが指定されていない場合、このオプションは無視されます。
- 助けて、デフォルト = false
ヘルプメニューを表示します。
--最大シフト、デフォルト = 0.2
[double]、導出された推定オーバーラップの左右の領域サイズ
中央値シフトと配列長から、k-mer の一致がまだ残っている
有効とみなされます。 第 XNUMX 段階フィルターのみ。
--min-store-length、デフォルト = 0
[int]、ボックスに保存される読み取りの最小長。 フィルタリングに使用されます
FASTA ファイルからの短い読み取り。
--ナノポア-ファスト、デフォルト = false
Nanopore の高速設定のすべてのパラメーターを設定します。 これが現状のベストです
ガイダンスに基づいており、予告なくいつでも変更される可能性があります。
-無我、デフォルト = false
ボックス内のシーケンス間のオーバーラップを計算しません。 次の場合に使用する必要があります。
to および from シーケンスは別のファイルから来ています。
--ハッシュ数、デフォルト = 512
[int]、MinHashing で使用される min-mer の数。
--最小一致数、デフォルト = 3
[int]、第 XNUMX 段階フィルターを計算する前に共有する必要がある最小 # min-mer。
この値を下回るシーケンスは重複していないとみなされます。
--スレッド数、デフォルト = 12
[int]、計算に使用するスレッドの数。 通常は 2 x #core に設定します。
--pacbio-fast、デフォルト = false
PacBio 高速設定のすべてのパラメータを設定します。 これが現状のベストです
ガイダンスに基づいており、予告なくいつでも変更される可能性があります。
--pacbio-sensitive、デフォルト = false
PacBio に依存する設定のすべてのパラメーターを設定します。 これが現状のベストです
ガイダンスに基づいており、予告なくいつでも変更される可能性があります。
--ストアフルID、デフォルト = false
シーケンスだけを保存するのではなく、FASTA ファイルにあるように完全な ID を保存します。
ファイル内の位置。 一部の FASTA ファイルには長い IDS があり、結果の出力が遅くなります。
圧縮ファイル形式を使用する場合、このオプションは無視されます。
- しきい値、デフォルト = 0.04
[double]、第 XNUMX 段階の並べ替えマージの類似性スコアのしきい値カットオフ
フィルター。 これは、重複する部分で一致する k-mer の平均数に基づいています。
領域。
- バージョン、デフォルト = false
バージョンとビルド時間を表示します。
-重み付け、デフォルト = false
重み付けされた MinHashing を実行します。
-f、デフォルト = ""
反復性の高い k-mer を除外するために使用される k-mer フィルター ファイル。 並べ替える必要があります
頻度の降順(XNUMX列目)。
-h、デフォルト = false
ヘルプメニューを表示します。
-k、デフォルト = 16
[int]、MinHashing に使用される k-mer サイズ。 第 XNUMX 段階フィルターの k-mer サイズは次のとおりです。
別個のものであり、変更することはできません。
-p、デフォルト = ""
使い方2のみ。 変換する必要がある FASTA ファイルを含むディレクトリ
保存用のバイナリ形式。
-q、デフォルト = ""
使用法 1: 比較される読み取りの FASTA ファイル、またはファイルのディレクトリ
ボックス内の読み取りセット (「 -s）。 使用法 2: バイナリの出力ディレクトリ
フォーマットされた dat ファイル。
-s、デフォルト = ""
使い方1のみ。 読み取りの FASTA またはバイナリ dat ファイル (使用法 2 を参照)。
ボックスに保存され、後続のすべての読み取りが比較されます。
onworks.net サービスを使用してオンラインで mhap を使用する
