mia-2dmyoset-all2one-nonrigid - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid - 一連の 2D 画像の非線形レジストレーション。

SYNOPSIS

mia-2dmyset-all2one-nonrigid -i -o [オプション]

DESCRIPTION

mia-2dmyset-all2one-nonrigid このプログラムは、一連の非固定登録を実行します
画像セットで与えられた画像。 すべての画像は XNUMX つのユーザー定義参照に登録されます
画像。

OPTIONS

ファイル-IO
-i --in-file=(入力、必須); 弦
入力灌流データセット

-o --out-file=(出力、必須); 弦
出力灌流データセット

--out-filebase=reg
登録されたファイルのファイル名ベース、ファイルタイプは画像から差し引かれます
入力データセットのファイルタイプ。

参加申し込み
-k --スキップ=0
シリーズの最初の画像をスキップシリーズの最初の画像をスキップ
シリーズ

-O -​​-optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
最小化に使用されるオプティマイザー

-l --mg-レベル=3
マルチ解像度レベルマルチ解像度レベル

-f --transForm=スプライン
変換タイプ変換タイプ サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:2dimage/transform

-r --ref=-1
参照フレーム (-1 == 中央の画像を使用)参照フレーム (-1 == 使用)
画像は真ん中）

カスタマーサービス & インフォ
-V --verbose=警告
出力の冗長性、指定されたレベルおよびより高い優先順位のメッセージを出力します。
最も低いレベルから始まるサポートされる優先度は次のとおりです。
info ‐ 低レベルのメッセージ
トレース ‐ 関数呼び出しトレース
失敗する ‐ テストの失敗を報告する
警告 ‐ 警告
エラー ‐ エラーを報告する
debug ‐ デバッグ出力
メッセージ ‐ 通常のメッセージ
致命的な ‐ 致命的なエラーのみを報告する

-著作権
著作権情報を印刷する

-h --ヘルプ
このヘルプを印刷する

-? - 使用法
短いヘルプを印刷する

- バージョン
バージョン番号を出力して終了します

処理
--スレッド=-1
処理に使用するスレッドの最大数。この数は小さくする必要があります。
またはマシン内の論理プロセッサ コアの数と同じです。 (-1:
自動推定)。処理に使用するスレッドの最大数。これは
数は、論理プロセッサ コアの数以下である必要があります。
この機械。 (-1: 自動推定)。

プラグイン: 1d/スプラインbc

ミラー 境界上でミラーリングされるスプライン補間境界条件

(パラメータなし)

繰り返す 境界で値を繰り返すスプライン補間境界条件

(パラメータなし)

ゼロ 外側の値をゼロと仮定するスプライン補間境界条件

(パラメータなし)

プラグイン: 1d/スプラインカーネル

bスプライン B スプライン カーネルの作成、サポートされているパラメータは次のとおりです。

d = 3; [0, 5] の整数
スプライン次数。

オモン OMoms-spline カーネルの作成、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

d = 3; [3, 3] の整数
スプライン次数。

プラグイン: 2次元画像/コスト

lncc マスキングサポートによるローカル正規化相互相関、サポートされているパラメータ
には次の値があります:

w = 5; [1, 256] の単位
局所交差の評価に使用されるウィンドウの半幅
相関。

LSD 最小二乗距離測定

(パラメータなし)

mi スプライン parzen ベースの相互情報。サポートされているパラメータは次のとおりです。

cut = 0; [0, 40] の浮動小数点数
高強度と低強度でカットして削除するピクセルの割合
異常値。

ビンビン = 64; [1, 256] の単位
動画に使用されるヒストグラム ビンの数。

カーネル = [bspline:d=3]; 工場
動画パルゼン ヒンストグラム用のスプライン カーネル。 サポートされているプラ​​グインについて
PLUGINS:1d/splinekernel を参照してください。

ロビン = 64; [1, 256] の単位
参照イメージに使用されるヒストグラム ビンの数。

カーネル = [bspline:d=0]; 工場
参照画像パルゼン ヒストグラムのスプライン カーネル。 サポートされているプラ​​グについては、
PLUGINS:1d/splinekernel を参照してください。

ncc 正規化された相互相関。

(パラメータなし)

NGF この関数は、正規化された勾配に基づいて画像の類似性を評価します。
田畑。 さまざまな評価カーネルが利用可能です。サポートされているパラメータは次のとおりです。

評価する = ds; 口述
プラグインのサブタイプ。 サポートされている値は次のとおりです。
sq ‐ 差の二乗
ds ‐ スケール差の二乗
ドット ‐ スカラー積カーネル
クロス ‐ 外積カーネル

SSD 2D 画像コスト: 差の二乗和、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

自動脱穀 = 0; [0, 1000] の浮動小数点数
強度値のみを取得して動画の自動マスキングを使用する
指定されたしきい値よりも大きいため。

ノルム = 0; ブール
メトリックを画像のピクセル数で正規化するかどうかを設定します。

ssd-自動マスク
2D 画像コスト: 差の二乗和、指定された値に基づく自動マスキング
しきい値、サポートされているパラメータは次のとおりです。

しき = 0; ダブル
参照画像の強度のしきい値。

スレッシュ = 0; ダブル
ソース画像の強度のしきい値。

プラグイン: 2D画像/フルコスト

画像 多重解像度も処理できる一般化された画像類似性コスト関数
処理。 実際の類似性の尺度には追加のパラメーターが与えられます。
サポートされているパラメータは次のとおりです。

コスト =SSD; 工場
コスト関数カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、PLUGINS:2dimage/cost を参照してください。

debug = 0; ブール
デバッグ用に中間結果を保存します。

参照 =(入力, 文字列)
参考画像。

SRC =(入力, 文字列)
勉強のイメージ。

重量 = 1; 浮く
コスト関数の重み。

ラベル画像
XNUMX つの画像のラベルをマッピングし、ラベルを処理する類似性コスト関数
多重解像度処理を維持します。サポートされているパラメーターは次のとおりです。

debug = 0; [0, 1] の整数
距離を 3D 画像に変換して書き込みます。

マックスラベル = 256; [2, 32000] の整数
考慮するラベルの最大数。

参照 =(入力, 文字列)
参考画像。

SRC =(入力, 文字列)
勉強のイメージ。

重量 = 1; 浮く
コスト関数の重み。

マスク画像
複数の画像も処理できる一般化されたマスクされた画像の類似性コスト関数
解像度処理。 提供されたマスクは、領域が密に充填されている必要があります。
マスク情報が失われる可能性があるため、多重解像度処理を行わないでください。
画像を縮小するとき。 の参照マスクと変換マスク
研究画像はバイナリ AND によって結合されます。 実際の類似性尺度が与えられます
追加のパラメータ。サポートされているパラメータは次のとおりです。

コスト =SSD; 工場
コスト関数カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:2dimage/maskedcost

参照 =(入力, 文字列)
参考画像。

参照マスク =(入力, 文字列)
参照画像マスク (バイナリ)。

SRC =(入力, 文字列)
勉強のイメージ。

src-マスク =(入力, 文字列)
スタディ画像マスク（バイナリ）。

重量 = 1; 浮く
コスト関数の重み。

プラグイン: 2D画像/IO

bmpファイル BMP 2D 画像入出力サポート

認識されるファイル拡張子: .BMP、.bmp

サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号なし8ビット、符号なし16ビット

データプール 内部データプールとの間の仮想IO

認識されるファイル拡張子: .@

ディコム DICOM用の2D画像io

認識されるファイル拡張子: .DCM、.dcm

サポートされている要素タイプ:
符号付き16ビット、符号なし16ビット

元 OpenEXR 画像用の 2dimage io プラグイン

認識されるファイル拡張子: .EXR、.exr

サポートされている要素タイプ:
符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット

JPG JPEGグレースケール画像用の2dimage ioプラグイン

認識されるファイル拡張子: .JPEG、.JPG、.jpeg、.jpg

サポートされている要素タイプ:
符号なし8ビット

PNG PNG画像用の2dimage ioプラグイン

認識されるファイル拡張子: .PNG、.png

サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号なし8ビット、符号なし16ビット

生 RAW 2D画像出力対応

認識されるファイル拡張子: .RAW、.raw

サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64
ビット

TIF TIFF 2D画像入出力サポート

認識されるファイル拡張子: .TIF、.TIFF、.tif、.tiff

サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号なし8ビット、符号なし16ビット、符号なし32ビット

ビスタ Vista 画像用の 2dimage io プラグイン

認識されるファイル拡張子: .V、.VISTA、.v、.vista

サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64
ビット

プラグイン: 2dimage/マスクコスト

lncc マスキングサポートによるローカル正規化相互相関、サポートされているパラメータ
には次の値があります:

w = 5; [1, 256] の単位
局所交差の評価に使用されるウィンドウの半幅
相関。

mi マスキングを使用したスプライン Parzen ベースの相互情報。サポートされているパラメーターは次のとおりです。

cut = 0; [0, 40] の浮動小数点数
高強度と低強度でカットして削除するピクセルの割合
異常値。

ビンビン = 64; [1, 256] の単位
動画に使用されるヒストグラム ビンの数。

カーネル = [bspline:d=3]; 工場
動画パルゼン ヒンストグラム用のスプライン カーネル。 サポートされているプラ​​グインについて
PLUGINS:1d/splinekernel を参照してください。

ロビン = 64; [1, 256] の単位
参照イメージに使用されるヒストグラム ビンの数。

カーネル = [bspline:d=0]; 工場
参照画像パルゼン ヒストグラムのスプライン カーネル。 サポートされているプラ​​グについては、
PLUGINS:1d/splinekernel を参照してください。

ncc マスキングサポートによる正規化された相互相関。

(パラメータなし)

SSD マスキングによる差の二乗和。

(パラメータなし)

プラグイン: 2D画像/変換

アフィン アフィン変換 (XNUMX 自由度)。サポートされているパラメータは次のとおりです。

境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc

画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル

堅い 剛体変換 (つまり、回転と平行移動、XNUMX 度の変換)
自由)。サポートされているパラメータは次のとおりです。

境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc

画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル

腐敗中心 = [[0,0]]; 2dfベクトル
相対回転中心、つまり <0.5,0.5> は、
長方形をサポートします。

回転 回転変換 (つまり、指定された中心を中心とした XNUMX 度の回転)
自由)。サポートされているパラメータは次のとおりです。

境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc

画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル

腐敗中心 = [[0,0]]; 2dfベクトル
相対回転中心、つまり <0.5,0.5> は、
長方形をサポートします。

スプライン B スプライン係数のセットによって記述できる自由形式の変換
および基礎となる B スプライン カーネル。サポートされるパラメータは次のとおりです。

アニソラート = [[0,0]]; 2dfベクトル
ピクセル単位の異方性係数率。正でない値は次のようになります。
「rate」値で上書きされます。

境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc

画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル

kernel = [bspline:d=3]; 工場
変換スプライン カーネル。サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル

違約金 = ; 工場
変身ペナルティ期間。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:2dtransform/スプラインペナルティ

率 = 10; float in [1, inf)
ピクセル単位の等方性係数率。

翻訳する 平行移動のみ (XNUMX 自由度)、サポートされているパラメータは次のとおりです。

境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc

画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル

vf このプラグインは、それぞれの翻訳を定義する変換を実装します。
変換のドメインを定義するグリッドの点。サポートされています。
パラメータは次のとおりです。

境界線 = 鏡; 工場
画像補間境界条件。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/splinebc

画像カーネル = [bspline:d=3]; 工場
画像補間カーネル。 サポートされているプラ​​グインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル

プラグイン: 2D変換/スプラインペナルティ

ディブカール 変換に対する divcurl ペナルティ。サポートされているパラメータは次のとおりです。

curl = 1; float in [0, inf)
カール時のペナルティウェイト。

div要素 = 1; float in [0, inf)
発散に対するペナルティの重み。

ノルム = 0; ブール
ペナルティを画像に関して正規化する必要がある場合は 1 に設定します。
サイズ。

重量 = 1; (0, inf) の浮動小数点
ペナルティエネルギーの重さ。

実施例

スプラインベースを最適化することにより、segment.set で指定された灌流シリーズを登録します。
Mutual Information を使用して 16 ピクセルの係数レートで変換し、ペナルティを課す
重み 2.0 の divcurl を使用した変換。

mia-2dmyoset-all2one-nonrigid -i セグメント.セット -o 登録済み.セット
-f spline:rate=16、ペナルティ=[divcurl:weight=2.0] image:cost=mi、weight=2.0

著者

ガート・ウォルニー

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このソフトウェアの著作権は 1999-2015 ライプツィヒ、ドイツおよびマドリード、スペインにあります。 来る
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