これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド micro_razers です。
プログラム：
NAME
マイクロレイザーズ
SYNOPSIS
micro_razers [オプション]
DESCRIPTION
MicroRazerS は、プレフィックスベースのマッピング戦略を使用して、小さな RNA リードをマッピングする可能性があります
3'アダプター配列を含む。
(c) 著作権 2009 by Anne-Katrin Emde。
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示します。
- バージョン
バージョン情報を表示
主なオプション::
-o, - 出力 FILE
出力ファイル名を変更します。 デフォルト： 。結果。
-rr, --認識率 NUM
パーセント認識率を [80..100] の範囲で設定します。 デフォルト: 100。
-sL, -シードの長さ NUM
シードの長さは範囲 [10..inf] 内です。 デフォルト: 16。
-sE, --シードエラー
シード内で XNUMX つのエラーを許容する
-f, - 前方
マップは前方ストランドのみを読み取ります。
-r, - 逆行する
マップは逆ストランドのみを読み取ります。
-mN, --マッチN
「N」は他のすべての文字と一致します
-m, --最大ヒット数 NUM
[1..inf] の範囲内のベスト ヒットの NUM 個のみを出力します。 デフォルト: 100。
-パ, --パージ-曖昧
最大ヒット数を超えるベストマッチを持つ読み取りをパージします
-lm, - 低メモリ
実行時間を犠牲にしてメモリ使用量を減らす
-v, -詳細
詳細モード
-vv, --vverbose
非常に冗長モード
出力形式オプション::
-の, - 出力フォーマット NUM
出力形式を設定します。 0 = MicroRazerS フォーマット、1 = SAM。 範囲は [0..1] です。
-a, -アライメント
各一致のアライメントをダンプする
-おやすみなさい, --ゲノム命名 NUM
ゲノムの命名方法を選択します。 0 = Fasta ID を使用、1 = 1 から始まる列挙。
範囲 [0..1]。 デフォルト: 0。
-rn, --読み取り名付け NUM
読み取りに名前を付ける方法を選択します。 0 = Fasta ID を使用、1 = 1 から始まる列挙。
範囲 [0..1]。 デフォルト: 0。
-それで, --ソート順 NUM
一致を並べ替える方法を選択します。 0 = 読み取り番号、1 = ゲノム位置。 範囲内で
[0..1]。 デフォルト: 0。
-pf, --位置フォーマット NUM
開始/終了位置の番号付けを選択します (下記の「座標」セクションを参照)。 0 = ギャップスペース、
1 = 位置スペース。 範囲は [0..1] です。 デフォルト: 0。
VERSION
micro_razers バージョン: 1.0.1 最終更新日 2009 年 XNUMX 月
onworks.net サービスを使用して micro_razers をオンラインで使用する
