mincreshape - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

mincreshape - minc ファイルからハイパースラブを切り出します (次元の並べ替えを伴う)

SYNOPSIS

ミンク形状 [ 】 .mnc .mnc

DESCRIPTION

ミンクルシェイプの 主な仕事は、minc ファイルからハイパースラブを切り出し、それを新しいファイルに入れることです。
mincファイル。 「ハイパースラブとは何ですか?」とあなたは尋ねます。 これは単に多次元ボックスを指定したものです
開始インデックス (ボクセル座標を与えるベクトル) とカウント ベクトル (
各軸に沿ったボクセル)。 ボリュームからの 1 つのスライスはハイパースラブ (カウントは XNUMX) です。
スライス方向）、大きな体積から切り出された小さなブロックがハイパースラブです。
マルチエコー MRI データセットのうちの XNUMX つのエコー ボリュームはハイパースラブであり、XNUMX つのタイム ポイントです。
動的取得はハイパースラブです - アイデアはわかります。 をチェックしてください -開始, -カウント &
-ディムレンジ これを行う方法の詳細については、オプションを参照してください (例も参照してください)。 もし、あんたが
寸法に沿って XNUMX つの点だけを抽出する場合は、
次元が消えるので、 ミンク形状 の次元を削減できるようになります。
mincファイル。 また、次の範囲内にのみハイパースラブを指定するという制約もありません。
入力ファイルの次元の境界を超えて拡張することができます。
さらに、ディメンションに沿ってデータを反転するカウントを指定することもできます。

まるでそれだけでは十分ではないかのように、 ミンク形状 次元を並べ替える機能があります。 最も
明らかなケースは、横断画像をコロナル画像に変換することです。 ただし、次のように入力できます
ディメンション名のリストを使用して、ディメンションの任意の順序を取得します。

あなたはもっと欲しい！？！ 分かった、分かった。 ミンクルシェイプ minc ライブラリのすべてを ICV 操作にします
コマンドラインで利用可能です。 明確なものを好む人にとって、ICV はイメージです
変換変数 (なぜそう呼んだのかは聞かないでください)。基本的に、
それがどのようになるのかというデータ。 言い換えれば、大量の変換を行ってくれます。
これらの変換には、ボクセル値のタイプ、範囲、正規化の変更が含まれます。
画像を（ボクセルの複製または平均化によって）拡大または縮小して、指定された画像を与える
画像サイズ、およびベクトル画像をスカラーに変換します。

混乱しないように、ここではっきりとお伝えしておきます。 ミンク形状 のすべてを行います
最初に ICV 変換が行われ、次にハイパースラブと次元の並べ替えが適用されます。
その結果。 したがって、それらを混ぜ合わせたい場合は（たとえば、 -imgsize, -開始, -カウント),
まず頭の中ではっきりさせてください。

さて、席に座ってください。これがオプションのリストです。

OPTIONS

オプションは（一意である限り）省略形で指定できることに注意してください。
コマンドラインのどこにでも指定できます。

オプション

-2 MINC 2.0 形式の出力ファイルを作成します。

-クロバー
既存のファイルを上書きします。

-ノクロバー
既存のファイルを上書きしません (デフォルト)。

-詳細
コピーされたデータの各チャンクの進行状況情報を出力します (デフォルト)。 塊
サイズは、主に寸法を再注文するかどうかによって異なります。
内部バッファの許容サイズ。

-静かな 進行状況情報を印刷しないでください。

-max_chunk_size_in_kb サイズ
コピーバッファの最大サイズをキロバイト単位で指定します。 デフォルトは4096キロバイトです
(4メガ)。

画像 変換 オプション （ピクセル type & 範囲）：

型、符号、および有効範囲のデフォルトでは、入力ファイルのものが使用されます。 タイプが次の場合
を指定すると、符号と有効範囲の両方がそのタイプのデフォルトに設定されます。 サインがあれば
を指定すると、有効な範囲が型と符号のデフォルトに設定されます。

-ファイルの種類
型変換を行いません (デフォルト)。

-バイト 出力ボクセルを 8 ビット整数形式で保存します。

-ショート 出力ボクセルを 16 ビット整数形式で保存します。

-int 出力ボクセルを 32 ビット整数形式で保存します。

-長いです に取って代わられる -int.

-浮く 出力ボクセルを 32 ビット浮動小数点形式で保存します。

-ダブル
出力ボクセルを 64 ビット浮動小数点形式で保存します。

-署名済み
値を符号付き整数として書き出します (short および long のデフォルト)。 無視されました
浮動小数点型。

-署名なし
値を符号なし整数として書き出します (バイトのデフォルト)。 フローティングの場合は無視されます
ポイントの種類。

-有効な範囲 分 マックス
出力ボクセル値の有効な範囲を整数表現で指定します。
デフォルトは、型と符号の全範囲です。 このオプションは無視されます
浮動小数点値。

-画像範囲 分 マックス
画像を指定された最小および最大の実数値 (ボクセル値ではない) に正規化します。

-ノーマライズ
入力ファイル全体の実際の最小値と最大値に画像を正規化します。

-nonormalize
画像を正規化しません (デフォルト)。

-nopixfill
入力ファイル内の範囲外の値は変換せず、単にコピーしてください。

-pixfill
入力ファイル内の範囲外の値を可能な限り最小の値に置き換えます (デフォルト)。

-pixfillvalue 値
新しいピクセル値を指定して、入力ファイル内の範囲外の値を置き換えます。

画像 変換 オプション （寸法 方向 & サイズ）：

-スカラー
ベクトル イメージをスカラー イメージに変換します (ベクトル イメージは ベクトル次元
最も速く変化する次元として）。 ベクトル次元が削除され、値が次のようになります。
平均化した。

-ノスカラー
ベクター イメージをスカラー イメージに変換しません (デフォルト)。

+方向
画像を反転して、空間軸に正のステップ値を与えます。 反転に注意してください
空間軸の値は「画像の寸法」にのみ適用されます。 このXNUMXつが一番早いです
ファイル内のさまざまな（ベクトル以外の）次元。 画像以外を反転したい場合
寸法の場合は、次のコマンドを使用して画像寸法に変換できます。 -dimsize ディムネーム= -1 （
-1 はサイズを実際には変更しないことを意味します)。 例を確認してください。

-方向
画像を反転して、空間軸に負のステップ値を与えます。

-任意の方向
空間軸に沿って画像を反転しません (デフォルト)。

+x方向
画像を反転して、正の xspace:step 値 (左から右) を与えます。

-x方向
画像を反転して、負の xspace:step 値を指定します (右から左)。

-xanydirection
X 軸に沿って画像を反転しないでください。

+y方向
画像を反転して、正の yspace:step 値 (後方から前方へ) を与えます。

-y方向
画像を反転して、負の yspace:step 値 (前から後へ) を与えます。

-yanydirection
Y 軸に沿って画像を反転しないでください。

+z方向
画像を反転して、正の zspace:step 値 (下位から上位) を与えます。

-z方向
画像を反転して、負の zspace:step 値 (上位から下位へ) を与えます。

-ザニーディレクション
画像を Z 軸に沿って反転しないでください。

-見守ってください
画像のサイズを変更するときにアスペクト比を維持します。 これはボクセルが複製されることを意味します
各画像次元に沿って同じ回数（または平均）を実行します。

-ノーキープパスペクト
画像のサイズを変更するときにアスペクト比の維持を強制しません (デフォルト)。

-imgsize サイズ
希望の画像サイズを指定します (次の場合に使用します)。 -行サイズ or -colsize 与えられていません）。

-行サイズ サイズ
画像内の希望の行数を指定します。

-colsize サイズ
画像内の必要な列数を指定します。

-dimsize 寸法=サイズ
名前付きディメンションのサイズを指定します (寸法=サイズ）。 サイズ変更のみであることに注意してください
「画像の寸法」に適用されます。通常は最も速く変化する XNUMX つの (非ベクトル)
寸法。 次元のサイズ変更を行うには、最も速く変化するすべての次元を、
名前付き寸法は画像寸法に変換され、これらは次の影響を受けます。
方向のオプション。 ディメンション名とサイズは XNUMX つのコマンドラインに含める必要があります
引数なので、スペースを使用する場合は (問題ありません)、引用符を使用してスペースを隠すことを忘れないでください。
シェルから。

作り直す オプション：

-横方向
横方向のスライスを書き出します。

-矢状面
矢状スライスを書き出します。

-コロナル
冠状スライスを書き出します。

-二日酔い dim1,dim2,dim3、...
次元の順序を指定します。 薄暗い？ は次元の名前です。 与えることができます
ファイル内に存在するディメンションよりも少ないディメンション: 最も速く変化すると想定されます。
出力ファイル内のディメンション (つまり、 -横方向 とまったく同じです -二日酔い
zspace、yspace、xspace）。 繰り返しますが、名前の間にスペースを入れることができますが、忘れないようにしてください。
引用符を使用してシェルからそれらを非表示にします。

-ディムレンジ 薄暗い=start[,カウント]
寸法の添字の範囲を指定します 薄暗い。 場合 カウント 行方不明または
0 の場合、1 を意味するとみなされますが、出力ファイルから次元が削除されます (
カウント 1 はサイズ 1 の次元を維持します)。 否定的 カウント データを反転することを意味します
その次元に沿って - この場合 start 最高のボクセル座標を指定します
寸法の場合 (-ディムレンジ xspace=3,-3 の反転バージョンを与える
-ディムレンジ xspace=1,3）。 オプション -開始 & -カウント ～する代替方法を提供する
同じ情報を指定します。

-開始 座標0,座標1,座標2、...

ハイパースラブの開始コーナーを指定します (座標は最も遅い変化から始まります)
最速の次元）。 指定された座標が、存在する次元よりも少ない場合、
ファイルの場合、それらは最も遅い変動ディメンションに適用されると想定されます。
残りの座標は 0 に設定されます。を参照してください。 -ディムレンジ 詳細については。 両方 -開始 &
-カウント 画像の後の入力ファイルの寸法に対応するベクトルを与える
変換 (ICV) オプションが適用されました。

-カウント size0,size1,size2、...
読み取るハイパースラブのエッジの長さを指定します (座標は最も遅い変化から始まります)
最速の次元）。 ファイルに存在する寸法よりも少ないサイズが指定されている場合、
次に、それらは最も遅く変化する次元に適用され、残りの次元に適用されると想定されます。
サイズはディメンションのフル サイズに設定されます。 見る -ディムレンジ のガイドをご参照ください。
両方 -開始 & -カウント 入力ファイルの次元に対応するベクトルを与える
画像変換 (ICV) オプションが適用されています。

見つけて下さい データ オプション：

-nofill
入力ボリュームの外側のポイントには値 XNUMX を使用します (デフォルト)。

-塗りつぶし 入力ボリュームの外側のポイントには塗りつぶし値を使用します (可能な最小値)。

-fillvalue 値
入力ボリュームの外側のポイントの塗りつぶし値を指定します (これは実際の値です。
ピクセル値ではありません）。

ジェネリック オプション for を

-助けて コマンドラインオプションの概要を出力して終了します。

-バージョン
プログラムのバージョン番号を出力して終了します。

例：

寸法 zspace、yspace、xspace (つまり横方向) のボリュームがあると仮定します。
サイズは 128、256、256 です。そこからスライス 40 を取得したい場合 (座標を維持したまま)
zspace ディメンションの情報) を使用できます。

mincreshapeoriginal.mnc new.mnc -dimrange zspace=40,1

あるいは、次を使用することもできます

mincreshapeoriginal.mnc new.mnc -start 40,0,0 -count 1,256,256

または単に

mincreshapeoriginal.mnc new.mnc -start 40 -count 1

zspace 次元を削除したい場合は、次のように使用できます。

mincreshapeoriginal.mnc new.mnc -dimrange zspace=40,0

中央からブロックを取り出して、xspace に沿って反転してみましょう。

mincreshape オリジナル.mnc new.mnc \
-開始 40,10,240、1,200、200 -カウント XNUMX、-XNUMX

しかし、なぜ自分自身を抑制するのでしょうか？ 限界の外に出てみましょう:

mincreshape オリジナル.mnc new.mnc \
-開始 40、-100,340、1,200 -カウント 200、-XNUMX

矢状ボリュームが必要な場合は、これを使用します。

mincreshape オリジナル.mnc new.mnc -sagittal

横向きの頭を試してみてはいかがでしょうか - x と y を反転してください。 そしてスペースを節約するためにバイトに変換します
我々はそれをやっている：

mincreshapeoriginal.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace -byte

あなたはボリュームを x、y、z の順序で保存することを好みます (つまり、z の変化が最も速いのです! 私の知っている何人かは、
やれ！）？ わかった。

mincreshapeoriginal.mnc new.mnc -dimorder xspace,yspace,zspace

しかし、あなたはミニマリストです（そして、チャンスを取ることを気にしません）。 これも同じことです（ただし、
別のファイルでは壊れる可能性があります):

mincreshapeoriginal.mnc new.mnc -dimorder zspace

すべてのディメンションに負のステップ属性があることを確認しましょう (オプション +direction を参照)
詳細については):

mincreshapeoriginal.mnc new.mnc -direction -dimsize zspace=-1

onworks.net サービスを使用してオンラインで mincreshape を使用する