これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド pyFAI-calib です。
プログラム:
NAME
pyFAI-calib - キャリブレーション ツール
DESCRIPTION
使用法: pyFAI-calib [オプション] -w 1 -D 検出器 -c calibrant.D イメージファイル.edf
なしでデバイ シェラー リング画像に基づいて回折セットアップ ジオメトリを調整します。
セットアップの先験的な知識。 キャリブラントまたは「d-spacing」ファイルを提供する必要があります
オングストローム単位のミラー プランの間隔が含まれています (降順)。 キャリブラント
利用可能: Ni、CrOx、NaCl、Si_SRM640e、Si_SRM640d、Si_SRM640a、Si_SRM640c、Si_SRM640b、
Cr2O3、AgBh、Si_SRM640、CuO、PBBA、alpha_Al2O3、石英、C14H30O、クリストバルタイト、Si、LaB6、
CeO2、LaB6_SRM660a、LaB6_SRM660b、LaB6_SRM660c、TiO2、ZnO、Al、Au または
アメリカ鉱物学者データベース: http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php 当学校区の -キャリバー
オプションは必須です!
ポジショナル 引数:
FILEキャリブレーションするファイルのリスト
任意 引数:
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します
-V, - バージョン
プログラムのバージョン番号を表示して終了します
-o ファイル、 - アウト FILE
処理された画像が保存されるファイル名
-v, -詳細
デバッグ/詳細モードに切り替えます
-c ファイル、 -キャリバー FILE
参照サンプルのd間隔を含むキャリブレーション名またはファイル(必須、
大文字と小文字を区別 !)
-w 波長、 - 波長 波長
X線ビームの波長(オングストローム)。 必須
-e エネルギー、 - エネルギー エネルギー
X線ビームのエネルギー(keV)(hc = 12.398419292keV.A)。
-P POLARIZATION_FACTOR、 -分極 偏光係数
偏光係数、から -1 (垂直)から+1(水平)、デフォルトはなし(いいえ
補正)、シンクロトロンは約0.95です
-i ファイル、 -ポニー FILE
回折パラメータを含むファイル(poni-file)。 必須
pyFAI-再調整!
-b バックグラウンド、 - バックグラウンド 背景
値が指定されていない場合の自動バックグラウンド減算
-d 闇、 - 闇 DARK
平均化および減算するコンマ区切りの暗い画像のリスト
-f 平らな、 - フラット FLAT
平均化して分割するコンマ区切りのフラット画像のリスト
-s スプライン、 - スプライン スプライン
検出器の歪みを記述したスプラインファイル
-D DETECTOR_NAME、 -検出器 DETECTOR_NAME
検出器名(ピクセルサイズ+スプラインの代わりに)
-m マスク、 - マスク マスク
マスクを含むファイル(画像再構成用)
-n NPT、 --pt NPT
データポイントが保存されたファイル。 デフォルト:basename.npt
- フィルター フィルタ
平均(デフォルト)、最大、中央値のいずれかのフィルターを選択します
-l 距離、 - 距離 距離
ミリメートル単位のサンプル-検出器距離。 デフォルト:100mm
--dist ディスト
メートル単位のサンプル-検出器距離。 デフォルト:0.1m
--poni1 ポニ1
メートル単位のponi1座標。 デフォルト:検出器の中心
--poni2 ポニ2
メートル単位のponi2座標。 デフォルト:検出器の中心
--rot1 ROT1
ラジアンでのrot1。 デフォルト:0
--rot2 ROT2
ラジアンでのrot2。 デフォルト:0
--rot3 ROT3
ラジアンでのrot3。 デフォルト:0
--fix-dist
距離パラメータを修正する
--free-dist
距離パラメータを解放します。 デフォルト:アクティブ化
--fix-poni1
poni1パラメータを修正します
--free-poni1
poni1パラメーターを解放します。 デフォルト:アクティブ化
--fix-poni2
poni2パラメータを修正します
--free-poni2
poni2パラメーターを解放します。 デフォルト:アクティブ化
--fix-rot1
rot1パラメータを修正
--free-rot1
rot1パラメータを解放します。 デフォルト:アクティブ化
--fix-rot2
rot2パラメータを修正
--free-rot2
rot2パラメータを解放します。 デフォルト:アクティブ化
--fix-rot3
rot3パラメータを修正
--free-rot3
rot3パラメータを解放します。 デフォルト:アクティブ化
--fix-波長
波長パラメータを修正します。 デフォルト:アクティブ化
-自由波長
波長パラメータを解放します。 デフォルト:非アクティブ化
-傾斜 最初に検出器の傾きを調整できるようにします(rot1、rot2、rot3)。 デフォルト:アクティブ化
-傾斜なし
傾斜の調整を無効にし、すべての回転を0に設定します
- 飽和 飽和
すべてのpixel>max*(1-saturation)を飽和と見なし、それらを再構築します。デフォルト:0
(非アクティブ化)
-重み付け
強度によるウェイトフィット。デフォルトではフィットしません。
--npt NPT_1D
1D統合パターンのポイント数、デフォルト:1024
--npt-azim NPT_2D_AZIM
2D統合画像の方位角セクターの数。 デフォルト:360
--npt-rad NPT_2D_RAD
2D統合画像の放射状ビンの数。 デフォルト:400
- 単位 UNIT
半径範囲の有効な単位:2th_deg、2th_rad、q_nm ^ -1、q_A ^ -1、r_mm。 デフォルト:
2度
--no-gui
グラフィカルインターフェイスなしでプログラムを強制的に実行する
-非対話型
改良を求めるプロンプトを表示せずに、プログラムを強制的に実行して終了します
-r, --再構築
データがマスクされている、または <0 の画像を再構築します (ピラタス検出器または検出器の場合)
モジュール付き)
-g ガウス、 -ガウス ガウス
ガウス カーネルのサイズ。 連続する XNUMX つの間のギャップのサイズ (ピクセル単位)
リング、デフォルトでは 100 円弧が完全でない場合は値を増やします。 を減らす
アークが混在している場合の値。
- 四角
ダイヤモンド形状の代わりに正方形のカーネル形状を近隣探索に使用する
-p ピクセル、 - ピクセル ピクセル
ピクセルのサイズ(ミクロン)
このプログラムの出力は、検出器の説明と 6 を含む「PONI」ファイルです。
洗練されたパラメーター (距離、中心、回転) と波長。 1D および 2D 回折
模様も制作。 (.dat および .azim ファイル)
onworks.net サービスを使用してオンラインで pyFAI-calib を使用する