pymol-クラウドでのオンライン

プログラム：

NAME

pymol-無料で柔軟な分子グラフィックスおよびモデリングパッケージ

SYNOPSIS

ピモル [オプション] [ファイル]

DESCRIPTION

何年にもわたって、PyMOLはアニメーションをサポートする有能な分子ビューアになりました。
高品質のレンダリング、結晶学、およびその他の一般的な分子グラフィックス活動。
これは、数百人（おそらく数千人）の科学者に採用されています。
XNUMXカ国。 ただし、PyMOLはまだ開発段階にあり、開発が進んでいます。
今後数年間続くと予想されます。

OPTIONS

これらのオプションは現在サポートされています：

-2 XNUMXボタンマウスモードで開始します。

-c コマンドラインモード、GUIなし。 バッチ操作用。

-d string
起動時にpymolコマンド文字列を実行します。

-e フルスクリーンモードで起動します。

-f ＃ライン
OpenGLでのコマンドとフィードバックの表示を制御します（0=OFF).

-g ファイル.png
PNGファイルを書く（前の引数を評価した後）

-i 内部OpenGLGUI（オブジェクトリスト、メニューなど）を無効にします

-l ファイル.py
新しいスレッドでPythonプログラムを生成します。

-o セッションファイルのセキュリティ保護を無効にします。

-p 標準入力でコマンドをリッスンします。

-q 静かな打ち上げ。 スプラッシュ画面やその他のチャタリングを抑制します。

-r ファイル.py
Pythonプログラムを実行します（ __メイン__） 始めるとき。

-s スクリプト
コマンドをこのPyMOLスクリプトまたはプログラムファイルに保存します。

-t Tcl / Tkベースの外部GUIモジュールを使用します（pmg_tk).

-u スクリプト
このPyMOLスクリプトまたはプログラムファイルをロードして追加します。

-x 外部GUIモジュールを無効にします。

-B ブルーラインステレオ信号を有効にする（Macステレオの場合）

-G ゲームモードで開始します。

-M ハードウェアステレオが存在する場合でも、モノラルを強制します。

-R GregLandrumのXMLRPCリスナーを起動します。

-S 可能であれば、ステレオで強制して起動します。

-X int型 -Y int型 -W int型 -H int型 -V int型
ウィンドウの形状を調整します。

All ファイル 提供されたものは、PyMOLの起動後にロードまたは実行されます。 彼らはXNUMXつを持つことができます
次の拡張機能：

起動時に実行される.pmlPyMOLコマンドスクリプト
.py [cm]起動時に実行されるPythonプログラム
起動時にロードされる.pdbProtein DataBankフォーマットファイル
起動時にロードされる.mmodマクロモデル形式
起動時にロードされる.molMDLMOLファイル
起動時に解析およびロードされる.sdfMDLSDファイル
起動時にロードされる.xplorX-PLORマップファイル（ASCII）
起動時にロードされる.ccp4CCP4マップファイル（BINARY）
.cc [12] ChemDraw3Dデカルト座標ファイル
.pkl漬けChemPyモデル（クラス "chempy.model.Indexed")
.r3dRaster3Dファイル
.cex CEXファイル（メタフォリック）
.topAMBERトポロジファイル
.crdAMBER座標ファイル
.rstAMBERリスタートファイル
.trj琥珀色の軌道
.psePyMOLセッションファイル
.phi Delphi / Grasp静電ポテンシャルマップ

オプションのリストについては、コマンドラインに次のように入力することもできます。 ピモル:

助けます 発射

コマンド

PyMolsのオンラインドキュメントを参照してください。
http://www.pymolwiki.org/index.php/Category：コマンド またはコマンドの内部ヘルプ
参照。

onworks.netサービスを使用してオンラインでpymolを使用する