これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの 4 つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド rateXNUMXsite です。
プログラム：
NAME
rate4site - 保存されたアミノ酸部位の検出器
SYNOPSIS
rate4site [オプション] -s
DESCRIPTION
進化の速度はアミノ酸部位間で一定ではありません。一部の位置はゆっくりと進化します。
これらは一般に「保存的」と呼ばれますが、他のものは急速に進化し、「保存的」と呼ばれます。
「変数」として。 速度の変化はさまざまな浄化レベルに対応します。
これらのサイトに基づいて選択が行われます。 浄化の選択は幾何学的な結果である可能性があります
タンパク質の 3D 構造への折り畳みに関する制約、アミノ酸における制約
酵素活性またはリガンド結合に関与する部位、あるいはアミノ酸に関与する部位
タンパク質間の相互作用に関与する部位。 Rate4Site は相対値を計算します
確率ベースの進化モデルを使用して、各サイトでの進化速度を計算します。 これにより、
タンパク質内の配列進化の根底にある確率的プロセスを考慮する
ファミリーとそのファミリー内のタンパク質の系統樹。 保全スコア
あるサイトの進化速度はそのサイトの進化速度に対応します。
方法論
Rate4Site への唯一の必須入力は MSA ファイルです。 次に、プログラムは次の値を計算します。
利用可能な MSA と一致する系統樹 (ユーザーは、
事前に計算されたツリー)。 次に、各サイトの相対的な保全スコアを計算します。
MSA。 これは、経験的なベイズ法または最大値のいずれかを使用して実行されます。
尤度法 (Pupko et al., 2002)。 XNUMX つの方法の違いは次のとおりです。
Mayrose et al (2004) で詳細に説明されています。
参考文献
Mayrose, I.、Graur, D.、Ben-Tal, N.、および Pupko, T. 2004. サイト固有の割合の比較 -
推論方法: ベイジアン方法が優れています。 モル ビオル Evol 21: 1781-1791。
OPTIONS
-s MSA_FILE
入力シーケンスのファイル名。 次の形式がサポートされています: Mase、Molphy、
フィリップ、クラスタル、ファスタ
-t 入力ツリー ファイル名 (Newick 形式)
-o 出力ファイル
結果出力ファイル
-a MSA 内の参照配列名。 保存スコアは、
この配列のアミノ酸。
-k 離散ガンマ カテゴリの数
-mの進化モデル。 次のアミノ酸モデルがサポートされています。
DAY (-md)、JTT (-mj)、REV (-mr)、aaJC (-ma)、LG (-Ml)、WAG (-Mw) 。
ヌクレオチドについては、JC (-mn)、HKY (-Mh)、Taむら92 (-Mt)、GTR (-Mg) のモデルがサポートされています。
-b 分岐長最適化フラグ:
-bn = 分岐長の最適化なし
-bh = 同種モデルを使用した最適化 (サイト間レート変動なし)
-bg = ガンマ モデルを使用した最適化
-i レート推論方法フラグ:
-Im = レートは最尤法を使用して推定されます。
-Ib = レートは経験的なベイズ法を使用して推論されます
-z ツリー構築方法
zj = ジュークス-カントール距離をもつ隣接結合木
zn = 最尤距離をもつ隣接結合ツリー
-h 短いヘルプ メッセージ
onworks.net サービスを使用してオンラインで rate4site を使用する
