これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド sawriter です。
プログラム：
NAME
sawriter - ヌクレオチド配列のサフィックス配列を生成します
SYNOPSIS
サライター サアウト ファストイン [ファスタイン2 ファスタイン3 ...] [-blt p] [-4ビット]
[-ラーソン|-マンミー|-カル|-マフェ|-ウェルター]
サライター ファストイン (fastaIn.sa に書き込みます)
OPTIONS
-blt p 一定の長さのプレフィックスに基づいてルックアップ テーブルを構築する p。 これにより検索が大幅に高速化されます
(LCP テーブルより大きい)、ただし、以下の一致を見逃します p 検索時。
-4ビット (XNUMX つの) fasta ファイルを圧縮シーケンス ファイルとして読み込みます。
メソッド
-ラーソン (デフォルト) Larsson と Sadakane の方法を使用して配列を構築します。
-マミー MAnber および MYers のメソッドを使用して配列を構築します (larsson よりも遅くなります)
同じ結果が得られます。 これは主に、
ラーソンの正しさ）。
-カルク サフィックス配列の構築には Karkkainen DS3 メソッドを使用します。 これはおそらく
larsson よりも遅いですが、必要なスペースは N/(sqrt 3) だけです。
-マフェ (現在は無効になっています!) Manzini の軽量構築アルゴリズムを使用します。
そしてフェラジーナ
-ウェルター
軽量 (一種の軽量) サフィックス配列構造を使用します。 これはちょっと
通常のラーソンよりも遅いです。
-ウェルター級 N
サイズ違いのカバーを使用する N サフィックス配列を構築するため。 有効な値は次のとおりです。
7,32,64,111および2281
onworks.net サービスを使用してオンラインで sawriter を使用する
