これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド scrm です。
プログラム：
NAME
scrm - ゲノム規模の配列のための正確な合体シミュレーター
SYNOPSIS
スクラム nsamp 遺伝子座 [-hvL] [-r REC L [-l l] [-sr b REC] ...] [-I nポップ s1 ... sn [M] [-eI t s1
... sn [M]] ... [-M M] [-eM t M] ... [-m i j M] [-em t i j M] ... [-ま M11 M21 ... ん]
[-絵馬 t M11 M21 ... ん] ... [-es t i p] ... [-ej t i j] ...] [-n i n] [-en t i n] ...
[-eN t i n] ... [-g i a] [-例えば t i a] ... [-G t a] [-例えば t a] ... [-t シータ [-oSFS] [-st b
シータ] ...] [-シード シード [シード2 シード3]][-p 数字]
DESCRIPTION
スクラム is a 合体した シミュレータ の 生物学的な シーケンス。 異なる 〜へ 同様の プログラム、それ
祖先組換えグラフを任意の精度で近似できます。 これにより、
基本的に正確な遺伝的連鎖を含む長いシーケンスを迅速にシミュレートします。
サイト。
OPTIONS
組換え：
-r R L 組換え率を R に、遺伝子座の長さを L に設定します。
-sr p R
配列位置 p で組換え率 R を変更します。
-l l 近似ウィンドウの長さを l に設定します。
人口 構造：
-I nポップ s1 ... sn [M]
npop人口を持つ島モデルを使用し、
ここで、s1 から sn までの個体が各集団でサンプリングされます。 オプションで、
Mの対称移動率。
-eI t s1 ... sn [M]
s1 から sn の個人を抽出します。
時間 t での対応する集団。
-M M M/(npop-1) の対称移行率を仮定します。
-eM t M
時間 t で対称移行率を M/(npop-1) に変更します。
-m i j M
人口 j から人口 i への移動率を M に設定します
-em t i j M
集団 j からの移行率を
時刻 t における母集団 i から M へ。
-ま M11 M21 ...
(後方) 移行マトリックスを設定します。
-絵馬 t M11 M21 ...
時間 t で移行行列を変更します
-es t i p
人口混和。 母集団 i の 1-p の一部を個体 a に置き換えます
母集団 npop + 1 から。これは後で無視されます (時間的に順方向)。
-ej t i j
時間 t での種分化イベント。 母集団 i の個体から母集団 j を作成します。
人口 サイズ 変更：
-n i n 現在の人口 i のサイズを n*N0 に設定します。
-en t i n
時間 t で母集団 i のサイズを n*N0 に変更します。
-eN t n
すべての人口の現在のサイズを n*N0 に設定します。
-g i a 人口 i の指数関数的増加率を a に設定します。
-例えば t i a
時間 t における人口 i の指数関数的増加率を a に変更します。
-G a すべての集団の指数関数的増加率を a に設定します。
-例えば t a
すべての集団の指数関数的成長率を時間 t で a に変更します。
製品概要 統計：
-t THETA
突然変異率を THETA = 4N_0u に設定します。ここで、u は XNUMX 回あたりの中立突然変異率です。
軌跡。
-T ローカルの家系図を newick 形式で出力します。
-O 地域の系図をオリエンテッド フォレスト形式で印刷します。
-L 各セグメントの TMRCA とローカル ツリーの長さを出力します。
-oSFS サイトの周波数スペクトルを出力します。 突然変異率を設定する必要があります。
-SC [ms|rel|abs]
配列位置のスケーリング。 0 と 1 の間の遺伝子座の長さに対する相対値
(rel)、絶対塩基対 (abs) または ms-like (ms)。
その他：
-シード シード [シード2 シード3]
使用するランダム シード。 XNUMX つの整数を使用します。
-v, - バージョン
scrm のバージョンを出力します。
-h, - 助けて
このテキストを印刷します。
-p 数字
出力で使用される有効桁数。
例
5 独立しました サイト の 10 個人 キングマンズ 合体:
スクーム 10 5 -t 10
A シーケンス of 10kb from 4 個人 下 正確な 引数:
スクーム 4 1 -t 10 -r 4 10000
A シーケンス of 100Mb SMC' 概算:
スクーム 4 1 -t 10 -r 4000 100000000 -l 0
同じ as 上記、 焙煎が極度に未発達や過発達のコーヒーにて、クロロゲン酸の味わいへの影響は強くなり、金属を思わせる味わいと乾いたマウスフィールを感じさせます。 本質的に 正しい リンケージ：
スクーム 4 1 -t 10 -r 4000 100000000 -l 300000
onworks.net サービスを使用してオンラインで scrm を使用する
