showfate - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

showfeat - シーケンスの特徴を美しい形式で表示します

SYNOPSIS

ショーフェイト -シーケンス セコール [-ソースマッチ string] [-typematch string] [-タグマッチ string]
[-valuematch string] [-選別 リスト] [-結合機能 boolean] [-注釈 範囲]
-html boolean id boolean -説明 boolean -規模 boolean -幅 整数
-崩壊 boolean -前方 boolean -逆行する boolean -わからない boolean
-ストランド boolean -元 boolean -ポジション boolean 型 boolean -タグ boolean
-値 boolean -厳格なタグ boolean -outfile アウトファイル

ショーフェイト -助けて

DESCRIPTION

ショーフェイト EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「表示、フィーチャ テーブル」コマンド グループの一部です。

OPTIONS

入力
-シーケンス セコール

NEW
-ソースマッチ string
デフォルトでは、フィーチャ テーブル内のフィーチャ ソースが表示されます。 これに合わせて設定できます
表示したいフィーチャ ソース。 ソース名は通常、
機能を検出したプログラム、または機能テーブル (例: EMBL)
特徴はから来ました。 ソースは「*」を使用してワイルドカード化できます。 もっと見せたい場合は
複数のソースがある場合は、名前を文字「|」で区切ります。例:gene* | エンブレムのデフォルト
価値： *

-typematch string
デフォルトでは、機能テーブル内のすべての機能タイプが表示されます。 これに合わせて設定できます
表示したい機能タイプ。 見る http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ リストについて
EMBL 機能タイプについては、Swissprot ユーザー マニュアルの付録 A を参照してください。
http://www.expasy.org/sprot/userman.html Swissprot 機能タイプのリストについては、「Swissprot 機能タイプのリスト」を参照してください。
タイプは「*」を使用してワイルドカード化できます。 複数の種類を表示したい場合は、
名前は文字「|」で区切ります。例: *UTR | イントロン デフォルト値: *

-タグマッチ string
タグは、機能が持つ可能性のある追加の値のタイプです。 たとえばEMBLでは
特徴テーブルでは、「CDS」タイプの特徴にはタグ「/codon」、「/codon_start」、
'/db_xref'、'/EC_number'、'/evidence'、'/例外'、'/function'、'/gene'、'/label'、
'/map'、'/note'、'/number'、'/partial'、'/product'、'/protein_id'、'/pseudo'、
'/standard_name'、'/translation'、'/transl_Except'、'/transl_table'、または '/usedin'。
これらのタグの一部には値も含まれます。たとえば、「/gene」には、
遺伝子名。 デフォルトでは、機能テーブル内の機能タグが表示されます。 これを設定できます
表示したい機能タグに一致します。 タグは「*」を使用してワイルドカード化できます。 もし
複数のタグを表示したい場合は、名前を文字「|」で区切ります。例:
遺伝子 | ラベル デフォルト値: *

-valuematch string
タグ値は、機能タグに関連付けられた値です。 タグはエクストラの種類です
特徴が持つ可能性のある値。 たとえば、EMBL 機能テーブルでは、「CDS」タイプの
機能にはタグ「/codon」、「/codon_start」、「/db_xref」、「/EC_number」が含まれる場合があります。
'/evidence'、'/Exception'、'/function'、'/gene'、'/label'、'/map'、'/note'、'/number'、
'/partial'、'/product'、'/protein_id'、'/pseudo'、'/standard_name'、'/translation'、
'/transl_Except'、'/transl_table'、または '/usedin'。 これらのタグの一部のみを含めることができます
値、たとえば「/gene」には遺伝子名の値を含めることができます。 デフォルトではいずれか
フィーチャーテーブルのフィーチャータグ値が表示されます。 任意の機能に一致するようにこれを設定できます
表示したいタグの値。 タグ値は「*」を使用してワイルドカード化できます。 ご希望の場合
複数のタグ値を表示するには、名前を文字 '|' で区切ります (例: pax*)
| 10 デフォルト値: *

-選別 リスト
デフォルト値: 開始

-結合機能 boolean
デフォルト値：N

-注釈 範囲
マーキングによって注釈を付ける領域。 これを空白のままにすると、注釈は追加されません。 あ
領域のセットは、位置のペアのセットとそれに続くオプションのテキストによって指定されます。
位置は整数です。 これらの後には任意のテキストが続きます (ただし、
コマンドライン）。 地域指定の例は次のとおりです。 24-45 新しいドメイン 56-78 に一致
マウス 1-100 最初の部分 120-156 オリゴ 注釈を付ける範囲のファイル (XNUMX 行に XNUMX つの範囲)
「@ファイル名」として指定できます。

高機能
-html boolean
デフォルト値：N

id boolean
シーケンスの ID 名を表示したくない場合は、これを false に設定します。
デフォルト値：Y

-説明 boolean
シーケンスの説明を表示したくない場合は、これを false に設定します。
デフォルト値：Y

-規模 boolean
目盛り線を表示したくない場合は、これを false に設定します。 デフォルト値: Y

-幅 整数
のアスキー文字グラフィック表示の幅を拡大（または縮小）できます。
この値を使用してフィーチャの位置を決定します。 たとえば、幅は 80 文字です。
標準のページ幅と 10 文字に近い幅をカバーします。
読めない。 幅を 4 未満に設定すると、グラフィック線と目盛線が表示されなくなります。
は表示されません。 デフォルト値: 60

-崩壊 boolean
これが設定されている場合、同じソースからの同じタイプと意味のフィーチャは、
すべて同じ行に印刷されます。 たとえば、EMBL の機能がいくつかある場合、
同じ意味ですべてタイプ「エクソン」である特徴テーブル (つまり、同じソース)、
そうすれば、それらはすべて同じ行に表示されます。 これでは区別がつきにくくなります
重複する特徴。 これを false に設定すると、各機能が
別の行にすると、フィーチャの開始位置と終了位置を区別しやすくなります。 デフォルト
値: N

-前方 boolean
順方向センス機能を表示したくない場合は、これを false に設定します。 デフォルト
値: Y

-逆行する boolean
リバースセンス機能を表示したくない場合は、これを false に設定します。 デフォルト
値: Y

-わからない boolean
未知のセンス機能を表示したくない場合は、これを false に設定します。 (すなわち。
方向性のない特徴 - すべてのタンパク質の特徴はこのタイプであり、一部の特徴は
核の特徴 (CG の豊富な領域など))。 デフォルト値: Y

-ストランド boolean
フィーチャのストランドを表示したい場合にこれを設定します。 プロテインの特徴は、
常に方向はありません (「0」で示されます)。順方向は「+」で示され、逆方向は
「-」。 デフォルト値: N

-元 boolean
フィーチャの原点を表示したい場合に設定します。 ソース名は通常、
機能を検出したプログラムの名前、または
機能の由来となる機能テーブル (例: EMBL)。 デフォルト値: N

-ポジション boolean
フィーチャの開始位置と終了位置を表示したい場合に設定します。 複数の場合
フィーチャが同じ行に表示されている場合、開始位置と終了位置は
例: '189-189,225-225' のように、カンマで結合する必要があります。 デフォルト値: N

型 boolean
機能のタイプを表示したくない場合は、これを false に設定します。 デフォルト
値: Y

-タグ boolean
のタグと値を表示したくない場合は、これを false に設定します。
特徴。 デフォルト値: N

-値 boolean
フィーチャのタグ値を表示したくない場合は、これを false に設定します。 もし
これを false に設定すると、タグ名のみが表示されます。 タグがついていない場合は、
が表示されると、値は表示されません。 「translation」タグの値
非常に長いことが多いため、表示されることはありません。 デフォルト値: Y

-厳格なタグ boolean
デフォルトでは、機能内のタグと値のペアが指定されたタグと値に一致する場合、
すると、その機能のすべてのタグと値のペアが表示されます。 これが次のように設定されている場合
true の場合、指定されたタグに一致する機能内のタグと値のペアのみが、
値が表示されます。 デフォルト値: N

出力
-outfile アウトファイル

onworks.net サービスを使用してオンラインで showfate を使用する