これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド sindex です。
プログラム：
NAME
sindex - sfetch 用にシーケンス データベースのインデックスを作成します
SYNOPSIS
インデックス [オプション] シーケンスファイル1 [seqfile2...]
DESCRIPTION
インデックス XNUMX つ以上のインデックスを付ける seqfile 将来のシーケンス検索のために 取ってくる。 SSI
(「squid シーケンス インデックス」) ファイルはシーケンス ファイルと同じディレクトリに作成されます。 による
デフォルトでは、このファイルは次のように呼ばれます .ssi。
コマンドラインに複数のシーケンス ファイルがある場合、SSI ファイル名は次のようになります。
最後のシーケンス ファイル名から構築されます。 これはあなたが望んでいることではないかもしれません。 を見てください -o
SSI ファイルに独自の名前を指定するオプション。
インデックス オプションの LFS サポートが有効になっている場合、大きなファイル (>2 GB) のインデックスを作成できます。
コンパイル時に。 @PACKAGE@ に付属の INSTALL 手順を参照してください。
OPTIONS
-h 簡単なヘルプを印刷します。 バージョン番号とすべてのオプションの概要が含まれます。
エキスパートのオプション。
-o <ssi アウトファイル>
SSI インデックスを次の名前のファイルに送信します。 。 デフォルトでは、SSI ファイルは次のようになります。
〜へ .ssi。
EXPERT OPTIONS
- 64 seqfile が小さい場合でも、SSI ファイルを強制的に 64 ビット (大きな seqfile) モードにします。
デバッグ時以外は、これを行う必要はありません。
- 外部の
強 インデックス 外部 (ディスク上) ソートによってレコードのソートを実行します。 これだけです
デバッグにも役立ちます。
--informat
シーケンス ファイルが正しい形式であることを指定します ; ブロックシーケンスファイル
フォーマットの自動検出。 これは自動化されたパイプラインで役立ちます。
堅牢性 (ひどく不正な形式の場合、自動検出が時々誤動作する可能性があります)
ファイル）。 一般的な例には、genbank、embl、gcg、pir、stockholm、clustal、msf、または
フィリップ。 受け入れられる形式名の完全なリストについては、印刷されたドキュメントを参照してください。
--pfamseq
Pfam のハッキング。 識別子行が含まれていることがわかっている FASTA ファイルのインデックスを作成します。
形式 ">[名前] [アクセッション] [オプションの説明]"。 通常はシーケンスのみ
name は FASTA SSI ファイルの主キーとしてインデックス付けされますが、これにより、
名前 (主キーとして) とアクセッション (副キーとして) の両方にインデックスを作成します。
onworks.net サービスを使用してオンラインで sindex を使用する
