sixpacke - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

sixpack - 6 フレームの翻訳と ORF を含む DNA 配列を表示します

SYNOPSIS

アメリカ人男性 -シーケンス シーケンス [-表 リスト] [-ファーストーフ boolean] [-ラストルフ boolean]
[-mstart boolean] -outfile アウトファイル -outseq セコールトール -逆行する boolean
-orfminsize 整数 -大文字 範囲 -ハイライト 範囲 -数 boolean
-幅 整数 -長さ 整数 -マージン 整数 -名前 boolean -説明 boolean
-オフセット 整数 -html boolean

アメリカ人男性 -助けて

DESCRIPTION

アメリカ人男性 EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 「核酸:遺伝子検索、核酸:翻訳、表示」の一部です。
コマンドグループ。

OPTIONS

入力
-シーケンス シーケンス

NEW
-表 リスト
翻訳に使用された遺伝学コード

-ファーストーフ boolean
たとえそれが ORF より劣っていても、配列の先頭を ORF の可能性として数えます。
最小の ORF サイズ。 デフォルト値: Y

-ラストルフ boolean
STOP で終了していない場合でも、シーケンスの終わりを ORF の可能性としてカウントします。
または最小ORFサイズより小さい。 デフォルト値: Y

-mstart boolean
M で始まる ORF のみを表示します。デフォルト値: N

出力
-outfile アウトファイル

-outseq セコールトール
ORF配列出力

-逆行する boolean
3 つの逆フレームの DNA 配列の翻訳も表示します デフォルト
値: Y

-orfminsize 整数
翻訳で表示するオープン リーディング フレーム (ORF) の最小サイズ。 デフォルト
値：1

-大文字 範囲
大文字にする領域。 これを空白のままにすると、シーケンスのケースはそのままになります。
XNUMX人。 領域のセットは、位置のペアのセットによって指定されます。 ポジションは
整数。 これらは、数字や英字以外の文字で区切られます。 地域の例
仕様は: 24-45、56-78 1:45、67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99

-ハイライト 範囲
HTML 用にフォーマットする場合に色を付ける領域。 これを空白のままにした場合、シーケンスは次のようになります。
放置。 領域のセットは、位置のペアのセットによって指定されます。 の
位置は整数です。 これらの後には、有効な HTML フォントの色が続きます。 の例
地域仕様は次のとおりです: 24-45 ブルー 56-78 オレンジ 1-100 グリーン 120-156 赤
範囲から色まで (XNUMX 行に XNUMX つの範囲) は「@filename」として指定できます。

-数 boolean
各行の先頭と末尾にシーケンスに番号を付けます。 デフォルト値: Y

-幅 整数
各行に表示されるヌクレオチドの数 デフォルト値: 60

-長さ 整数

-マージン 整数
デフォルト値：10

-名前 boolean
シーケンスの ID 名を表示したくない場合は、これを false に設定します。
デフォルト値：Y

-説明 boolean
シーケンスの説明を表示したくない場合は、これを false に設定します。
デフォルト値：Y

-オフセット 整数
DNA 配列に番号を付ける番号。 デフォルト値: 1

-html boolean
デフォルト値：N

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