これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドt_coffeeです。
プログラム：
NAME
t-coffee-マルチプルアラインメント
SYNOPSIS
t_コーヒー [オプション]file
t-コーヒー 複数のDNAまたはタンパク質配列を整列させます。
OPTIONS
オプションの概要は以下に含まれています。 完全な説明については、を参照してください。
のドキュメントで詳しく説明されています）。
-full_log S 【0]
-実行名 S 【0]
-mem_mode S 【0] memの
-拡張する D 【1] 1
-extend_mode S 【0] Very_fast_triplet
-max_n_pair D 【0] 10
-quadruplet の seq_name_name S 【0] を
-コンパクト S 【0] デフォルト
-クリーン S 【0] いいえ
-do_self FL 【0] 0
-do_normalise D 【0] 1000
-テンプレートファイル S 【0]
-seq S 【0]
-に S 【0] Mlalign_id_pair Mslow_pair
-pdb S 【0]
-out_lib W_F 【0] いいえ
-lib_only D 【0] 0
-outseqweight W_F 【0] いいえ
-seq_source S 【0] ANY
-化粧品_ペナルティ D 【0] -50
-ギャップペン D 【0] 0
-gapext D 【0] 0
-fgapopen D 【0] 0
-fgapext D 【0] 0
-歯が立たない D 【0] 0
-ニューツリー W_F 【0] デフォルト
-usetree R_F 【0]
-tree_mode S 【0] 遅く
-クイックツリー FL 【0] 0
-outfile W_F 【0] デフォルト
-最大化 FL 【1] 1
-出力 S 【0] クラスター
-infile R_F 【0]
-マトリックス S 【0] ブロサム62mt
-tg_mode D 【0] 1
-プロファイルモード S 【0] cw_profile_profile
-プロファイル比較 S 【0] フルXXX
-dp_mode S 【0] cfasta_pair_wise
-kタプル D 【0] 1
-ndiag D 【0] 0
-diag_threshold D 【0] 0
-diag_mode D 【0] 0
-sim_matrix S 【0] ヴァシリキー
型 S 【0]
-アウトオーダー S 【0] 整列した
-seqnos S 【0] OFF
-場合 S 【0] 続ける
-CPU D 【0] 0
-maxnseq D 【0] 60
-マックスレン D 【0] -1
-重量 S 【0] デフォルト
-seq_weight S 【0] t_コーヒー
-整列 FL 【1] 1
-モッカ FL 【0] 0
-ドメイン FL 【0] 0
-開始 D 【0] 0
-レン D 【0] 0
-規模 D 【0] 0
-mocca_interactive FL 【0] 0
-evaluate_mode S 【0] t_コーヒー_ファスト
-get_type FL 【0] 0
-clean_aln D 【0] 0
-clean_threshold D 【1] 1
-clean_iteration D 【1] 1
-clean_evaluate_mode S 【0] t_コーヒー_ファスト
-プロフィール S 【0]
-プロフィール1 S 【0]
-プロフィール2 S 【0]
-extend_matrix FL 【0] 0
-prot_min_sim D 【40] 40
-prot_max_sim D 【60] 60
-prot_min_cov D 【0] 0
-pdb_min_sim D 【30] 30
-pdb_max_sim D 【100] 100
-pdb_min_cov D 【50] 50
-pdb_blast_server W_F 【0] SIB
-prot_blast_server W_F 【0] SIB
-pdb_db W_F 【0] nrl3d
-タンパク質_db W_F 【0] nr
-method_log W_F 【0] いいえ
-struc_to_use S 【0]
-キャッシュ W_F 【0] つかいます
-align_pdb_param_file W_F 【0] いいえ
-align_pdb_hasch_mode W_F 【0] hasch_ca_trace_bubble
-msa_mode S 【0] ツリー
-lalign_n_top D 【0] 10
-繰り返します D 【0] 0
トリム D 【0] 0
-スプリット D 【0] 0
-トリムファイル S 【0] デフォルト
-スプリット D 【0] 0
-split_nseq_thres D 【0] 0
-split_score_thres D 【0] 0
-check_pdb_status D 【0] 0
-seq_to_keep S 【0]
-dpa_master_aln S 【0]
-dpa_maxnseq D 【0] 10
-dpa_min_score1 D 【0]
-dpa_min_score2 D 【0]
-dpa_keep_tmpfile FL 【0] 0
-dpa_debug D 【0] 0
-マルチスレッド S 【0]
-lib_list S 【0]
onworks.netサービスを使用してオンラインでt_coffeeを使用する
